到了十九世纪中叶，日本“明治维新”励精图治，首先接受西洋的新观念，国家政治思想，以及学术教育等一切施为，大有由东而西，改途换辙之势。因此佛教方面，虽然仍旧保有其俨然国教的地位，但天皇皇权神授的思想，和旧有神通设教的精神，也同时崛起。于是日
本佛教便又别开生面，而转向于两个道路，那就是：
(一)佛教神道不分的民间社会，宗派普遍繁兴，以与军阀们的军国主义，密切联系。
(二)知识分子，学习西洋治学方法，重新研究佛学思想，由宗教们信仰转变为哲学的探讨。同时又以怀疑的态度，考据佛经学说。
但无论如何，在学术思想上，佛法反因此而昌明，且大行于日本，数十年后，直到二十世纪之间，其影响于中国佛学界，也最为有力。在佛教徒的僧众方面，也受时代潮流的刺激，兴立各级佛学学校，印订藏经，努力从事社会弘法事业，也益形发达。
及至二次世界大战之后，军国主义的思想没落，军阀干政的权力也悉被摒除，在战后悔过自新的日本，国人为了生存的需要，大量向美国等西方国家移民，因此佛教文化也连带输出，而进了新大陆的美国。现在美国已有佛教寺院的创建，和出家僧众的雏形，说实在话，这些都是得力于战后日本人的灌输。此外，专门在美国和西方国家弘扬禅学的日本学者，如铃木大拙，使日本禅学的风气，在二、三十年间，便传遍全世界，日本政府，现在封他为“国宝”。这样一来，从此西方国家，只知禅在日本，不知禅宗的传承，实系渊源于中国。国人虽然稍受感染，群起谈禅，大都学无师承，师心自用，不能真正了解禅宗。我们对此，实有无限惭愧，不胜怅惘的感叹!
总之，要研究世界性的佛教，日本佛教虽然传自中国，但千余年来，它已的确成为一个代表世界性的“佛国重镇”，确是有其重要地位的。我们回溯往史，日本佛教的学术思想，虽起先从中国传入，但其教义，却自始至终，已渐渐地隐约变质，到了“明治维新”以后，直至现代，日本佛学，已变成为另一系列的哲学思想，或与其国家政治相关联，并非原来面目。这在研究日本佛学史者，但须稍为留心，便不待言而可知。例如，第二次世界大战爆发以前，日本佛教解释“大日如来”，便有隐含军国主义的色彩。一九三五年前，日本驻杭州的领事馆门前，大书特刻其“大日如来”的标语，这是著者所亲见的事实，这也就是当时日本佛学思想的作用。可是至今举世言佛学者，都举日本佛学为准绳，甚至包括中国大部分佛教信众的观念也如此，我只能引用一句佛语，说它“不可思议”。至于日本的禅学（是否可说是禅宗），更难下一判语了。现代的日本佛教，在其国内，从第二次世界大战以后，神佛小分的教派，和佛教、道教混合的宗支，乃至与秘密社会的关系，如雨后春笋，大约有三、四百家之多，一变再变，这岂仅是“橘逾淮而成枳”的不同而已！目前如日莲宗创价学会的兴起，标榜佛教而图参政，甚至未来的发展，是否别有意图，均难遽下断语。展望二十世纪末造的日本佛教，唯有合掌遥祝其前途远大，正法与国运，并世昌隆！