【正文】复次，于解脱道上，有共法、不共法，及无上法，清除妄念。
【释义】当归心于法后，于道上应清除一切妄念及能生过患之根源，否则即生种种障碍与妨难。
【注释】共法，指显密二乘相同之法；不共法，指唯密乘所有之法，包括下三部密与无上瑜伽密而言；无上法，指唯无上瑜伽密所有之法。
【正文】首述大乘显教共道。于道上，应生起以四无量心为基础之正觉菩提心。由广大利他之愿力及悲心，即能消除阻碍精进之妄念。以空性与大悲双运菩提心，即能圆满自利利他。
【释义】菩提心有两层次，即世俗菩提心与胜义菩提心。前者为取正觉，故建立悲心以度脱一切有情。后者由观空性，而证悟诸法实相。二者双运，即具方便与智慧，此能成佛道，且能圆满令有情离苦之愿。
【注释】四无量心，即慈悲喜舍。愿给一切有情以乐及乐因，是慈无量心；愿拔一切有情之苦及苦因，是悲无量心；见一切有情离苦得乐，深生欢喜，是喜无量心；以上三者能平等舍，不起分别，是舍无量心。
世俗菩提心即悲心，为方便；胜义菩提心即觉心，为般若，即出世间智，二者相融，不落一边，始能圆满自利利他，是为智悲双运。
又以世俗菩提心能建立大悲，胜义菩提心能证悟空性，故又名为空悲双运。
双运者，二者相融，不侧向一边，且同时生起，使二者发生作用之势力均等。
【正文】诸法空相本无垢无染，今欲清净其坫污，必须于资粮道、加行道、见道及修道中，修三十七助道品。
【释义】于佛道中，行者能证本身佛性。佛性者即诸法空相，即法界，即诸法本体，即圆成实性。凡夫佛性常为无明、妄心及诸行玷污，为清净故，必须经资粮、加行、见、修四道，于此中修三十七助道品。
【注释】三十七助道品，分述如下。
四念处：观身不净，观受是苦，观心无常，观法无我。
四正勤：已生恶令断，未生恶不生，未生善令生，已生善增长。
四如意足：欲如意足，念如意足，进如意足，慧如意足。
五根：信根，进根，念根，定根，慧根。
五力：信力，进力，念力，定力，慧力。
七觉支：念、择法、精进、善、轻安、定、舍。
八正道：正见、正语、正思维、正业、正命、正精进、正念、正定。
三四为资粮道，双五为加行道，七觉支为见道，八正道为修道。
【正文】更进则须知十六空之正解，及圆满六度无漏修持。为圆成智慧故，更须知人法皆空。以此法门对治，即能除身心诸行污染。此即为殊胜菩萨道。
【释义】下文即详明此道。
【注释】十六空，依月称《入中论》，其名相如下。
言眼耳鼻舌身意等内六处本无自性，非常亦非坏，是名内空。
言色声香味触法等外六处本无自性，是名外空。
内六处依处之粗分色法，亦无自性，是名内外空。此乃内识对外境之依处。
由空智能见内空外空内外空，然此空智亦无本体，名为空空。
诸器世间其相广大，以无自性故，是名为大空。
涅槃为胜义，希求涅槃者因之生执，若知涅槃亦无自性，是名为胜义空。
三界缘生法皆是有为，无自性故，名有为空。凡有为法皆有生住灭相，无生住灭相，即是无为法，其自性亦空，名无为空。
一切法无究竟，究竟即是边际，故有究竟，即落常断二边。无二边者名为毕竟，即中道义，然中道亦无自性，名为毕竟空。
生死无初际后际，故称为无际。因无际故无来去，自性空故，是名为无际空。
凡夫于法有取舍，称为散。若于法都无取舍，即为无散。然诸法真谛法尔而成，本无可散，是名无散空。
有情自具之性为本性，无自性故，名为本性空。
一切事物情景，为一切法，即菩萨功德亦一切法摄。无自性故，名一切法空。
诸法自相亦无自性，名自相空。有为自相及无为自相皆然。
有为法有生住灭三相，于过去现在未来三时皆不可得，无自性故，名不可得空。
众缘和合所生法，无和合实性，是为无性。和合诸法本空，名无性自性空。
六度即六波罗蜜。布施、持戒、忍辱、精进、禅定、般若。菩萨修六度利乐有情，乃由初地登至六地。
【正文】于世俗谛中，虽谓万法实有，然万法显现实如阳焰、如梦幻，是故于专修觉道时，须离取舍两边。为利他故，诸恶莫作，众善奉行。为清除贪嗔痴三毒，则须治以对治之净水。如不净观、慈心及缘起。
【释义】言及二谛，于世俗谛中，万法实如阳焰如梦，于此认知，行者始能如大乘经论所言，修六度万行以利益有情。于妄念则用对治法对治。如对治贪毒，须观想所贪不净及具缺憾；对治嗔念，则对所嗔起慈心；对治愚痴，则用重重缘起以破无明。如是，即能克制及清除障碍佛性之污染妄心。对觉道之认知亦变为澄明开朗。
【注释】观十六空，破贪嗔痴，六度则作利益有情事。如是一破一立，即能清净。
