出家前的生活
憨山大师（一五四六——一六二三）名德清，字澄印，明金陵全椒县（今属安徽）人。父亲姓蔡讳彦高，母亲洪氏。
母亲生平敬奉观音大士。一天梦见观音大士携一童子走进家门，母亲很欢喜地把童子抱了起来，从此以后就怀了孕。
到了明并宗嘉靖二十五年（公元一五四六年）十月十二日的半夜，就诞生了一位白色双层胞衣的胎儿。当剥去胞衣洗濯时，整个室内充溢著异常的香气，这似乎预告中国将行一位巨人出来重振佛教宗风了。
父母为这奇异的婴儿取名为大美。好事多磨，这位婴儿走进人间后并不顺利。第二年，当大美周岁时，生了一场严重的风疾，病得几乎死去。慈爱的母亲见医药无效，就在观音大士前至诚祈祷，并许下愿说：“观音大士啊，如能使我儿大美重病痊愈，我就让他长大后出家为僧，住待正法，来报答菩萨的大恩！”过了几天，病果然痊愈了。为了使大美的生活顺利，母亲又把他的名字寄托在村中的长寿寺里，并改乳名大美，称为和尚。
幼年的大师性情好静，常常喜欢独自一人静坐思考问题，不喜欢与村里的孩子们一起游戏。祖父见孙儿整日独坐，经常对人说：“这孙儿好象木桩一样。”
叔父平日对他十分钟爱，一日忽然死去。他从外面进来，见叔父躺在床上，母亲过来对他说：“你叔父睡著了，你可叫他起来。”于是他叫了几声叔父，但不见叔父回答，只听见婶母悲痛地哭叫著：“天哪！你到哪里去了？”他觉得非常奇怪，便满腹疑团地问母亲：“叔父身体明明在此，又到哪里去了？”母亲回答说：“你叔父已经死了！”他又问：“死了到哪里去了呢？”母亲没有告诉他，但他对“死了到哪里去”的问题，越发怀疑，从此时常思考这一问题。
过了不久，婶母生了一个儿子，母亲带著他去看望。他看见婴儿有这么大，便好奇地问母亲，“这婴儿是从哪儿进人婶母腹中的？”母亲见他问得奇怪，便拍了他一下说“痴子！你是从哪儿进人你娘腹中的呢？”他听后更加不解，人究竟是从哪儿来的呢？从此，“死了到哪里去”与“生命从何而来”的二个疑问，占据了他的幼小心灵，正象许多伟大的科学家一样，在儿童时代已经产生了探索真理的思想火花了。
到了七岁的那一年，母亲送他入社读书。第二年。又转到隔河的学社读书，因来回不便，就住在亲戚家中。母亲只许他每月回家一次，其余时间不准回家。
一日，他回家探望，因为爱恋母亲而不肯过河去读书。母亲愠怒地把他赶到河边，他又不肯登船，母亲一气之下便提起他的发髻，把他抛到河中央去，就头也不回自顾自地离开了。正在这危急时刻，祖母刚好打这儿经过，看见他在河中挣扎著，赶紧叫人把他救起，并送回家中。母亲见有人把他救起送来，仍然生气地对他们说：“这不才之子，不把他掩死，留著又有何用！”随即又把他打逐出去，没有丝毫的留恋。少年的大师见母亲对他这样狠心，毫无爱恋之情，心里虽然很痛苦，但从此以后反而能认真学习不再想家了。大师去了后，母亲时常隔著河淌眼泪，祖母怪她太无情，母亲却说：“必须断绝了他的爱恋之情，才能使他认真读书啊！”
一天，他来到寺院读书，听寺中的一位和尚说，念诵《观世音菩萨普门品》，能救世间的一切痛苦和灾难，心里非常高兴，就向和尚请来一本《普门品》，暗暗地攻读起来，没过几天，便能背诵。母亲经常在观音大士前烧香礼拜，他若在家也总随母亲一起礼拜。一次他对母亲说：“观音菩萨有一卷经。”母亲从末听说过，他即为母亲背诵了一遍，母亲听后非常高兴他说：“你这是从哪儿学来的？你诵经的声音真象寺里的老和尚！”他便把经过情形一一告诉了母亲。
到了十岁的时候，因母亲对课程监督得很严格，他觉得读书既费神又艰苦，便产生了厌烦情绪。一天他问母亲：
“读书的目的是为了什么？”
“做官”母亲答道。
“做怎样大的官呢？”
“从小官开始，一直可能做至宰相。”
“做了宰柏又为了什么呢？”
“最后罢？”
他听后叹息说：“可惜一生辛苦，到头来只是罢了，我读它何用？我只想做个不罢的！”母亲听了愠怒地斥责说：“象你这不才之子，只可做个挂搭僧！”他听到挂搭僧三字，又好奇地问：“什么叫挂搭僧呀？做它又有什么好处？”母亲向他解释说：“僧是佛的弟子，他们的足迹遍及天下，自由自在，是人天的福田，所以到处都有人供养他们。”他听说挂搭僧有这般超脱自在，便对母亲说：“将来我也做个挂搭僧，好吗？”“好是好，只恐怕你没有这份福报哩。”
“为什么需要福报呢？”他又觉得不理解。
“世间做状元做大官的经常有，出家做佛祖的哪里常有呢？”母亲解释道。
“我有这份福报，只怕母亲不同意我出家！”他只恐母亲不同意，便赶紧说了一句。
“你若有这份福报，我就同意你出家。”母亲本来虔信佛教，见儿乐于出家，就答应下来。从此以后，少年的大师在心里埋下了出家为僧的种子。第二年的一天中午，他在家门口偶然看见几位行脚僧，肩挑著瓢笠等什物，远远地走来，便跑去问母亲：“他们是什么人呀？”“哪些是行脚的挂搭僧。”他听了暗自高兴，又到门外去看，见行脚僧来到树下，把担物放在树边，然后向他母亲问讯化斋，母亲忙著去烹茶烧饭，对僧众非常恭敬。行脚僧吃过斋饭后，挑起担物，举起一只手向他母亲致谢，母亲见了急忙避开，恭敬地对僧众说：“勿谢！”僧众便径直上路去了。
当行脚僧去远后，他不解地问母亲：“僧众如何如此无礼，吃了斋饭也不说一句感谢的话？”“僧众要是感谢我们，我们就求不到福了，母亲解释说。
听了母亲的话，他心里暗自想：“这样看来，僧众的确是人间最高尚最伟大的人了！”从这以后，便时刻发心想出家修行，只是苦于没有出家的方便门路罢了。
大师的出家因缘
一五五七年，大师十二岁。随著年龄的增长，知识也逐年提高，对于人生世间是怎么一回事，有了一定的认识。因为宿根深厚，便越来越明显地表现出淡薄无为的性格。他不喜世间的欲乐，不向往男女间的情爱，所以当地父亲准备替他订下婚姻时，他即表示强烈反对，父亲拗不过他，也只得作罢。
