‘密因’，先说明因字，然后解释密字。‘因’就是原因，也就是要素，即指成佛之要素——因。因如种子，由因克果，如依种子的收获——结果。然什么是成佛之因（佛因即如来因）？不生不灭之真心，就是成佛之因（如来因）。若无佛因——真心——焉成佛果？所谓依不生不灭之真心为本修因，而证到不生不灭之佛果。因为依了真心而成佛，所以称它为如来因。又因是出生义，能出生佛果，故曰如来因。然而怎样又称为密因？密有‘秘密’和‘微密’的两种意义。先明秘密：
秘密，即不显露，当知一切众生，皆具有一个不生不灭的真心，它是具足无量功德智慧，但被三惑烦恼之蒙蔽所以不能发见（真心）；不知应用（功德智慧），所谓秘而不知，密而不显，因此故称为密因。虽然如是，但于二千余年前就被释迦世尊发见了。所以世尊在菩提树下成道时，曾三叹：‘奇哉！奇哉！一切众生，皆有如来智慧德相，因被颠倒、妄想、执著不能证得’就是这个道理。还有一种解释：所谓秘密者，以其这不生不灭之真心，为一切众生所不知，唯诸佛如来能知能见，正如世人有一密事，其余不知，唯自己知之。现在所说的秘密其理同样。不生不灭的真心为诸佛所独证独知，故称它为如来密因。又此真心，为十方‘如来’得成佛果之因，但为一切众生所不见不知，虽具而不知，不过密具而已。所谓密具成佛之因，故曰如来密因。
其次‘微密’就是微妙不思议。因为诸佛都依它——真心而成，则诸佛便是真心所生者。此心能生诸佛，实在太微妙了！亦即指此大佛顶法为修成佛果之正因，此法微妙不可思议，故曰密因。又微对粗言，如修五戒十善，此为粗因，修四谛十二因缘法，此为劣因，就是菩萨修六度亦非微妙，唯此大佛顶法是究竟成佛之法，这才算为微妙。
总之，密因就是正因佛性，也是指不生不灭之真心，此心究竟得成佛，故名如来因。以其在迷不知，故又称为密因。当知众生虽具此因，若不‘修’习，怎能‘证’得？故其次须明修证：
‘修证’，修是修习，证是证得。实践体验叫做修，于中所获结果谓之证。又依理起行曰修，由因得果曰证。诸佛的所修，即修此如来密因，依此得不生不灭真心为本修因。所证者亦不外证此如来密因。当知修有‘渐修’、‘圆修’；证有‘分证’、‘满证’。玆约四教明之：先明修，次明证。
藏教依生灭四谛修析空观，是为渐修。通教依无生四谛修体空观，别教依无量四谛，修次第三观，亦为渐修。唯圆教依无作四谛，修一心三观，此为圆修，今指圆修。以大佛顶法俱足三德秘藏，包含一切诸法故。