然则何以又用对治法以除妄念。盖此仍就世俗谛言，若观十六空，则为胜义谛矣。
下来即说及此。
【正文】于胜义谛，本来清净无生，故不堕轮回涅槃两边，得离世俗心之虚妄。
【释义】欲生起胜义菩提心，须认知实相之胜义本体，非由因缘和合而生，此乃纯然清净，离诸虚妄，故无轮回与涅槃、功德与罪孽、善与恶等区别对待。
若能决知圆满智，即般若波罗蜜多之义，即能证人法皆空，由是即无轮回涅槃两边，二者实只为世俗谛之幻相分别而已。自胜义谛观之，则唯有空性。二谛相融，则为无上见。
【注释】轮回涅槃皆世俗谛见，故应济之以胜义谛。然若执胜义谛，但知空性，则易堕断见，成恶取空。如清辩论师造《掌珍论》，谓真性之无为亦无有实性，如空花之不生起，是即入断见，此即中观自续派之失。宜乎月称论师斥之，建立中观应成派也。
为救断见，宜济之以世俗谛，此即敦珠宁波车所以谓二谛须相融之意。既相融，则不入常断二边，谓无轮回涅槃故非，执为实有亦非。
然本论特重胜义谛，则以世俗谛之执易起，故特强调胜义谛之清净无生，非谓唯知胜义谛即证菩提。学人须明敦珠宁波车特笔点明二谛相融之意。无上见者，即大圆满见。
【正文】如是即为二谛之义理，而缘起法则为因乘大乘之法理。
【释义】万物现轮回涅槃相，乃基于缘起为因，此等示现，不能否定。此实乃空性之持续自然展现耳。一如光之展现，波于水中之展现，亦如树叶之声沙沙响，世俗中诸法相状，悉皆如是，盖一切相状皆无可辩难，此即世俗层面之真谛。
于胜义层面，所执皆非真实，唯成一味，离诸妄念而已。故胜义谛超越能所分别。然此亦实为世俗层面中森罗万象之清净无生本体，故二层面实不可分离。
显宗见地与密乘大圆满见，证悟空性均无二致。此两种体系，容或名相不同，区分事理有异，然无论何种标举，空性始终为一。因乘大乘之特色，为于发心同时，行者步步深入法义，于是所见遂愈渐宽广。其所以称为因乘，即行者所修悉为成佛之因。如六度、如三十七助道品，皆能令人之人格及心智圆美。诸因圆满，即能得成佛之果。
建立世俗与胜义两种菩提心，及证悟二谛，即为大乘共道清除妄心之教授。
【注释】显密二乘修持路径不同，然证空性以成佛则一。显乘所修六度万行，种功德因，密乘则以转毒成智为法门，直趋空性，转污染为清净，故得证佛果。下文即详说此点。
然显乘行人每责密宗即身成佛之说为虚妄，此实由于不明转毒成智，即烦恼即菩提之法门非虚。密乘修大圆满至口诀部心髓法时，实似禅宗，如谓密乘虚妄，则禅宗亦可谓虚妄，是故评价密宗，不宜皮相，应从其深法处探讨。
然若修密仅重事相，或执一法一咒不舍，则无非世俗有为法耳，非密乘真实义也。倘更迷双运，则直入魔道，实为圣者所不齿。下文即依次第讨论密乘修法。
【正文】密乘为大乘不共道，分外内两支，具甚深无上法门，为生起次第及圆满次第之融合，能依次第清净妄心。
【释义】密咒道之生起次第及圆满次第，都有法门，消除能障碍修道之不净妄执。前者为复杂之观想，后者则修证空性。然若单修任何一法皆不圆满，盖修观者不宜执实有，须以空性为本，修空者则不应堕入虚无，而谓一切法不实，如是始不违背缘起。故融合生圆二次第而修者，即指同时修习而不舍其一。
【注释】密宗分内密三乘、外密三乘，详见下说。本节所言之生起次第及圆满次第，属内密。
内密有宁玛派说与格鲁派说。前者称为旧派，后者则为新派。旧说内密三乘，为大瑜伽乘（摩诃瑜伽乘）、无比瑜伽乘（阿努瑜伽乘）、无上瑜伽乘（阿底瑜伽乘）。依次第以无上瑜伽乘为最胜。新说则仅立一无上瑜伽部，复平行分出三部，即父续、母续、无二绩。本论所据为旧说。
于旧派无上瑜伽乘中，又依次第分为心部、界部、口诀部。然口诀部又依次第分为随机、口耳、心髓三部。诸部中以心髓部最胜，独名“自性大圆满心髓光明金刚藏乘”，本论造者龙青巴尊者即属此系传承。
外密次第
事乘——行乘——瑜伽乘
内密次第
大瑜伽乘——无比瑜伽乘——无上瑜伽乘
无上瑜伽乘次第
心部——界部——口诀部
口诀部次第
随机传承——口耳传承——心髓传承
（以上次第，后后胜于前前。而前前则为后后之道基。）
于大瑜伽及无比瑜伽，皆修生起次第及圆满次第，二者同时而修。有谓大瑜伽只修生起次第，无比瑜伽只修圆满次第者，实误，盖笼统而言耳。故本论及敦珠法王释文，皆强调二次第须融合而修。生起次第修法，为观情世间中一切有情皆成本尊，器世间则成本尊刹土，故即以修观想为主；圆满次第则行者自成本尊，住于本尊坛城中。然所成本尊身复有气脉明点之次第修习，目的令行者能起正智，故即以修空性为主。