一日他听到金陵的一位和尚说：“金陵报恩寺的住持西林和尚，一生修行，很有道德。”便发心想跟随西林和尚去学佛法。他就把出家学佛法的事告诉了父亲，但却遭到了父亲的拒绝，只得又去请求母亲，母亲说得很有道理，她说：“养育儿女的目的是期望他获得真正的成就，既然他有这样崇高的志愿，我们做父母的应该让他去！”于是就在十月的一天，把他送到报恩寺去了。
他一来到报恩寺，许多人一望见，都非常赞叹，认为将来必有成就。西林和尚在方丈室里见了他，就满心欢喜他说：“这孩子骨气非凡，若仅做一名俗僧，那就太可惜了！”当时禅宗名宿无极大师正在三蒋殿初开法会讲道，西林和尚便携带他去拜见。会面时，大学土赵大洲也在旁，一见他也很欢喜他说：“这孩子将来当为人天师表！”又抚摸著他的头说：“你爱做官，还是爱做佛？”他立刻回答说：“爱做佛！”赵大洲对二位大师说：“这孩子不可轻易看待，应好好地培养他，将来必有大成。”就这样，在许多佛教老前辈的关心和重视下，他开始踏上了最有意义的人生之路。他的第一课，就是参加无极大师主讲的法会，虽然还听不大懂究竟讲些什么，但心里却觉得似有所知。而只是无法形容罢了。
听完了这一座讲经法会后，西林和尚即选择了徒孙中最有学问的数人，专门来教育他。先是学习《法华经》，仅学了三个月便能流畅地背诵。这样他认真地学了二年，一般流通的经论，都已能熟背了。
西林和尚见他进步很快，高兴他说：“这孩子可教，不可误了他的光阴。”于是又延请了精通《四书》、《五经》的先生来教他。先生让他先学习进举子的必修课《四书》与《五经》，后又学习了诸子百家的学说，左传、史记等历史，以及古文诗词赋等，真是无所不学，无所不读。这样跟先生学习了三年，学通了《四书》、《五经》等大量作品，并即能赋诗作文。当时还曾写过一首《江上籍》的赋，在同学中间颇有影响，大家见他学识捷进，都非常稚重他，他感到文学事业有累阜心，因此对进举一事，并无多大兴趣。
一五六四年，大师十九岁。因许多同学在进考举子时都取得优异成绩，有人劝他也去应试。刚好栖霞山的云谷大师也在寺里，听到人们议论著进举应考的事，惟恐他也有应试的念头，便竭力对他开示出世解脱与明悟心地的如何重要和如何微妙的道理，又历举了《传灯录》以及《高僧传》中的诸位祖师们修行证果的殊胜因缘，并叫他自己去阅读古德遗著。云谷大师是禅门中的正法眼藏，憨山大师一向对地十分敬重，现在听了他的指点，就到藏经楼，在书笥里捡得一本《中峰广录》，认真地阅读起来。书未终卷，内心便非常欣慰地想：“这个能出离生死痛苦的参禅法门，正是我所高兴修的啊”。从此以后，便立志修习禅宗法门，脱离生死苦海，对进举的事不再动心了。
过了几天，他恭请西林和尚做了他的剃披师，真正成了出家的弟子。接著又把以前文学作品全部烧掉，以绝留恋之情，并专心于参究向上的大事。
这样修了一段时间，他感到自己未明参穷宗旨，又试用专心持念阿弥陀佛名号的方法。当他日夜不断地念了几天后，忽然在一夜间，梦见阿弥陀佛现在空中，位置正当日落的地方。梦中见到的佛，庄严的相好和圆光都非常清楚，大师虔诚地行了接足礼，内心瞻恋不已；又愿见观音苔萨和大势至菩萨，二尊菩萨也立即现出了半身。从这梦后，三圣就时常在目前，身心已趋向初步的法乐中。地心里很自信地想：
“修行一定会成功了。”
到了冬天的时候，报恩寺举办了讲经法会，请无极大师讲《华严悬谈》。憨山大师在这时受了具足戒，并随众听大师讲解。当地听到十玄门中“法界海印，森罗常住”时，恍然了悟法界圆融无尽的道理。他由精奥的文章联想到著者，内心就更加羡慕清凉大师的道风。以清凉为义，他还取了“澄印”的字，并把自己的想法和“字”请无极大师指正。大师问他：“你有志愿入这个法门吗？”他答道：“有！”大师对他的志愿很赞赏，就向他介绍了五台山冬积坚冰、夏仍飞雪，从来没有炎暑等清凉胜迹。
打这以后，无论来往做事，冰雪之境居然现在目前。因此向往清凉的心念更加坚固，发愿住在其中修行。这时，对世间的名利再也没有耽著之心，而厌离世间五欲的念头，却没一刻忘掉。
在年底的最后一天，西林和尚毕集了一切法眷说：“我年龄已经八十三岁了，早晚有一天就要去的！我一生剃度弟子八十余人，没有一人能担负我的弘法大业。他顿了顿，抚摩著憨山大师的背说：“这位小青年宿根深厚，我期望著他能成为佛门的健将，可惜我看不到他的成就了！他年龄虽还轻，却已具有老成的见地。我去世后，凡殿堂房门等大小事务，都得听从他的安排，勿认为他年龄轻而动用他人！”大众在唏嘘声中，接受了西林和尚的咐嘱。
新年的初七，西林和尚搭起戒衣，巡遍了全寺的寮房，并向大众诀别。大众见西林和尚的身体仍很健康。就感到十分惊讶。
又过了三日，西林和尚嘱咐弟子安排后事，身体略示了微疾。弟子端药给他，他对弟子说：“我就要去了，药物对我又有什么用处呢？”接著他聚集了大众，念佛五昼夜。到了正月十六日，西林和尚提念珠，结跏跌坐，安详而逝。就这样，憨山大师的第一位启蒙导师，很自在地离开了人间，这正是他一生无量功德之花结出的丰硕果实啊！
禅定初门
西林和尚圆寂后，他的师弟少师祖担任了报恩寺的住持，就在这一年，云谷大师在天界寺举办了一期盛大的禅七专修活动，召集了全国名德高僧五十三人，弘扬禅宗的参悟法门。
憨山大师听到这一消息异常高兴，况且能与许多名德高僧在一处参禅，这进步该是多快啊。云谷大师向来对憨山大师非常器重，这次他极力提拔憨山大师前往参加。憨山大师请示过少师祖并获得同意后，就到天界寺去。
