【种子六义】唯识宗所立理论，谓阿赖耶识储藏诸法种子，种子有二类，一为本有种子一为新熏种子。而种子须具备六项条件，称为种子六义。据《成唯识论》卷二等载，即：一、刹那灭，谓眼、耳、鼻、舌、身、意等诸识种一念才生，生则随灭，念念不停，刹那变异。二、果俱有，果即识与根，谓识与根同时俱起，以成力用。如眼根照色境时，眼识随即同缘，于诸实境分明显了，耳、鼻、舌、身、意亦同。三、恒随转义，谓眼耳等诸识起时，种子随转。如眼根照境时，眼识种子随即相续，无有间隔。四、性决定义，谓诸识各各所缘善、恶、无记等三性，无有间杂。如眼识缘恶境，则成恶法，不能成善法；缘善境，则成善法，不能成恶法；若缘无记，则不能成善恶二法。五、待众缘义，谓诸识之种子非缘一因而生，必假众缘而后成就。如眼识之种子须得空间、光明、根、境等众缘，方得显发。六、引自果义，谓诸识各引自体果用，非是色、心交互而成。如眼根照境时，眼识即缘所对之实境，而不混于声、香等别体。见六义别释。
【种子生现行】阿赖耶识有生一切法之功能，此能生之因，称为种子，自此种子生起的色、心诸法，称为现行。能生的种子是因，所生的现行是果，当种子生起现行之际，现行有强盛的势用，刹那间熏习起现行的种成为新种子，这就称为‘种子起现行，现行熏种子。’在种子起现行的时候，种子是因，现行是果；而现行熏种子的时候，现行是因，受熏的新种子是果。这三者是‘刹那生灭，与果俱有。’与此种生现的因果之同时，也就是现生种的因果。有如烛的柱生焰（种生现）之时，同时也正是焰烧柱（现熏种）之时。
【种子来源】此是指种子的来源或原因而说的。种子有二类，一者本有种子，二者新熏种子。本有种子，谓阿赖耶识中，本来含藏有有漏无漏一切有为法的种子；新熏种子，谓阿赖耶识中所藏的种非为本来所固有，而是由现行的前七识、随所应而色、心万差之种种熏习，而成为有生果功能的新种子。于此，有护月、难陀、护法三师不同的主张。一、护月论师主张，他以为一切种子，是阿赖耶识的功能作用，本来俱有，并不是由新熏发生；熏习不过能增长养成本来固有的种子，他引以下经论证明：《无尽意经》谓：‘一切有情，无始时来，有种种界，如恶叉聚，法尔而有。’（界是因义，就是种子差别的异名。）《阿毗达磨经》谓︰‘无始时来界，一切法等依。’二、难陀论师主张新熏说，他以为一切种子，都是由现行的熏习而发生的。因为能熏与所熏，都是无始以来具有，所以从无始来就有熏生的种子。他以为，所谓种子者，必藉熏习而发生。再者种子是习气的异名，所谓习气，就是现行所熏习的气分，由之可知种子是由新熏而来。他也引经论来证明︰《多界经》载︰‘诸有情心，染净诸法，所熏习故，无量种子之所积集。’《摄大乘论》载︰‘内种定有熏习，外种或有或无。’三、护法论师主张折衷之说，他以为诸法种子，本有两类，即本有种子和新熏种子。这两类种子，都是无始以来就有的。阿赖耶识中，具有法尔生起一切诸法的差别功能，这就是本有种子，此又名本性住种；同时在无始以来，由现行的势力，留贮在阿赖耶识中而有生果的作用，这就是新熏种子，此又名习所成种。此本新二种，相待而能生起诸法的现行。