西藏密宗仪轨，一般均融合生圆二次第，若仅有生起次第者，则为基础教授而已。然于大瑜伽中，则较少气脉明点修习。于无比瑜伽，则先修生起，然后再入圆满次第程序。于修无上瑜伽外内部时，则依次先修生圆，然后始修大圆满，此则为行者内自证智之修习，亦即菩提心之修习。下文将次第论及。
【正文】外三部密，主旨唯在净化，或取或舍，适当交替而修，且用对治法以消除污染。
【释义】外三部密，即事密、行密、瑜伽密。其修习层次尚未能转迷误及妄念成本觉智，由是即须舍妄念而取智慧。行者直接采取相反对治，以清净身心污染。如沐浴、清净、修慈悲等。
所谓交替修习，即视何种污染无明或有或无，而作相应之对治。于修持道上，因有所清除之妄心，及能清净之相应对治法，故须交替而修。此即为外密修持相当困难之处。
【注释】外三部密修持，如事乘，须结种种手印，诵种种真言，以作沐浴、守护、甘露清净、加持法衣等法，然后入座，复须守护自身及修法处所等等。此称为十八道，即共有一十八种清净守护程序。此即净化之意。
【正文】至于内密，因本觉智圆融无分别，是故所舍者，即反成为修道之方便。
【释义】内密即大瑜伽、无比瑜伽、无上瑜伽。于修习中，认知本觉实为方便与智慧之双运，无分别浑然一体。换言之，其为世俗谛与胜义谛之双融，由是而作认知。于本觉总体中，有须舍之者，如妄心，及因妄心而起之苦受等，当其生起，反能因应而用作修持。如是，并非有意引发内心妄念生起，只是无须着意于舍其迷妄而已，而迷妄自然转成觉性。此为内三部密修持特色。
【注释】内密特色，或称为反修。当妄念生起时，不取不舍，反即此妄念而作修持，此即密乘种种止观修习。
月称论师《入中论》有两颂说：
“有性乃生诸分别，已观自性咸非有。无性彼等即不生，譬如无薪则无火。”
“异生皆被分别缚，能灭分别即解脱。智者说灭诸分别，即是观察所得果。”
前一颂，说世间万法之生起，或谓自生，或谓他生，或谓自他共生，或谓无因生，此种种分别，实由不知诸法无自性而致。若知诸法皆无自性，则譬如无薪不能生火，此种种分别谬见亦应不能存在。
后一颂，谓有情因执诸谬见，始起贪嗔痴等，以致流转生死，即为分别所缚，能灭分别便即解脱。龙树菩萨说由观察缘生即灭诸分别，此即修观之理。
密乘修习，非引发妄念，而是当妄念起时，藉修持方便以观察妄念之自性，由是灭诸分别。是故于妄念不作取舍，唯观察其自性而已。譬如当嗔念起时，修忿怒尊法；当贪念起时，修双身法，此即将贪嗔等毒藉修法而加以观察之道，是即为反修。下文言及坛城显现等，即言反修之理。
【正文】于坛城中一切自然显现者，均为佛性展露，亦为行者自心所造。
【释义】胜义实相，即空性圆净显现之坛城，犹如幻镜。诸法于镜中无碍显现，则为世俗实相，行者之心识亦包含其中，因诸法于幻镜中自然显现，实由心现，亦由心受。是故除如镜喻之胜义实相，及如像喻之世俗实相外，更无第三种实相并存。
【注释】胜义实相即是空性，一切所显均为世俗实相。《入中论》云：
“有情世间器世间，种种差别由心立。经说众生从业生，心已断者业非有”。
此乃说一切法唯心造。故密乘修习，在破离心之作者，而非破离心之色法。有一喻云：两王争位，胜者唯放逐败者国王，而自统治人民，非将国内人民放逐。故下文所述清净观法，即破种种法之作者，而不坏诸法缘起，破种种法。
【正文】一切显现都非实有，彼仅为空相，虽若宛然，而实为五蕴积集及妄执所生。若清净观之，无非诸佛眷属。
【释义】世俗诸法实相皆自性空，妄认其显现为实有者，非是。自空性中生起刹那形态，无非为空性幻镜之反映，各别呈现，实为自身意识、认知力及心识之积聚。清净观之，即能体验其微妙相。视自身五蕴为五方佛，五大为五佛母，八识为八大菩萨，如是种种，则知自身与妄念，原具圣者自性。
【注释】五蕴：色受想行识。五大：地水火风空。八识：眼耳鼻舌身等前五识、第六意识、第七末那识、第八阿赖耶识。
五方佛及五佛母：中央毘卢遮那佛，配尊胜佛母；东方不动佛，配玛麻几佛母；南方宝生佛，配佛眼佛母；西方阿弥陀佛，配白衣佛母；北方不空成就佛，配法救度母。
八大菩萨：地藏、弥勒、虚空藏、普贤、观自在、文殊、金刚手、除盖障。
以一切妄念，为心识缘六尘所生境，故视能缘所缘等为佛菩萨及坛城一切法，此即自净其意之清净观法。故坛城即是空性，一切法皆为空性之各别显现。空性即是佛性，故谓为诸佛眷属。
【正文】于生起次第，万法皆现于一坛城。自身成本尊，语为咒音，意则放收本觉。如是作，一切虚幻相即转为佛土。
