于是文殊师利菩萨在大众中，即从座起，顶礼佛足，右绕三匝，长跪叉手，而白佛言：大悲世尊，愿为此会诸来法众，说于如来本起清净，因地法行，及说菩萨于大乘中发清净心，远离诸病，能使未来末世众生求大乘者，不堕邪见。作是语已，五体投地，如是三请，终而复始。尔时世尊告文殊师利菩萨言：善哉善哉，善男子，汝等乃能为诸菩萨，咨询如来因地法行，及为末世一切众生求大乘者，得正住持，不堕邪见，汝今谛听，当为汝说。时文殊师利菩萨奉教欢喜，及诸大众默然而听。
善男子，无上法王，有大陀罗尼门，名为圆觉，流出一切清净真如，菩提涅槃及波罗蜜，教授菩萨，一切如来本起因地，皆依圆照清净觉相，永断无明，方成佛道。云何无明，善男子，一切众生从无始来，种种颠倒，犹如迷人，四方易处，妄认四大为自身相，六尘缘影为自心相。譬彼病目，见空中华及第二月。善男子，空实无华，病者妄执，由妄执故，非唯惑此虚空自性，亦复迷彼实华生处，由此妄有轮转生死，故名无明。
善男子，此无明者，非实有体。如梦中人，梦时非无，及至于醒，了无所得。如众空华，灭于虚空，不可说言有定灭处。何以故，无生处故。一切众生于无生中，妄见生灭，是故说名轮转生死。善男子，如来因地修圆觉者，知是空华，即无轮转，亦无身心受彼生死，非作故无，本性无故。彼知觉者，犹如虚空，知虚空者，即空华相，亦不可说无知觉性，有无俱遣，是则名为净觉随顺。何以故，虚空性故，常不动故，如来藏中无起灭故，无知见故，如法界性，究竟圆满遍十方故，是则名为因地法行。菩萨因此于大乘中，发清净心，末世众生，依此修行，不堕邪见。
尔时世尊欲重宣此义，而说偈言：
文殊汝当知，一切诸如来，
从于本因地，皆以智慧觉，
了达于无明，知彼如空华，
即能免流转，又如梦中人，
醒时不可得，觉者如虚空，
平等不动转，觉遍十方界，
即得成佛道，众幻灭无处，
成道亦无得，本性圆满故，
菩萨于此中，能发菩提心，
末世诸众生，修此免邪见。
文殊问意，为全经纲领，计分三段，一问如何明悟因地法行，故曰愿为说于如来本起因地法行，二问如何是发心修持，故曰于大乘中发清净心，三问如何除诸禅病，故曰远离诸病，使末世众生不堕邪见，只此数语，已将圆觉经义大纲提出，为全经清净眼目。
人生难得，此生能闻正法，由此启发觉慧，了达本性，此一大事因缘，永离三界，于一生关系之巨，任何重要急事，难与比拟，其机缘之不易得，正如大海中落一细针，入海访求，宁有把握？今不期而得，其喜可知，此或可仿其万一。故必郑重将事，五体投地，如是三请，终而复始也，后人轻法，即是于自己不痛切，用功何由得入。谛听者，恒审专一之意，万缘放下，一门深入而听也。
佛言，无上法王，有大陀罗尼门，名为圆觉，此法王，不可专指于佛，一气贯句到方成佛道止，既云永断无明，方成佛道，其非对佛可知，佛与佛毋庸说法，亦毋庸再成佛。所说者，只对众生，开山第一句，说此无上法王，虽佛全得其用，称为无上法王，而众生亦未失其用，法王仍在，宝藏未启，非谓无宝，一知即启，证入圆觉。荷泽禅师云，知之一字，众妙之门。虽名曰门，实无内外，惟染净诸法之所自出，遂名曰门。最初因地，皆依圆照清净觉相，是修行门一个总办法，不如是，不能永断无明也，无明一断，自然一切清净真如菩提涅槃及波罗蜜，悉皆流出矣。圆照者，无功用之照也，照即能照，觉相为所照，能所双忘，方名圆照清净，若有能所，无明未断，不名成佛，此法佛佛道同，无佛不尔，故名皆依，自觉觉他，故名教授菩萨，言此会无二乘人可闻法要，惟菩萨可教授，可领受，不与二乘共也，又名不共法。行者切勿把自己与佛分为两个，应知一切皆如也，经云通达无我法者，是名菩萨。
说无明一段，最为简明畅达，计分五段：一说无明相貌，二说无明非有实体，无生处故，三说破无明之最简捷法，四说本来无无明，五说无明不必定指为无。惟无明与清净，名虽有二，觉则不二，常不动故，究竟圆满十方故，似此步步脱卸，破无明于不知不觉，真妙难思议矣。