大师在禅堂里开始用功时，因不知用功的诀窍，心不能安下去，很觉苦闷。为了弄明参禅的下手功夫，他恭敬地来到云谷大师面前拈香礼拜，然后请求开示参禅的方法。云谷大师对他指示了审实的念佛公案，即以一句阿弥陀佛名号为参究对象。听了云谷大师的开示，他就一心参究一句佛号，念念专注。在三个月中，竟然如在梦里一样，了然不见有在一起的同修大众，也不知有日常生活的事情，同修的大众都赞叹他有志气。
用功太急了也会生病。大师因用功已经得力，于是越来越勇猛精进，由于操之过急，以致发了背疽，红肿了很大的一块，疼痛异常。云谷大师见了也觉得不好办。这时憨山大师搭起袈裟，诚恳地在韦陀菩萨前祈祷说：“我所以会发生这样的背疽，一定是宿世怨业来索前债，我愿读诵《华严经》十部来消除宿业。请菩萨加被，使我在禅七的最后三个月里勿发生病苦，以完成这次修持功德，过后即诵经还愿消业。”他在菩萨前祈祷后，到了半夜时，觉得身体疲倦极了，一上禅床就呼呼熟睡。当早晨的钟板响起时，他依然在熟睡中。等他一觉醒来，天已大明，一摸背疽却已平复。云谷大师见了问：“你的病怎样了？”他愉快地答道：“疽病已痊愈了。”云谷大师掀起他的衣衫一看，果然已平复如初，在座的大众都惊叹不已。
禅七的最后三个月在寂静中很快过去，结了禅七后，大师步出禅堂，他的心境平静极了，吃饭穿衣或者劳动作务，或者行走在街市中，就象仍在禅堂中一样清净，丝毫不受环境的扰动。当时了解他的人，都认为有些奇特。
江南一带的禅宗道场，自经云谷大师的提倡，才开始兴盛起来。但僧众中修习禅宗的不多，提倡和发扬禅宗法门的就更少了。惟有憨山大师承云谷大师之旨，力究向上一著。而且，当时寺院里的僧人服装，大都随世俗的习惯，喜欢穿色彩艳丽的，大师不迎合世俗的见解，根据戒律上的要求和古德们的训诫，只寻了一件衲衣披了起来，人们见了都说这和尚有些怪僻。
第二年，大师廿一岁。在二月廿八日的中午，天下起了倾盆大雨，忽然一声巨雷从塔顶而下，塔殿里顿时燃起了熊熊烈火，片刻之间就烧焚了大雄宝殿。火一直烧到傍晚时分，一百四十多间的殿堂和画廊，几乎都化为灰烬。因为这座寺庙本来是皇室建筑，建寺所需费用全都出自皇宫大内，少师祖将此情况上奏朝廷，皇上认为没有及时扑灭大火，应由寺院负其责任。于是降罪下来，逮捕了少师祖等十八人，住在寺中的僧人恐受株连，纷纷离去，留下的一些执事僧再也无人商议事务了。在这大宇将倾的关键时刻，憨山大师挺身而出，毅然承担了寺皖中的一切事务，并且尽力解救厄难。他亲自身背饭菜送到牢狱中供给被捕的人。为了救他们出狱，不管寺院到刑部有二十里之遥，来回奔波了三个月，才使他们免于死罪。
当时有一位雪浪法师，年龄比憨山大师大一岁。他俩都依止无极大师，而且性格和观点都极相似，亲密得如同胞兄弟一样。一天，大师和他谈起复兴寺院时说：“要复兴这座规模宏大的寺院，若不具备大福德、大智慧，是不容易成功的。我们应该拼命修行，静养道德，以等待时机的到来。”雪浪法师十分赞同，也发誓重兴寺院。
不久，少师祖又逝世了，从此西林和尚的遗业再也无人支撑。因西林和尚平素没有储蓄，所以欠了许多债。如拿寺产抵偿，势必使江南名刹毁于一旦。这时大师想起了西林和尚的遗嘱，决心保护寺产。他想方设法偿还了所有借贷，又用一部分资金来维持寺院里的生活，这才使报恩寺保存了下来。
这年冬天，憨山大师到天界寺听无极大师讲解《法华经》。因为立志行脚参学，所以在听经期间，经常留意在僧众中寻找戒行优秀的作为伴侣，可是过了很久，竟未能寻得一位理想的同道。
一日，大师上净房（即厕所），看见后架非常清洁，想这净头（打扫厕所的僧人）必非寻常之人，于是到客房里去访问。见到时却是一位黄肿病人，便更觉奇怪。
大师每天早上起来上净房，总见早已打扫得干干净净，也不知是何时打扫的。大师想探个究竟，便在一个晚上功课结束后，在经行的走廊下暗暗窥察净头。见他在众人放参时，即已把净房收拾完毕了。又过了几日，大师见净房不再清洁，也不见净头出来，一问执事僧，才知道净头在客房里病倒了。大师即去看望他，见病势严重，关心地问：“师傅！你身体觉得怎么样了身心还安定吧？”净头回答说：“身体被业障缠缚得已难以放下了！尤其是贪吃的念头更令人难以忍受。”大师问他为什么会这样。他说：“我看见大家过斋，恨不能把吃斋的念头也一齐放下！”大师笑著说：“这是久病思食啊。”从这次接触后，大师知道此人是真实修行的，因此回去料理了一些果饼去供养他，并问他称什么法号。那净头答道：我俗姓签，是春秋续鞠居的后代，家住蒲州，现在法号是“妙峰”。大师即与他相约结伴行脚参学，妙峰大师欣然同意，并对大师说：“师傅有这志愿，行脚时我愿替你背荷草鞋，住山时我愿供给你柴水。”不久，妙峰大师病愈了，大师再去看望时，早已不知去向。大师知道他因参禅的大事未了，怕受连累，因此潜行而去。
一五六七年，大师廿二岁。这年教育部门下了檄文，在报恩寺设立义学，专门培养僧徒。请憨山大师担任教师，受学的少年僧徒有二百人。因此，大师又复习了诸子百家和左传、史记等著作，致力于教育事业。第二年，高座寺又请大师去任教。以后的二年又应聘到金山寺教课。总计大师在廿二至廿五岁这四年中，是在匆忙的教育僧徒中度过的。
云游参学
隆庆改元五年（一五七一年），憨山大师廿六岁。他偕同雪浪法师游学卢山。到了南康，听当地人说山中老虎作乱，不便登山，于是冒著风雪抵达吉安，参拜青原寺。
大师看见青原寺衰残得不堪入目，寺中清规早失，僧人都留起须发，内心慨叹异常，决心兴复这座寺院。由于道德的感召，有四十多人响应做了和尚，同时又整顿了原来在寺的僧众。从此青原寺又恢复了原貌，建立了清净的僧伽团体。
到了夏季，大师从青原寺返归报恩寺料理寺务。他把寺中事务安排妥善后，已是十一月了。这时才著手准备实践一钵远游的志愿，雪浪法师表示反对，惟恐他不能耐受远游的艰难和寒冷，劝他先游浙江、江苏一带，因为这一带气候温和，多是山水胜地，风景秀丽，可供观赏。可是大师却认为：“我们众生的习气，都爱恋软缓，喜欢那些赏心悦目的境界。如果想了生死，断烦恼，一定要艰苦锻炼，到习气无法放纵的地方去，才容易制伏烦恼习气啊！若只徘徊在江、浙一带，不是近在枕席之间吗？那对于修行来说又有什么意义呢？”