【释义】世俗万象显现宛然真实，唯以本无实体故，实为误认而已。当以本觉转化此等妄心误认时，即转为觉受不同之微妙相。故若自空有双运之观点观之，万法实为圆满佛土，即遍满本尊之坛城，于是再无一法为虚幻相。
于清净观中，一切身相皆成本尊，一切声音皆成咒音，一切思忆皆成本觉之显现，即于观想中，本觉成不同相状流露，又复回收。全部修习重点，即转身语意为本尊、为咒音等，由是即能清净生起次第之妄念。
【注释】生起次第，谓由内心观想生起坛城本尊，故名生起。圆满次第则不尔，谓直缘自身脉气明点，且令气息融入中脉，以脉气点本自具足，不待生起，亦不待修成，故名圆满。
以此分别，故修生起次第，即藉一切法之幻相起修，由是生起清净坛城，行者无时无刻不自成本尊。若在外密，则行者不能成本尊，而修法时之坛城亦多在面前也。
【正文】于圆满次第，凭脉气点瑜伽修习，行者进入不思议净光明界，此中万法均为真实空性，由是心气即受驾御而致用。
【释义】于内密圆满次第中，身即为脉，语为气，意为明点。当修习脉气点瑜伽时，观想意之本体为本觉大乐。由是气即能致用，得共不共成就。由此修习，古来有无数大成就者得神通妙用，具见于史册记述。
【注释】气入中脉即起神通。道家修中黄直透，其理与密乘略同，亦时能起神通妙用。密乘原不忌讳神通。吉祥燃灯智尊者于《菩提道炬论》中言：“一切佛共许，为引发神通，如鸟未生翼，不能腾虚空，若离神通力，不能利有情。”唯密乘行人知神通亦虚幻相，本无自性，由是对神通便不生妄执，如是始能进修大圆满。
【正文】空性境界与本觉相融，此无分别双运，即是大手印。此即密咒道果金刚乘。
【释义】经如上修习，行者即能证空性与本觉无二，换言之，即能证空性之无碍展现，由是即得本觉佛身，亦名智身；得如如实相之佛自性身。盖佛性即是真如，不涉缘起故。亦可说此乃着重于生起对实相之了知。故密咒大手印道，所修唯果，果即佛道，由是称为果乘。
脉气点等修习，为无比瑜伽，然无上瑜伽亦作此修习，即如大瑜伽亦有无上瑜伽之修习。内密三瑜伽实相辅相成，分别称之为大、无比、无上者，无非为明其重点而已。大瑜伽所重为生起次第，无比瑜伽所重为圆满次第，无上瑜伽即大圆满，契入万有空性。然每一次第均包含生起、圆满及大圆满。为求易了解其理，故分立三密之名耳。
举例而言，于大瑜伽修习，行者由观空起，观万法于空性中清净，于此生起悲悯大海，千波荡漾，此即所谓一心遍法界。当修空悲双运时，即所谓一心入实相。
此际由观想种子字，如吽字(藏文字母略)，以生起清净觉。种子字放光，清净轮回界及诸有情。此一切皆证知无非空性。由此修习，器世间即成佛土，或所修习之本尊刹土，屋宇楼房皆成本尊越量宫，行者心识即成种子字。若种子字为吽，即由吽字转为大悲金刚杵。金刚杵放光，生起所修之本尊，如金刚萨埵。此后再经连串次第，即为大瑜伽之密法修习。
于无比瑜伽，上述次第予以简化，着重控制脉气点之修习。
无上瑜伽即大圆满，有时又称为大无上（maha-ati）。大者，指大瑜伽之生起次第，能悟入实相本体，故实为无上修习。
大瑜伽生起次第必须与无比瑜伽或无上瑜伽合修，其理趣如下——行者至少须修一本尊娴熟，如莲花生大士或其他本尊，持咒亦须娴熟，如未能娴熟，则无修习无比瑜伽所须依赖之基础，于修脉气点时亦缺乏连贯。同理，若行者未入生起次第之本尊静虑止观及持咒，则亦无进入无上瑜伽之背景，使能觉受万法任运成一圆满坛城。此即是三种内密不能分别修习之理。
【注释】密乘于西藏传播初期，过分着重圆满次第之修习，由修脉气点而得神通，并生执著，于是所修即成有漏之有为法。及吉祥燃灯智尊者入藏，始提倡修习空性。修脉气点为定学，修空性则为慧学，又复提倡戒律，于是戒定慧三者始得平行。
因此影响，修密行人始以大圆满见为修密法究竟。三瑜伽必须互摄者，即此之故。盖修生起次第亦修观空性，修圆满次第更须观自身即是本尊坛城，坛城即是虚空法界。由是始不偏重于定而失慧。下文即将详论及此。
【正文】无上极密大圆满，能令行者直入本来具足之境界，万法以此境界为基，此境界复无变易，一切功德于此自然呈现，如日月星辰之现于晴空。此境不假外求，以法尔故，亦不须整治，盖乃自然而然之道。
【释义】此本来具足之法界，能由清净觉体认，不变犹如虚空。于虚空中，诸佛体性及本觉自然生起，一如日月经天，不求而致，无整无治而能亲见。对空性之直接体认亦如是，不假修治而成，以生性可直接认知故。是故大圆满即生性之道。
