㈠事乘
事乘的修习，可以说主要是身与语的修习。从胜义来说，事部的根不异于密乘的根，但从世俗来说，其方便却可以建立于实有，亦即以小乘毘婆沙部的见地，作为修道的方便。
也即是说，他们为了修道的方便，可以将如来藏以及覆盖于其上的污垢，视为实有（但却不是实体有），因此他们便可以由种种“事”（修道的行为）来清洗覆盖于如来藏上的污垢——如此即跟毘婆沙宗的见地无异。
但这样做，并不等于落在毘婆沙宗的层次，因为道上的方便并不等于修道的根。以根而言，事乘行人依然了知空性。他们于事相上有取舍，但对所证的境界则无取舍，亦离“四边”（有边、无边、非有非无边、非非有非非无边）。
因此在修道上，他们观想对生的本尊（即将本尊及坛城观想生起于自己面前），本尊是清净的有情，坛城是清净的器世间，由是作种种修习，如灌洗、清净、供养等等，而且着重手印和咒语。手印是身的修习，咒语是语的修习。由此修习即能清除如来藏上的贪嗔痴等污染。这即是基于“行相”而作修习。
本尊跟行者的关系，有如主仆。仆人作种种承事的行径，由是取得与主人相应。因为主人清净，所以久作承事的仆人便亦得到清净。可是关键在于仍必须了知，本尊与自我虽为真实的存在，但却绝非实体的存在。此即同毘婆沙宗。
㈡行乘
行乘是建立在事乘与瑜伽乘之间的桥梁。在行径上接近事乘，在观点上则接近瑜伽乘。但他的根，却仍然是密乘的根。
从修道方便来说，行乘毕竟仍着重于止，即用内心去缘外境。但由于内心与外境对立，因此有能所——能缘的内心，所缘的外境。这样，便同于小乘经部宗的观点了。
由于有能所，因此对生的本尊，跟行者便对立起来。那么，二者如何沟通呢？行者只能行本尊之行，因为行为相似，即能清净污染。这种修习，也可以说是基于经部宗的自证分。
然而恰如事部同毘婆沙宗的观点一样，行部亦只是在修行方便上同经部宗，在根上则依然以如来藏为依归。
跟事乘不同的是，事乘视外境为实，因此本尊与坛城便只能在外，行乘则视观想所成的外境只是一个概念，因此是假有，而行者则非概念，是实有，所以在修道时，对生本尊虽在自己对面，却可于持咒时观想本尊化光，融入自己心中的咒轮。这种方便，亦依经部宗的二谛为方便，即以无为法的假有，来清净有为法的真有。
然则，为甚么说行乘的观点近于瑜伽乘呢？因为行乘的修道毕竟已着重内在的心识，是故便同瑜伽。行者跟本尊的关系，也不像事乘那样是主仆的关系了，因为其修道只是用清净的外境来清洁内心的污垢。这时，外境便有如解毒剂，能除内心贪嗔痴等毒。
㈢瑜伽乘
瑜伽乘的根，仍然不离密乘的根，但其修道的方便，却同唯识宗。
他们修自生的本尊，亦即于修道时，行者将自己观成本尊。这种观想是非真实的，属于遍计执性，然而行者本人却属依他起性（亦即由“缘起”所成），但由于观想本尊以及坛城清净，于是便能令内在的心识清净，由是得以认知圆成实性。
在这阶段，依然有能所的分别。即能清洗内识的外境，与被外境所清洗的内识。这种清洗的机理，即所谓“相应”（“瑜伽”便是相应的意思）。因此果的获得实基于取舍，即取其清净而舍其污染。
由于强调相应，所以行者于自己修成本尊之后，仍须修一对生本尊。行者心中的咒轮放光，跟对生本尊心中的咒轮光沟通，如是即可作相应的修习。这时，自生与对生本尊可以说是友伴的关系。同时，于修法完毕，亦须遣送本尊，因为本尊无非只是内识所生的幻境。
因此瑜伽乘的修习，依然偏重于止，只是观的程度则已比行乘深入了一步，行乘的观空毕竟着重于外境，而瑜伽密的观空则已在内识。
从胜义而言，所修的内光明、空性等等，都是真实的，因为他们的本质并不由概念形成（所以非遍计执），而是本来就有的法尔存在。从世俗而言，外境一切名言施设，如本尊、坛城等等，本非真实（是遍计执，如将绳当作蛇），但当我们集中心识作种种观想，由观想生成的境界，却可视为世俗的真实（依他起），此时作者便恰如从一个世界，跳到另一个世界，即从我们的现实世界，跳到一个观想所成的世界。在现实世界非真实的存在，在观想所成的世界中，却属世俗的真实存在。此犹如电视观众视电视画面所呈现的世界非真，但电视中人却视自己的世界为真实。因此，在定境时（或在止观时），观想所成的世俗真实，便能引发胜义的真实，如是相应而得修行道上的果。
因此我们可以这样说，事乘和行乘的修习者，仍然坐在我们这现实世界来修习，观想的世界跟自己隔离，但瑜伽密的修习者，当修习时，实已进入由观想所成的世界，即本尊的坛城刹土。若不能这样做，即不能将自己观成本尊，将自己周围的环境观成本尊的宫殿，那么，内识既非胜义的真谛，外境亦非世俗的真实，因此也就失去相应的基础。
瑜伽乘特别强调定境，强调止观，理由即在于此。
顺便说一句，将一切修道方便（层次不同的止观），统称为“瑜伽行”，其理由亦正在于此，因一切修道都无非次第不同的相应而已。