第二年，大师一人托钵到了扬州，因被大雪所阻，又生了一场病，只得暂住下来。过了一些时候，大师见病已好转，便托钵到街市循乞。他走到人家门外，只是来回徘徊著，不能呼乞。大师心里思忖，这是什么缘故呢？一摸腰包里还有二钱银子，便赶紧反省：“原来还有这些银子可以依靠，所以放不下呀。”这时他看见雪中有僧人行乞而得不到食物时，便毫不犹豫地把他们邀到客店里，拿出所有的银子，同大家饱餐了一顿。
第二天，大师又上街乞食，走到一二户人家门口，很自然地向人家呼乞，因此得到了食物。他暗自高兴地想：“我的力量足以轻视万钟的富翁了。”又在钵上刻下了“轻万钟之具”的铭字，称自己的衲衣为“轻天下之具”。又作了一铭说：“尔委我以形，我托尔以心。然一身固因之而足，万物实以之而轻。方将曳长袖之风，披白雪之襟。其举也，若鸿鹄之翼；其逸也，若潜龙之鳞。逍遥宇宙，去住山林。又奚炫夫朱紫之丽，唯取尚乎霜雪之所不能侵。”大师把澹泊的情操，高洁的志行，在这铭中完全表现出来了。
这年七月，大师来到京都，因没有投足之地，只得从早到晚地行乞街市，然而到了傍晚时分，竟未得一点食物。天将要暗的时候，他信步走到西太平仑茶棚，在这里仅得一餐的饮食，晚上就在附近的河僧遗教寺过夜。
大师青年时的同学汪仲淹的哥哥汪伯玉，这时任左司马，听说大师来京，就邀请在他家住了十日。过后，大师拜谒摩诃忠禅师，又随忠禅师到西山听《妙宗钞》。经期结束后，忠禅师留他过冬，并听受了《法华经》、《成唯识论》，又请安法师讲解因明三支的比量。
十一月的一天，西山来了一位头留长发、身穿揭衣的人，他站在大师的门前，先高声喊道：“有盐客相访。”便径自走进门去。一见大师立即就问，“还认得吗？”大师仔细地端详了一会儿，当看见他的有神的双眼时，才忽然记起了曾在天界寺当净头的妙峰和尚，就说：“认得。”妙峰和尚风趣他说：“改买换面了呀！”大师也幽默地答道：“本来面目自在！”两人相对一笑。
第二天，妙峰大师来问讯。夜晚他俩盘膝谈心。大师这才问起他为什么这般打扮，妙峰大师答道：“我现住山阴龙华寺，因长期住在山林之间，所以须发长了也没法剪。不久前施主在山阴殿下修建一座梵宇，要我请一部藏经，因此才来到这里。”憨山大师说：“我一来为了找寻你，二来为了观光辇毂，参究天下善知识，以绝他日的妄想。”妙峰大师说：“我与你分别后，没一刻不思念你，有时以为无缘相会了。这次幸而来此，和你才得一见，”这样谈了一夜，第二天早晨一笑而别。
憨山大师一人又参遍融大师，进门顶礼后，即恭请遍融大师指示向上功夫。遍融大师不说一句话，只用两眼直瞪著他而已。接著大师又去参笑岩禅师。禅师问：“你从何处而来？”大师答道：“南方来。”禅师又问：“你记得来时路吗？”大师说：“一走过便一切不管了！”禅师赞叹道：“你却来处分明！”大师即向笑岩禅师头面顶礼，然后侍立在旁请益，笑岩样师对他开示了向上一著的几句法语。
大师廿八岁时，想到五台山去游学，便先寻了一本《清凉传》，按照书中记述的事迹和位置，决定登山的方向。这正是春气初发的时节，大师先登上北台。因已知憨山环境清幽，便沿途打听憨山的去向。他在僧人的指点下到了憨山，看见山色奇秀，非常高兴，便暗中以憨山作自己的“号”。后人常称的“憨山”大师的号，便由此而来。这时大师又写了一首诗，表达立志要在五台山修行的决心。其中有二句是这样的：“遮莫从人去，聊将此息机。”
憨山的山势固然奇秀，但因山中气候异常寒冷，暂时无法住下修行，大师只得又折回京都，东游参学。
初证色空
一天，大师游到盘山千像峰，登上盘山顶时，见山顶旁的石岩望住著口位隐者，灰色的头发，土色的面脸。大师进去向他作礼，可他头也不抬，只是凝心端坐；问他什么话，也不哼一声，大师意识到这隐者非同一般，就在旁边打起坐来。过了一会儿，隐者起来烧茶，烧开后就倒了一杯自喝，大师见了也端了一杯喝。喝完茶，隐者把茶具放回原处，依旧默不作声地打起坐来，大师也仿照他去做。又过了一会儿，隐者起来烧饭，烧熟后，就盛了一碗自顾自在那里吃起来，大师也盛了一碗与他同吃。饭后，隐者又端坐如故，大师也仿著端坐。到了夜晚，隐者起身到山岩外经行，大师也跟他一起经行。
第二天，隐者就不再动身了，大师按隐者的茶饭时间，准时地烧茶烧饭，两人吃后，又依然静坐参究，人夜又同去经行。这样在寂然无声中一直度过了七日，隐者这才开口问大师：
“你从哪儿来？”
“南方来。”
“来这里作什么？”
“特地来访隐者。”
“隐者的面目是如此平凡，并没有什么特别呀？”
“我一进门早已看破了！”
隐者听了笑著说：“我住这里三十多年，今日才遇到一个同风！”于是留大师住下，大师也感到遇上高人正好求学，也就住了下来。
有一天夜晚，大师照例到岩前经行。在经行中，忽然顶门响起了轰隆之声，犹如炸雷一样，瞬间，山河大地，身心世界，豁然顿空。这空性不是眼根与空尘相对的“空”可以比拟，而是与心相应的空定境界。大师在这空定中，约过了五寸香的时间，才慢慢地感觉到身体的存在，又慢慢地感到脚下土地的坚实，睁开眼慢慢地见到了山河大地。身体的一切生理功能又恢复到以前一样。身体似乎有一股风托著一般，轻松愉炔，心的受用也无法形容，这正是奢摩他的正定境界。
大师回到岩中，隐者问他：“你今晚经行，为何这样长久？”大师把经行中的境界一一告诉了他。隐者深沉地告诫说：“你这还在空色蕴境界中，不是本有的心性。我住这里三十多年，除了阴雨风雪以外，每夜经行都有这样的境界，如果你不著在这境界上，就不会被它迷了本有的心性！”大师听了十分尊敬他的教诲，很高兴地作礼致谢。