【注释】依宁玛派教法，于修生起次第时，行者即须修空性。然若仅从理论认识，则仍有分别心，由是能生执著，故须从实修以体认一切法空，始能清净妄心。
若从理论而言，一切法自性，具实体者不生，无实体者不灭，然此自性亦非由异而生，以本来具足故。是故即知生灭无二。于实修时，止心识于所缘境，如自身坛城、三脉四轮等。同时观一切所显本自光明如晴空无云。心识于此二者无分别住，是为止观双运。于此境界亦不执著，不寻不伺，行者自心与此境界浑然一体，是时乃可谓悟知。悟知乃实际体验，离事相亦离理论，任落一边即非是，故不须整治，一整治即落事边或理边。古德云，此际行人心识恰如水中之月，光明而自然，置于广大境中而浑然一体。
大圆满修法，以生起圆满二次第为基础者，即是因已能悟知空性，然后始能住空而修。
【正文】清净光明坛城界亦无须整治，此即法尔法身，遍虚空无所不在。能对此直接悟知，即为诸法实相之无上见。
【释义】空性即是净光明，无始以来即已存在，本然清净。此净光明坛城界，不由因缘和合而成，实即法尔法身，亦即万物无整治之永恒本体，一切有情于心识中本有。故此空性净光明根本界，遍有情恒转如瀑流之心识，如遍虚空。
法身者，为含容万法之身，由佛证得，亦由佛展露。此即对诸法实相本体之证知，亦为诸佛能究竟圆满利益一切有情之因。
佛性即空性，佛性即法身，由是有情始具成佛之潜质，盖于有情心识中佛性本来具足故。普贤王如来为本初佛者，实为法身之形象化而已。普贤之意，实即诸佛密意，亦即本觉，即所谓开悟境界。换言之，一切有情虽具足诸法实相之本觉，然为无明掩蔽故，因即不觉而迷。故普贤者，实唤起悟境耳。当行者任运而觉时，即重获普贤密意。故能直接悟知诸佛遍一切处之密意者，即大圆满之无上见。此能引导学人心识超入本来具足之法身。
【注释】上来说大圆满见。
宁玛派修习，以大圆满为最胜法，于自性大圆满光明界体中，无能生所生，亦离缘起因果，以法尔故。此即本觉，即自然智，即佛内自证智，亦即菩提心。
龙树论师于《发菩提心论》中云：“一切有情于心识中有一份净性，诸性皆备，其体极为微妙，晈然明白，乃至轮回六趣亦不变易。”此即指本觉而言。又云：“普贤大菩提心，一切有情本具觉，为贪嗔痴所缚故。”此即无明能蔽本觉。以具本觉，故一切有情皆得成佛。然于修习时仍须离事理二边而修。
大圆满有心部、界部、口诀部。其修持理趣分别如下——
自三部所共之理而言，显乘务宗皆抉择世俗与胜义二谛，而大圆满则超越抉择。事乘有能取所取清净境，而大圆满则超越能所。行乘不了事理无二，而大圆满则超越事理。瑜伽乘于本尊刹土及轮回有取舍，而大圆满则超越取舍。大瑜伽乘求证金刚持位而入方便般若，是有作意，大圆满则超越作意。无比瑜伽乘求证大乐与空性无别，而入法界体性智，大圆满则超越因果。以此，三部大圆满皆抉择大中观见。
大手印与大圆满相似而实不同。大手印以心印持对境，而大圆满即心境皆般若空性，故二者尚有一尘之隔。此犹禅宗印心与悟知之别。
大圆满三部亦有差别，即有其不共之理。心部观照自心，起本觉智；界部唯住法性普贤界，除此即无所住，由是生起光明；口诀部不住取舍，亦不离取舍，直证轮回涅槃都无分别之内证智体法性境界，故断绝一切思量意度，是即有如禅悟境界。
龙青巴尊者得口诀部心髓传承，尝比较大圆满三部云：“心部即心，仍执意度；界部执著住于法性，仍流意度；唯口诀部能令实相自显，故特殊胜也。”
大圆满口诀部心髓之修法又复分二，一为且却，一为妥噶，前者略同禅宗之渐修，后者略同禅宗之顿入。
【正文】法界本圆满清净，以浮云而生遮蔽，此即为有情妄心之呈现。虽非真实，然遂有三界六道之永恒流转。
【释义】诸法空界本自圆满清净，不受心识缠缚，然于此中，无明投射污染，如云蔽晴空。此无明污染即使空性为迷误所掩，故遂呈现持续之三界六道。即欲界、色界、无色界，及地狱、饿鬼、畜生、人、阿修罗、天人等。换言之，三界轮回本无自性，均由染心生起。一切有情皆由妄心妄念生，有情因此亦流转无有了期。佛性即无始以来具足之普贤密意，一切有情具足，盖此密意有如虚空，周遍一切处。此密意悟知诸法空性，即为诸法本体，故于诸法中见其空性，犹如于镜中见。因知普贤密意者，即所谓悟本来面目。
有情若不悟此理，其本具之法身，即佛性，随即成为阿赖耶识。于此际，因未起分别执，故仍如晴空能具空乐。换言之，若不能视法身为自性，此法身即变为阿赖耶识，此即生起万法之因，亦为轮回涅槃之因。然以未起分别故，故仍未实际生起诸法，仅具潜势力耳。
