到了镰仓时代，正当中国的南宋时期，日本佛教的新兴教派，举如：净土宗、真宗、时宗、禅宗、日莲宗等，都应运而起，而且名僧迭出，振兴佛教，大畅宗风。净土法门，由法然上人开始，独创一宗，他本受学于比睿山，后来因仰慕中国善导大师的法系，大倡净土念佛一门。他的门弟子，英才众多，所以后来传下的流派也不少。亲鸾上人，便是他的得意高足，他秉承法然大师的意旨，特别主张出家人可以娶妻食肉，认为唯仗发挥信仰的愿力，但可绝对得到佛力的加庇，往生西方极乐世界。因为他的教义通俗易行，所以能够深揽人心，独成一格，因此便名为净土真宗。它的势力广被，直到现在还盛行不衰。此外，如一遍上人的游行念佛，创立时宗，也是法然大师门的流派。
禅宗的法门，本来早已流传日本，但至荣西、道元两家，才开始建立专宗。他们两人都曾入宋求法，分传临济、曹洞两派的禅宗，以直指人心，见性成佛的宗旨相号召，极适合于当时人们的需要，便普遍流传。因禅宗以了生脱死为话头，后来便影响到日本人不畏死的武士道精神，并且对于他们生活艺术的栽花种竹，诗情画意，都大有裨益，处处以禅意相号召了。
此外，有名的日莲宗，原由日本本土的天台宗蜕变而兴，为日莲上人所开创，乃是主张以唱念《妙法莲华经》的经题，便可见性成佛的法门。上人生性豪迈，为人刚正，以英雄的气质，行佛慈的教化，且具精力充沛，毕生以“自度度他”为职事，所以教法大行，确为日本僧史中的特殊人物。弟子人才辈出，益使法门大张。此时新兴宗派，相继兴起，古宗、平宗两地原有的名宗，也受到激发而振兴起来，便形成日本佛教最为兴盛的时代。
再后至吉野、室町时代，正当中国明朝时期，日本佛教，以禅宗的临济宗最为盛行，京师、关东之间，有五山十刹，二十四流之繁衍。曹洞宗则在东北边隅仅自苟延而已。日莲宗因有日莲上人的倡导，起初传教于京都，后来又盛行于东西各地，流派更多。其他如净土宗，有白旗、名越两派的兴盛。真宗有莲如上人的中兴运动。但从此便逢“战国”之乱，佛教各宗命运，也随政治的没落，以致濒于衰败。
过此以往，到了德川时代，正当中国明清时期，德川家康统一日本之后，他想凭藉宗教的力量，以收揽劫余的人心，所以极力提倡佛教，因此佛教势力，声威重振，便有各家“学舍”和“谈林”等的创设，但此一时期，佛教学术思想的转变，可比之如中国两晋的玄谈，汉唐的疏释。举例说来，如华严，有风潭上人的新说；如临济，有白隐禅师的宗风；天台宗，大兴其安乐律；真言宗，行施其正法律。另外，如真宗有东西本愿寺的分立；日莲宗，有教系的争议。同时中国隐元禅师东渡，开立黄蘖一宗；而曹洞宗，也于此时再度必起。因此佛教学术思想大盛，并且都以俱舍、唯识为其共通的修学基础，这便是日本人所称“佛教的注解时代”。