再说妙峰大师已经请来了藏经，向汪伯玉询问憨山大师的去向，汪伯玉即派人登盘山寻找，寻至岩中，向大师转述了妙峰大师等候相见的迫切心情。大师想，在盘山岩中已经住了很久了，又因与妙峰大师有约在先，故不得不去。当大师拜辞隐者时，两人都不忍离别。隐者送大师出山，脸上挂看泪花，一直到半山才回去。
大师回到京都，妙峰大师与汪伯玉都来迎接。他俩笑著对憨山大师说：“你怎么这样长久才来啊？”大师即向他俩叙述了盘山岩中遇隐者的始末，汪怕玉听后说：“你已有这样的境界，住山的事可以了结了！”大师说：“这不过是路途边的风光，到宝所还远著呢！”他俩听后相对大笑。
当时的京都聚集著许多名士，他们德才兼备，又都信奉佛教。如王凤洲和王麟洲二兄弟，汪伯玉与汪仲淹二兄弟，以及南海欧桢伯等都是较著名的，大师对他们的德才是夙所倾慕的。
有一天，大师去访王凤洲，王以为他年龄轻，不怎么重视。大师见他如此自大，也装作很骄做的样子。王教他作诗之法，他只是瞪看双眼看他，竟然不说一句话就走了。王感到很扫兴，就对他弟弟说了这一情况。第二天，王麟洲来访大师，一见面就说：“昨夜家兄失去一只眼！”大师说：“你有一只眼吗？”麟洲拱手道：“小子相见了啊！”两人相对大笑。麟洲回家对他哥哥说：“阿哥，你输给维磨了。”后来，麟洲作了一首诗赠大师，其中二句是这样的：“可知王逸少，名理让支公”。
一次，大师与汪仲淹在一起，汪正在看《左传》，就对大师说：“你天资聪敏，大有文学天才，家兄是当代文学宗匠，你为什么不依他学习，以期成一家之名呢？”大师听了笑著唾了一口说：“留取令兄的膝头，他日拜老僧受西来之意呀！”仲淹听了非常不高兴，回去告诉汪伯玉时，伯玉说：“我很相信他，看他的道骨，以后一定能入大慧、中峰禅师之室，他岂肯被区区文学所羁绊呢。只怕他现在这样浮泛的游学误了修道大事啊！”一天，伯玉看到大师给仲淹的扇头诗，他指著“身世蜩双翼，乾坤马一毛”的二句诗说：“仲淹，你看，这哪里是文字僧所作的诗呀！”
过了不久，汪伯玉特备了一席素斋供养憨山大师与妙峰大师。他们边吃边谈，伯玉说：“现在禅门寥落，后继无人，的确值得我们担忧，我心里经常挂念的正是此事。”接著他又对憨山大师说：“我看你的气度，将来成就一定不会小，你为什么不珍惜时间，努力振兴禅门，而去浪游天下呢？”大师回答说：“贫道特为生死大事，参访知识，故行脚天下。现在我之所以要见诅许多当代名士，为的是断绝他日攀缘的妄想啊！”接著又说：“我并不想浪游，而是有目的的，不久也将去了。”伯玉听了赞同他说：“我很相信你的作为，试观现在的出家僧人，没有一个可作你师傅的，假使没有妙峰大师，也许你也寻不到同修的法侣了。”大师说：“过去在法会众中物色了妙峰师，曾在那时结下了同参的盟誓，因此前来相寻，想不到会在这里邂逅。”
过了几天，自妙峰大师请得藏经回来后，汪伯玉送他一本《勘合二道》，又写了一篇文章送给大师。
一天，汪伯玉派人请大师速速前去，一见面就说：“妙峰大师已经去了，你为什么还不去？”大师回答说：“我想暂留几天再去。”伯玉听了大为不然他说：“我知道你不愿意随别人的脚跟后头转，但这不一定对。古人不羞小节，而耻功名不显于天下，但愿你以后做出法门中一段光辉事业来，现在又何必为这区区小事而计较跟不跟别人去呢？”大师听了很受启发，为感谢他的一番好意，决定和妙峰同去。他立即动身赶到码头，看见妙峰大师已经坐在船上，妙峰大师问他：“师兄，你也去吗？”大师答道：“我也去！”即登上马车，未别一人而去。
融员诸法
秋天的八月，天高气清，大师渡过孟津，观看武王观兵处，在这里作了一首吊诗：
片石荒碑倚岸头，
当年曾此会诸侯。
王纲直使同天地，
应共黄河不断流。游到夷齐叩马地，又做了一首吊诗：
弃国遗荣意已深，
空余古庙柏森森。
首阳山色清如许，
犹是当年叩马心。
进入嵩山少林寺，拜谒了初祖达摩祖师的圣地。
到了洛阳，观看了焚经台、白马寺等古城风貌。
九月抵河东与妙峰大师和山阴王会面，山阴王挽留大师过冬。
当时山阴太守陈公准备刻印《肇论中吴集解》，请憨山大师校阅。大师以前对《肇论．物不迁论》中的“旋岚偃岳”的宗旨不明白，对这道理的怀疑已经很久了，现在又看到它，仍觉惘然。当他阅到：“梵志出家修行，到头发白了才回家，周围的邻居见了问：‘过去的梵志还在吗？'梵志回答说：‘我和过去的梵志相似，但又不是过去的梵志！'恍然了悟了诸法不迁的道理，他立即感叹他说：“这是值得深信的真理啊！一切万事万物在本体上说，本来没有生灭去来，而是永远常住的啊！”他下了禅床去礼佛，虽然一起一伏的拜著，却没有起伏相可得。他揭开竹帘，走到台阶上站住，忽然一阵凉风吹拂著庭院中树叶，金秋时节、飞叶满空，在大师心中也了无动相可得。大师这时想：“这正是‘旋岚偃岳而常静'的境界啊！”后来小便时不见有流动相，他想：“这犹如‘江河竞注而不流'啊！”于是对生来死去的疑团，从此冰消瓦解，就作了一首偈表明内心所明：
死生昼夜，水流花谢；
今日乃知，鼻孔向下。
第二天妙峰大师来相见，高兴地问：“师兄！近来修行有所得吗？”大师回答说：“夜里看见河边两头铁牛相斗都入水中去了，至今绝无消息。”妙峰大师笑著说：“你住山有本钱了！”
过了不久，山阴王请来了牛山法光禅师，大师对法光禅师久已慕名，一见面，言谈就十分相契。法光禅师对他开示了“离心意识参，超凡圣路学”的禅宗参究道理，深得个中妙旨。这时大师才知道，悟明心地的人，出辞吐言，果然与一般人有所区别，于是更加服膺法光禅师。