由阿赖耶识生起无明，遂认我为有，为独立个体，于是便生我执。由是更生我与我所之执，即便思维执持万法以建立自我，证实自我之存在。对客尘之执著即由是而生。
于此际，若能任由所执之外境生起，不用以证实一法，则此执自息，一切生起自归乌有。唯若不能任运，则感官意识之执著将随之而生，即由诸识执客尘，即随客尘有种种名相，且赋名相以种种涵义，如是即为产生执著之程式。
故当我与我所之念一旦生起，形象与意识之运作，亦即能所之运作立即进行，复由觉受以满足自我之建立，此幻我又复寻伺觉受以证实自我为实有。如此简述，即明能执之识，与所执之对象生起，即成轮回，且令之持续无尽。
【注释】大圆满见，抉择大中观见地。故言一切法自性本空，其显现如幻。唯虽如幻，亦非如兔角石女儿，因而其显现亦实。由是能造业者及所作之业亦实，就力用而言，既以能所皆实，故亦不坏缘起。
此即何以当我与我所之念一旦生起，且认之为本体实有，即成轮回之因。若谓我与我所无自性，亦无力用，故不成轮回，则为断灭见，陷于恶取空。
【正文】每当一法生起，无论其为何事物，于胜义谛中都非实有。如云翳晴空，云之去来相，无非动境而已。是故轮回乃属常边之见，其于实相中，唯若云之零散。
【释义】如上述，有情执一切法实有，执识之恒转为真实，若究竟观察，其自性皆空，胜义中了无一法。世俗谛中诸法真实呈现，实基于刹那生灭之因缘，如晴空中之云。
当风吹动空气中之水气时，晴空由是有云。然云既为风与水气在晴空中之衍化，是此二者亦不能分别，或加以分割。云亦唯于空中聚散，更无他处可建立风及水气二因之存在。
同理，由心识之妄念或无明生诸幻相，于是有三界六道。心识如水气，无明如风，三界六道幻相如晴空中之云，晴空则如佛性。心识能认知，其附存于佛性，一如水气之附存于晴空大气。由无明之风驱动，轮回幻相即积聚如云。使诸幻相解散之力，即为觉性，即觉知无一幻相不以空性为本体。除空性外，更无可示其幻相之处，且诸幻相亦无所从生。
如是思维，认轮回为实有者，实由常见，或因妄计。盖妄计为有，实则为无。轮回之三界，其所显现，无一实法为基，既妄计此有彼有，又复执自身常见，三界遂由是而生。故能悟诸法实相，彼等便即如云散。
【注释】既云无我，则何以有业感轮回，其谁为受者，此乃一大佛学问题。中观家以业无自性，而业灭可牵引轮回。此说不同唯识家立受熏种子。
依中观见，轮回涅槃都无自性，无非现象而已。现象实有而无本体，唯却不同兔角石女儿，是故空性中可现万法幻相，万法幻相亦由空性中生，必唯证入空性，然后始可消除一切幻相，在空性中轮回涅槃无二。下文即论及此点。
【正文】然虽非实有，万法却依然显现。由其有边，须知本体皆空，空性所显皆非真实。如翳目所视，如梦，如幻，如黄疸病者视白螺之黄。自无始以来，此等幻相从未被确认一如其所呈现。彼既无基石，亦无支柱，无始无终，亦无中边。故须悟无始以来，万法自性皆清净。
是故轮回诸相，有情诸相，以及一切情器，均不应为心识所执，彼等实如幻师所幻。复次，以同理故，心识亦不可执，万法皆如虚空。以内在心识及外在情器皆非实有故，轮回亦非实有。由悟本体非实有而知诸相皆幻，行者即得解脱。
【释义】悟知诸法实相，即得解脱，盖如云之幻相既散，所见即唯此佛性晴空。
【注释】中观有二派，一为清辩之自续派；一为佛护、月称之应成派。自续派许诸法有自相，而应成派则不许自相成立。本段论文及释文，用应成派义（于此层次，大中观义同）。世间一切有漏识，对自相无不迷乱，如云幻诸相翳彼晴空，固无自性，自相亦无。故世间有漏识所见境相，无不颠倒。
自续师却分世俗为正世俗与倒世俗。白云幻为苍狗，若指之为狗，乃倒世俗，盖即使未达真实义，亦知白云所幻非狗也。然执名言安立为有者，世俗却以为真，如云，人咸以云为真实，此即正世俗见。唯自续师虽对外境分正倒世俗，却将心识只立正世俗，应成师不以为然，以能缘诸境相者为心识，今所缘既有正倒，则心识亦自有正倒。故月称论师言，若世俗谛分正倒，心与境俱须分正倒，不能说境有正倒而心识无也。
是故心识之能缘世俗谛，即许所缘诸法有自相，是知许诸法有自相，无非亦正世俗心识耳，非胜义谛也。敦珠法王言如云翳晴空，诸幻相皆因缘生灭，即是不许诸法有自相之意。能如是，始能不执诸相。若仅从倒世俗边领悟本论及释文，则失原意，非大圆满见。
然却须知，应成师遮拨自性自相，但却不坏其力用，如轮回性相皆幻，唯其力用却真实，因此不坏业力缘起等法，亦不拨无因果。此犹如云幻诸相，性相皆非真实，唯其翳晴空之力用却确乎存在，故晴空始能为云所翳。若不知万法之用，则落断见。由是便易误认无明亦可不迷本觉矣。