一、说无明相貌者，以迷人为喻，虽颠倒至四方易处，人却不曾有异，如醉汉，正醉时，不得谓为非人也，及至醒时，了无变更，了无增益，故本体则不变，颠倒则不无，其因地在一执我，认四大假合之体为身，根尘缘合之影为心，二者皆幻，生灭无常。如珠四照，随境而现青黄，青黄忽现忽灭，无从执实，愚者忘珠，执青黄之幻色以为珠。又譬彼病目，翳眼观空，见空中华，不独以空华为实，并忘自眼病翳，辗转妄取生死轮转，故以无明为父母而念念生死为子也。
二、无明非有实体者，极言有则必有体相，既不可捉摸取舍，其非有实体可知，如人有梦，梦中非无，及至于醒，了无所得，明明于无生中妄见生灭，只此虚空幻化之见，亦是无中生有，就妄见故说有，就实论故说无，今名曰妄，则实，实非有，以无生处故。
三、破无明之简捷法者，在一知字，知即一切都了，顿出生死，更无他法，修行人第一求了生死，不知生死之母是无明，无明之母是执幻，执幻之母是无慧，无慧即失照，失照即不知。此一知字，乃理解事证后之智知，非世间小慧之了知也，故密宗以般若为佛母，又心经言成佛成菩萨，无不依般若而波罗蜜，舍此而能成佛者，即是魔说，此为正因。
四、说本来无无明者，是在已证知之后：一知万法皆如空华，无明安在。二知空华虚妄，不枉取执，即无轮转。三知身心两空，生死亦幻，无作无受，故无无明。四知无明本性非有，不必定取功用作为起观行照，方得身心空无，即不起照证空，或正颠倒时，其本性元来空寂，即色即空，智者见之，自彻了也。
五、说无明非无与清净不二者，谓无明幻影以及假名依幻说觉，幻自非无，但此无明与清净，名为二物，实自一体。譬如鸣钟，声闻百里者，此钟也，若以手按之，再击则声哑，亦同此钟也，声虽有别，钟不有二，去手则又锽然远送，声闻百里矣，故无明乃暂时声哑，于钟毕竟无损。无明清净二者，同一如来藏所自出，性既虚空不动，无起灭，无知见，又复谁起谁灭，何有能见能知，毕竟不可得，无明亦然，再心境两空，情器交彻，普该一切，遍满十方，如来藏性，本来如斯，不须减旧添新，灭惑生智，方名究竟也。所言如法界性者，通于一切，即致知格物之意也，知此则山河大地，无一处能离我之如来藏性，即我之藏性遍满法界耳。
此分关系最巨，上上根人闻于耳，即已彻悟，一知字，已全包括信愿行证在内，正不必另起何种功用矣，但三根普被，于钝根人，亦当顾及，不得不开诸大士之启请，用以嘉惠后学，其实圆觉意义，圆觉相貌，由因达果，佛于此分内，宣说净尽！没些子矣！故当圆观，勿被经转可也。
佛说梦中人，醒时不可得，又说觉者如虚空，明示平等不二，愚人定欲分梦觉为二，若与说不二法，彼又实指梦觉为一，不知非一非异，何可执实，故真见实相者，见一切是幻，见一切法是幻，见觉亦是幻想，无能觉，无所觉，无说者，无闻者，故曰如来无所说，即此无所说，正是觉实相。
皆依圆照清净觉相句，是修证根本法门，无法不尔，无佛不尔，非如此不能永断无明，此即是本起因地，与心经两依字同义。
说无明起因，最为简捷，无非认妄，而认妄之因，只一迷字，惟有开智慧一法门，全经重一知字，知则幻灭，幻灭则证真，妙用尽备于斯。
自如来因地修圆觉者，至本性无故六句，最有力量，为顿根人断生死无上法门，每日至少转念数十次，使之熟极时，随处引文而照，随照而寂，即钝根人，能不惊不怖，时时体念者，亦可顿超一僧祇劫也。
亦不可说无知觉性句，此觉性，非对治幻觉之觉，以对治之觉，其觉亦幻，此觉乃不生灭之常性也，故下云无起灭知见故，此句救活偏空断灭人不少。
如法界性，究竟圆满遍十方故句内，如字，究竟字，正表了义义，即是十二部经清净眼目。
不堕邪见句，表舍此即是邪见，非为正因，终不得发大乘清净心也。
此分佛已将圆觉说完，顿根人，即已了达毕业，毋庸再启，惟方便未来及中下根者。下更以修法示之，试观上文佛告文殊而称善男子等，一等字，即包括在会同证悟者不少，岂止十二位哉。
【右绕】向右转绕，以右为顺也。
【三匝】三圈也，表三宝三德等义。
【末世】末法时代，即今之世。
【堕】落也。
【五体】四肢及头也。
【咨询】请问也。
【谛】息心细审。
【陀罗尼】总持意，总一切法持无量义。
【涅槃】寂灭义，谓觉性既圆，无法不寂也。
【菩提】空净大觉义，有五：一发心，二伏心，三明心，四出到，五无上。
【俱遣】言皆不取也。