有一天，法光禅师在大师的袋里寻得几篇诗句，读后感叹他说：“这样微妙的佳句，是怎样做成的？”又笑著说：“好是好了，只是向上一著还欠通！”大师听了问：“和尚那一著通了吗？”禅头说：“三十年拿龙捉虎，今日草中走出兔子来吓一跳。”大师说：“和尚不是拿龙来捉虎手。”禅师听了提起柱杖想打大师，大师立即把住柱杖，又用手捋他的胡须说：“说是兔子，恰是虾蟆。”禅师听了，笑一笑终就走了。
一次，法光禅师对大师说：“你不必到别处去，我们一起同修如何？”大师说：“我看禅师的佛法机辩，不比大慧禅师差，但日常行动似有风颠之态，吟诗作对，手口不停，这究竟是怎么一回事？”禅师回答说：“这是我的禅病，因为在初发悟的时候，偈语如流，日夜不绝，不能自我控制，以后就成了这种病态。”大师又问：“禅病初发时怎么对治呢？”禅师说：“禅病初发时，如果自己看不破，必须寻一位大手眼人痛打一顿，再熟睡一觉，醒来时禅病就消除了！我可惜在当年禅病初发时，没有明眼高手的指点，所以至今仍旧如此。
大师正月就要去五台山，禅师知道后作了一首诗赠给他，其中有“雪中狮子骑来看，洞里潜龙放去休”的二句。问大师：“你知道其中的意思吗？”大师说：“不知道。”禅师解释道：“诗中之意是要你不要捉死蛇啊！”大师点头称是。向来禅宗法门久无师匠，大师自从见了法光禅师后，才知道有宗门作略。
彻悟心性
一五七五年，大师三十岁。这年新春正月同妙峰大师从河东出发一起到五台山去，直至年底十二月十五日才登上五台山。塔院的大方法师请二位大师卜居北五台龙门，这是个最幽峻的地方。第二年的三月三日，大师在雪堆中拨出数间老屋，同妙峰大师住了下来。
在这里大师目睹万山冰雪，清凉皎洁，俨然是过去曾经羡慕的境界，感到身心洒然，如同进入极乐世界一样。
不久，妙峰大师独游夜台，大师继续留龙门修行。他在冰雪之中单提一念，人来了也不交谈。只看看而已。这样时间一长，看见人就象看见木杌一样，后来竟连文字也不识了。
到了初夏，大风猛吼，万窍怒号，冰块渐渐地消融了，大水冲击著山涧；奔腾的暴流犹如惊雷一般。大师在寂定中受到这雷鸣般的声音干扰，功夫也受到影响。他去向妙峰大师请教如何才不受境界扰乱的方法，妙峰大师对他说：“境界的生灭变化，是认意识攀缘而生，并非从外而来。听古人说：‘三十年闻水声不转意根，当证观音圆通'。”大师回来后，每日坐在溪流急湍的独木桥上锻炼。开始坐时，水声宛然，时间一久，动念时听到水声，不动念就听不到了。
一日，大师在独木桥上静坐，忽然之间忘却身体，一切声音顿时消失。从此以后，虽然声音如雷，再也不能扰动大师的静寂心境了。
大师住山的食物仅用野菜拌粥汤，这天，大师吃过粥在山坪上经行，摄心归一，忽然立定，不见身心，唯一大光明藏，圆满湛然，犹如大圆镜一样，山河大地都影现其中，到出定时，智慧朗然，自觉身心了不可得，这时大师作了一首偈：
瞥然一念狂心歇，
内外根尘俱洞彻。
翻身触破太虚空，
万象森罗从起灭。
从这以后，身心世界湛然寂静，不在被声音和色相所障碍，从前的疑团当下顿消。再看看釜锅，已经盖上灰尘了，因为一人独住无侣，也不知时间过了多久。
雪浪法师为了寻找憨山大师，谒少林、涉伏牛、上五台龙门，在冰雪堆里寻到大师，他准备与大师一同修道，誓共生死，大师却对他说：“人各有志，也各有缘。师兄的缘份在于宣扬佛法，续佛的慧命，不应在此枯寂终老。江南一带真正的禅法久已湮没，你用上承无极大师的法席，荷担嘱累；下可化导众生，作人天的眼目，才不至辜负出世的大事因缘啊！”雪浪法师听了觉得很有道理，就与大师郑重而别。后来雪浪法师卓锡三吴诸郡，宣扬佛法三十年，大众围绕，东南讲席，由此大盛。
大师悟后，因无人请益印证，于是翻开《楞严经》来参证，大师以前未曾听过这部经，对其中的义理未尽明了，这时他以现量境界去观照经文，心识微起，立即觉了，不使落入分别思量。这样过了八个月，对全经的旨趣，了然无疑。
因塔院大方法师被奸商诬告，大师为了解救他，一人冒著严寒到了雁平镇代郡胡顺庵公馆。胡原是平阳太守，砚转任雁平兵备，对大师一向恭敬，他见大师到来，异常高兴地说：“我正考虑到山中，大雪寒冷难禁，已写好书信，正要派人去接师傅，师傅正巧来到，真乃诚心所感啊！”大师即告诉他大方法师被诬告之事，胡即请人放了大方法师，塔院道场才得以保全。
胡顺庵留大师过冬，朝夕问道，十分殷切。大师对他开示说：“密于事者心疏，密于心者事达。故事愈密，心愈疏；心愈密，事愈达。心不洗者无由密，是以圣人贵洗心退藏于密。”又开示说：“目容天地，纤尘能失其明；心包太虚，一念能塞其广。是知一念者，生死之根，祸患之本也，故知几知微，圣人存戒。”又开示说：“念有物有，心空法空。是以念若虚熔，逢缘自在；心如圆鉴，来去常闲。善此者，不出寻常，端居妙域矣。”这样大师信口说来，一个月后，胡顺庵已记录成帙，称为《佛法绪言》，并立即请人付梓流行。
当时有一位开府高公，移居到镇代郡，听说憨山大师在胡公馆里，就去对胡公说：“我家花园亭阁，虽已有许多题咏，现想再求高人一诗，请憨山大师题一首如何？”胡公答应去问大师。当他向大师转述了高公求诗一事后，大师却拒绝道：“我胸中无一字，怎能作诗呢？”高公再三向胡公请求，胡公无法推托，只得苦求大师，还拿出许多古人名诗集，摆在大师的桌子上，想借此发动大师的文思。大师偶然翻开诗集，正想构思的时候，忽然灵机一动，诗句即迅速而至，胡公出堂回来，已落笔写成三十首诗了。大师恍然发觉：“这正是文字习气魔啊！”立即停了笔，只拿了一篇给胡公塞责，就再也不想诗文的事了。可是这时文思无论如何也控制不住，不觉从前学习过的诗书辞赋，凡是曾经入过目的，都一齐涌现出来，逼塞著整个太虚空，纵使通身是口，也不能抒发心中的诗思，甚至于不知什么是身心。大师默默地自视内省，似乎有向上飞举的感觉，正不知怎样度过这一关。