【正文】诸法之取舍、因果，及诸缘，均为假相，以彼等本来清净。故须于胜义谛中，离因果而悟其真实本体。
【释义】诸法自性既非独立存在，若不离因果，则必有二事：一者，非独立自存亦可定义为自性；二者，“因”与事物之自性不同。若如是，即误认“因”为实有，以“因”究非实，于胜义中不能称为本体，故诸法实相非离因果不可。
【注释】诸法实相离因果，非谓无因果，只是说因果皆无自性自相。若于胜义中许诸法有自相，则不能离因果，若于名言安立中许诸法有自相，亦不能离因果。
今试以浅义释离因果。应成师认为，龙树之《中论》实主张一切缘起法皆无自性，亦无自相，是故为空。亦正唯无自性及无自相，始能成立一切法。或反言之，诸法始能托因缘而生，然后才名之为缘起。
若万法各有自性自相，则万法已一一为独立存在，更不必托因缘生灭，此不应理。因果亦如是，盖若因能自存自成，则由因生之果亦应自存自成，是则果与因更无依存关系，盖一有依存即非独立，故知此亦不应理。
故《中论》云：“诸业本不生，以无自性故。诸业亦不失，以其不生故。”此即言业无自性，亦不失坏。当业灭时，即有延续力，故可视业本身亦为因缘生灭之缘起法。由是诸法性相虽离因果，却非谓无因果也。
或难曰：业灭何以有延续不断力用。答曰：凡有为法皆有延续力，譬如花谢，花粉已生延续。言业灭，非言业力已断，若如是则落断边，盖灭也者，仅一有为法之转变推栘耳。如佛言生住异灭，灭亦非断也。是故灭实是有为法之一幻相，幻相无自性，而认知此幻相之心识亦幻，即内心外境都由因缘所生，亦可说一切有为法缘生即幻。《入中论》即广显此说，用破唯识师及自续师说。
【正文】如是证悟，乃以清净觉，即胜义菩提心为基石支柱。
【释义】当悟诸法真实本体而生起空性时，则万法皆离言说标记。或难曰：若一切离言，何由认知胜义，悟入胜义。答曰：此际有清净觉性，即胜义菩提心，亦即本觉，空性由是即被认知。于思维次，空性即离分别，而于心识中成为能被认知之对象。谓空性能证悟，即以此之故。盖虽离能所，空性亦非如无知觉之物，不能被认知者。
【注释】龙树弘般若时，唯识尚未出，故龙树未言及法相唯识。然据中观义，龙树实破一切外境，亦破内识，皆不许其计为实有自性，故内外一切法皆缘起如幻。凡言有自性，则心境俱破，凡言无自性，则心境俱不破。
中观应成师，许名言中有离心外境。此说不违龙树宗旨，以名言即非实有故。然此说却与唯识家相违，唯识师无离心外境，谓一切唯识变现，故外境于名言中亦无，然内识却有。敦珠法王所设之难，即拟唯识家言，若内识亦无自性，又何由能知胜义，盖若谓能知，则应有一能知之本体，及所知之对象，二者皆幻，则胜义亦下成，一切唯世俗耳。
本论言，无论轮回、有情，及一切境均非心识能执持，此即破外境非实；又言，亦无可执之内识，此即破内境非实。又言，本自清净，故胜义谛中一切实相远离能所因果。此即仅以实相为无为法，能所因果皆有为法故。至此已超越应成派而入大中观。盖应成师与大中观之别，仅在有无概念建立。应成师立认识实相之理，即有概念，大中观亲自体证实相，即无概念。二者之别，仅隔一尘。胜义菩提心即是实相本体，既云实相，自远离戏论，若内心安立诸境，亦戏论耳。故对胜义之认知，不能藉戏论而安立。
当行者悟入空性时，实以一法之空，印万法之空，如知波之自性，即可印水之自性，故可离分别言说而悟入，亦不须成立能所然后言认知也。
【正文】此即涅槃界，即大法尔，即胜义谛，即本来面目，即本来清净。其本体不生不灭，自性光明，且甚深寂静，远离污染。此即无始以来具足之本觉，即无垢法身，于过去未来现在三时均离变易。此即本体界，即金刚心实相。能了悟者，即证入法性正见。以离常断二边故，即能得胜义谛心要。
【释义】常见者，妄认诸法实有，而诸法本体其实非实有；断见者，妄谓诸法虚无，然诸法实宛然呈现。是故能兼悟胜义世俗二谛，始能离二边入中道。上来总结大圆满正见之阐述，下文依此见建立修定。
【注释】龙树中观见，不拨世俗，但知其无自性，是故心境俱不破，由是于胜义中悟入法界，悟入者，亲身体会之谓。大圆满见尚为理边，故知其理后，当须修持以亲证其理。其修持即下文所云无染之定。
【正文】无染之定，即悟入光明心境界，迷离昏沉掉举虚妄，无杂念，超越世俗心识。此境广大圆满清净有如晴空。无缚无执，亦无分别抉择，盖已离言语思维，不落见地。