第二天，胡公送高公回去，大师静坐独思：“我现在所发生的，正是中山法光禅师所说的禅病，可是有谁能替我治呢？”继而又想：“没办法，只有靠睡眠来消除禅病了。现在如果能安眠，对修行治障是有益的！”大师关闭了房门，强迫自己睡眠，开始时无论如何也睡不著，坚持了一段时间后，忽然坐忘如睡。
吃斋时童子来敲门，怎么也敲不开，用木椎来撞，也不见里面答应。
胡公回来后，问大师为何还未出来，童子告诉他大师在房中已经五天了。胡公就叫人打开窗门而入，看见大师身披衲衣端坐在床上，叫也叫不应，推也推不动。胡公突然想起，过去在书房中设有佛堂，供案上摆有击子，他曾举起击子问大师：“这东西有何用处？”大师说：“西域僧人入定，不能出定，用这一鸣，即能出定了。”胡公这时想：“师傅可能是入定了。”他立即拿了击子，在大师的耳边敲了数十声，大师才慢慢地醒了过来，睁开眼看看，不知身体在何处。这时胡公说：“我送客出去后，师傅即闭门而坐，至今已五天了，你这五天是怎样过来的？”大师说：“不知道。只存一息罢了。”说毕，又默默地谛观起来，竟然不知这是什么地方，也不知从什么地方到来，再回顾那些住山的岁月，以及以往行脚的历程，都如梦一样虚幻不实，求之了不可得。以前被偏空我见所扰乱的心念，现在也雨收云散，长空若洗，一切阴影都荡然无存了。心空境寂，其中的妙趣确是无法形容。大师这时想：“《楞严经》中说：‘净极光通达，寂照含虚空，却来观世间。犹如梦中事'。佛经的言句的确不会欺骗人啊！”
大师彻悟心性后，准备正月还山，就对胡公说：“五台山的林木，已被奸商砍伐了许多，文殊菩萨的道场将要变成荒山了。”胡公于是具疏文题请上司大禁砍伐。从此以后，国家在五台山修建丛林梵刹，都仗这大禁保卫下来的林木，否则就无从取材了。
报父母恩
一五七七年，大师三十二岁。冬去春来，百花争妍，大师离开胡公馆，一路上踏著嫩绿色的青草，回到五台龙门。当他站在龙门的石岩上，环视著依旧冰封的峥嵘山色，白皑皑的一片，似乎想把人间永远封闭在严寒中。大师望著望著，心又不禁从那彻悟自性中，回顾如梦如幻而又清晰异常的童年时代，重温和父母在一起的日日夜夜，心中不免感激地想：“我假使没有父母的刻意栽培，尤其是母亲的熏陶，哪有今天的彻悟心性？尊敬的父母啊！您们现在怎么样了？我多么希望能报答您们的罔极之思啊！”
大师一边想念父母的恩情，一边回顾出家后的经历，发觉自己虽已开悟，但在向宝所迈进的大道上，还仅仅是个小小的起点，前面是三大阿僧只劫的遥远征途，还有数不尽的艰难曲折，以后从哪儿开始走呢？
一天，大师看完南岳慧思大师的发愿文，那崇高的愿心，恳切的词句，拨动了大师的菩提心弦。对！开悟以后应该广做佛事、普利众生，完成佛法的自觉觉人的伟大事业！大师决定第一步先剌血泥金，抄写《华严经》一部，上结般若的殊胜因缘，下酬父母及一切有情的深恩大德。
明神宗皇帝的嫡母慈圣圣皇太后，信奉佛教非常虔诚。她平日乐善好施，京都的人们都称她为佛若娘娘。一天，她在全国选拔了有道德的僧人召开一次诵经法会，目的是祈求国家太平，人民幸福。大师听到这一消息，暗中报了名。太后知道大师要以血泥金抄写《华严经》，就赐了金纸给他。
第二年四月，大师在静室里开始写经，无论点画大小，每落一笔，心念佛一声。一些游山的僧俗到了大师的静室，往往要求大师开示几句佛法，而大师虽然手中不停地抄写著，但照旧不失应付对答。凡是来问讯的，大师都要跟他们寒喧几句，其中一些高人故旧，大师则恭敬地延请他们坐上禅床，照例和他们对谈佛法，也不碍手中写经。大师每日如此的抄写，虽然人来人往，心中匆了无动相可得。
许多老宿听到大师如此情形，都认为非常奇怪。一日，老宿们率领了许多弟子来到大师静室，想证实一下究竟是怎么一回事。他们在大师身旁故意用种种方法搅乱，等大师写完一个段落，拿起一看，果真没有丝毫差错，这才确信大师的功夫非同寻常，是有一定修证的。但他们对这功能仍还不解，又去问妙峰大师：“憨山大师为何能一心多用？”妙峰大师答道：“我师兄人念佛三昧已经纯熟了！”此时，妙峰大师也在北台刺血泥金抄写《华严经》。
当二位大师写经圆满后，共同商议建一圆满道场，并称为无遮法会。妙峰大师著手募化钱粮，又准备到京都请五百名大德名僧参加。在法会事宜初步就绪时，刚巧神宗下旨祈祷皇嗣，派遣内官到武当山求道士；圣母李太后派遣内官到五台山求僧伽。
憨山大师认为沙门所作一切佛事，无非为国家太平，人民幸福。现在太后祈皇嗣于佛教，这是关系到国家和人民的未来，因此也极重要。大师想要无遮法令的一切安排，都归并于求皇嗣一事上，不可为区区个人名誉著想。妙峰大师和内官都表示反对，大师坚持与他们力争，因此就触犯了内官，有些人也想乘机中伤大师，破坏道场，但大师提倡为国求皇用的决心，竟使大师始终无恙。
李太后为了荐先帝，保圣躬，不久前派了内官带领三千名建筑人员到五台山修造塔寺。大师恐朝廷初到五台山做佛事，难以完成修建任务，有伤法门，因此尽力从中协助调度，直至第二年塔院落成。大师把血金书写的《华严经》安置在塔上，又写了一篇发愿文供在塔中。
这时，妙峰大师已去京都，大师一人募化资金。先造了华严法界转轮藏，以供道场使用，并推备了供具、斋粮等一切所需。大师不分昼夜地奔波了九十日，终于完成了道场的一切事务。到了十月临期时，妙峰大师率领了所请的五百多位大德高僧，毕集在山中，加上本山的人员，共达千人。这上千人的安居床被及供具茶饭，在大顾的调度下，有条不紊，处处现成。大众对大师的能力都感到十分惊讶。
在法全初开的七昼夜中，事情异常繁忙，而大师却粒米不餐，仅喝些开水，仍照常应付各种事务。
佛堂里，每日要以五百桌的斋食供养诸佛菩萨，天天如此，次第不失，大众不知这许多斋供从何处来，有的认为是神力所运，只有大师知道这是佛力的加持。