【释义】寂天论师《入菩萨行论》云：“胜义谛不落世俗心。”于修定时，其心即须如是以离所缘境。此际境界，了无缠缚，无此物彼物、此境彼境之计量抉择。能无一所缘境入计较，自能不生妄念。总之，能动妄念者是谁，所动妄念又为何耶。既入主性，则定中境界自离言说思量，亦不落见地。盖胜义中实无可言说思量之缘境故。复能离昏沉，以胜义本体即是光明与本觉故。
上来说正见及正定竟，下文即说正行。
【正文】若乎诸行，知诸相显现都非真实，唯圆满清净，所生执著即由是自然消除。
【释义】每日于所行时生起之念头，但能知其本体，念头即决定自然平息。如水面作画，其生起于清净觉性之水面，自亦消融于觉性之中。然此却非谓生起之因消失，盖念头随灭随生无已，唯每生一念，即令之消融而已，即对一切念都不作攀缘。
若图令念头不持续生起，则为小乘声闻众所修之乎息烦恼定境。再无一切念，即能完全寂灭。然此却非大圆满修法。大圆满行者不令世俗心停息，只直认念头之本体。念头起时，即能见其为何物，于是念头自然平息。
【注释】本段述大圆满行。行也者，据所知之理而行，即于日常生活亦是修持。敦珠法王所述，即大中观理趣。于一切有为法，须心境俱破，然无为法，以其无自性亦无自相，是故心境俱不破。此即湛然了悟妄念之理。故大圆满见，悟知空性，大圆满行，观察空性，由观察而悟入，即是依烦恼而修，以所观察者即烦恼故。由是修持不离日用。
【正文】所执之外物如梦如幻。于胜义中，能执之识与所执之境均非实有，故不即不离而行。
【释义】胜义中，所即所离者均不能建立为实有，依空性正见之正行，由是应离取舍两边。
【注释】于修行时，对外境有取，即落常见，亦名增益见；有舍即落断见，亦名减损见。故必唯无取舍寻伺而修，始达空性正见之理，否则便生妄执。
水面作画，无非譬喻所生之观想境界。水面之画随即融回水内，故一切观想亦任其自然融入空性，须如此修，始能见本来清净觉性。盖一切所修，仍是缘起有为法。今日见此境，明日见彼境，无非缘起，故不必落取舍寻伺。此于修生起次第时已须如是，非至修大圆满时始然也。
【正文】诸相生起，无论其为外境抑内识，其为污染，其为静止，其为认定，当令随生随灭，即一旦认知其实相，彼即消融。其消融也，即融入无始以来即已圆满之法身境界。是故能不堕轮回，故亦无须更觅涅槃。
【释义】如上所说，若行者未见本来佛性，法身即成阿赖耶识因。由对先入之我执生认知，此因即生起意念与外境。若了知其究为如何，且不肆意于分别计量，则意念与外境自然融回法身空性觉中，盖除消融外，彼等亦无他处可依，一如云之必于晴空中消逝。以此故，行者即破轮回之能执所执，无须如小乘声闻众所求空寂涅槃，令一切意念寂灭。
【正文】诸相生起，均如反映胜义之镜。诸识生起，一被认知即自行消融。此即法身游戏，如水与波。盖诸相诸识实法身中之相续体耳。此即为胜义之旨趣，即无上见，即大圆满。
【释义】诸相生起，均视之如镜，其本体为空性光明，故能反映胜义，且无碍其示现世俗相。
诸念生起，若能认知其从空性中来，彼即自然返融空性中去。此即法身游戏，如波与水，二者不可分离，故涨退之思潮即行者法身之相续体。
是故每观一相，即能观其所反映之空性，此空性为行者本具法身，其相状，则为行者意念，亦即法身游戏。
【注释】上来两节，详示观察妄念之行。妄念有外境、有内识。当外境生起，即观察其所反映之空性，如本尊生起，即观察菩提心，于是知一切无非空悲双运之力用。当内识生起，则知此无非亦法身展示，如水展示波相，波之本体与水仍无二致，并不因其成波，本体即便不同于水。由是外境内识即便消融，行者对之便无执著，妄念由是不生。此即大圆满道除妄之法。
【正文】要言之，无论作何修持，都须我执自然消融，及能清净法身境界之妄念。能如是善巧修持，即能除道上妄心。
【注释】中观应成师所破，唯在我执，此包括人我与法我。故即使有我、有法，亦未成错误，唯一事寻求，即使只立一法以期证实人我法我为有，此即便成执著。一生执著，无明便起，由是即有生死流转。龙青巴尊者于总结本章时，强调一切修持均须我执自然消融，其故即在于此。
藏密无上瑜伽修持，与应成师之见地配合，但却又下落于见地，是故便高一层，为大圆满，故能道上除妄。每一次第虽有每一次第除妄之法，然就共义而言，不外令我执于法性中消融而已。
又所谓消融，即自然之意。持一境令不失，固非自然；断一境令不生，亦非自然，故大圆满所修，曰法尔光明。法尔者，即本来具足，不假寻伺。
【正文】驾此教法大宝航，愿一切有情无一余，尽度轮回海，到达无上殊胜彼岸，自在解脱。愿有情能得无尽安宁与大乐。