法会圆满结束后，大师第二年又在五台山塔院讲解《华严悬谈》。在百日的经期中，每日云集在塔院的十方缁素，不少于万人，可是在大师的指挥下，吃一餐斋如同坐一堂禅一样，丝毫不杂，根本听不到传呼剥啄的声音。
大师把精力过度地用这二次法会上，当经期结束后，生了一场病。这时他与妙峰大师离开塔院，一钵飘然长往了。
妙峰大师一人到芦茅去。大师因为身体有病，便到真定障石岩调养身体。在这里大师作了一首诗，其中有二句是这样的，“削壁倚天应碍石，断崖无路只飞梯。”
这年八月，皇太子降生，正好是祈嗣法会的十个月。
大师身体稍好后，又到了京西的中峰寺，在此作了一篇《垂刻中峰广录序》。冬天在石室里闭关水斋。
开悟前后的三次梦
大师在开悟前后的一段时间里，曾做过与修行悟道极有关系的梦。日有所思则夜有所梦，梦本来不值一谈，但大师的梦却与众不同，不纯是意识的反映，而是渗透著神通妙用及其悟证境界，所以介绍一下大师从开始住五台龙门到抄写《华严经》这四、五年间的三个嘉梦，对了解大师在这一阶段的修行悟证境界，是极有好处的。
第一次，大师梦见自己走人金刚窑，看见里边有两扇大门，旁边有座大般若寺。一跨进寺门，就好象处在无比广大的虚空一样，殿宇和楼阁的庄严，无法以言语形容。在正殿当中，安放了一张大床，清凉国师倚卧在床上，妙峰大师侍立在左方。大师一见国师，赶紧过去礼拜，然后侍立在右方。这时听到清凉国师升示著切入法界圆融的观境。随著国师的开示，大师的眼前即现出了相同的境界，自觉身心交泰互入。国师讲毕后，妙峰大师问：“这是什么境界？”大师笑著说：“无境界的境界。”大师醒来后，自己觉得心境融彻，再也没有挂碍了。
第二次，大师梦见自己升向天空，当升到无边无际的高空时，又逐渐飘落下来，只见四周空空洞洞，没有一点东西，大地在空的下面，圆圆地象一枚镜子那样平滑光亮，有如琉璃敬的晶营。远远望去，在无穷的天空中，现出了一座广大无比的楼阁，它铺天盖地，雄伟壮观。在楼阁中又现出了世间的人事往来，就连最小的市井鄙恶之事，也都容含在那里。在楼阁的中央，设一紫金焰色的宝座。大师心里想：“这大概就是金刚宝座了。”大师对这座庄严妙丽、不可思议的楼阁非常欢喜，想走近它，可是转眼又想。“为什么在这清凉的世界中，有这些杂秽的楼阁呢？”这念头只一起，楼阁即刻去远了。大师心中又想：“一切净秽的境界，都是由我心而生的。”思惟著心生万法的道理，楼阁又近了。片刻之间看见金刚座前，侍立著许多身材高大、相貌瑞严的僧众。这时忽见一位比丘从金刚座后面出来，手捧一卷经书，径直走到大师面前，对大师说：“和尚叫我把这卷经书授予你。”大师接过一看，全是黄金色的印度梵文，一字也不识。大师将经书收起后，即问那比丘：“那个和尚是谁？”比丘回答说：“是弥勒菩萨。”大师一听非常高兴，立刻跟随比丘到了陛下，瞑目敛念而立。过了片刻，忽然听到磐的呜击声，大师睁眼一看，弥勒菩萨已经登座。大师即在菩萨前恭敬地瞻仰顶礼，只见菩萨的面客，晃耀著紫磨金色的光彩，世间上再也没有比菩萨更壮丽了！大师顶礼后心想：“今天菩萨特为我升座说法，那我就是当机了。”于是大师长跪合掌，拿出经卷翻开。这时弥勘菩萨开示说：“分别是识，无分别是智。依识染，依智净。染有生死，净无诸佛。”大师听到这里，身心忽然顿空，只觉得声音从空中历历传来。
大师一觉醒后，菩萨开示的声音仍在耳边回荡。从此“识”与“智”的差别，完全了然清楚了。并知梦中所至之处，那是弥勒菩萨的兜率内院。
第三次，大师梦见一僧人来报告说：“文殊菩萨在北台顶设置浴室，请你去洗澡。”大师跟著他到了北台顶，走进一座广大清净的殿堂，里面飘散著异香。这里的侍者都是梵僧，他们带领大师到了浴池。当大师准备解衣入浴时，见一位女人已在池中洗澡，心里忽然一阵厌恶，不想再入池了。这时池中人见大师厌恶而不入池，故意露出身体，大师这才知道原来是男的。大师随即人池与他共浴。
那池中人用手戽水洗大师，水从头上淋下，一直灌入五脏，好象在洗肉桶一样。五脏一一都洗遍了，仅存的一身皮，如硫璃笼一样，洞然透明。
过了一会儿，池中人叫喝茶，有一梵僧手擎半边象剖开的西瓜一样的髑髅，大师仔细一看，见里面全是人的脑髓，还淋漓著血液呢。大师对这髑髅很觉厌恶，而这位梵僧却用手指剜了一块脑髓问大师：“这是不净的吗？”随即送入口中吃了。这样一边吃一边剜，吃得津津有味。脑髓吃光后，只剩下些血水在里边。这时池中人说：“可以让他喝了。”梵僧即把髑髅递给大师，大师喝了一口，味道真象甘露一样，喝下的血水从通身的毛孔里一一横流出来。血水喝完后，梵僧过来给大师擦背，并在大师背上大拍一掌，大师立即醒了过来，这时通身汗流如水，五脏洞然，没有隔阂。自从做了这梦以后，身心受用较以前又有提高，感到特别轻安自在。
东海牢山的因缘
万历十一年春（一五八三），大师在石室结束了水斋，回想起在五台山所做的二次佛事影响很大，以致远近皆知。古人说：“大名之下，必难久居。”因此，大师决定避开五台山的虚声，走隐居修持的道路。
以前大师曾阅读过《华严疏、菩萨住处品》，里面说：“东海有处，名那罗延窟，从昔以来，诸菩萨众，于中止住。”清凉国师解释说：“梵语那罗延，此云坚牢，即东海之牢山也。”从此大师对牢山一直很羡慕。这时大师开始实践到牢山去的愿望，他蹈东海访寻牢山，并开始使用“憨山”这久已取好的号。
大师到了牢山，寻到那罗延愿，因为无法住人，就再去寻最深隐的地方。在山的南面，找寻到一处背负群山，面吞大海的幽静胜地，这里的景色十分壮观奇绝，使人有远离人间烟火的仙境妙域之感。
这里原有一座观音庵，因遭历史浩劫，早已成为废墟。大师在树下辅了一张席，在露天下坐了七个月。后来当地土人张大心居土见大师在露天下勤苦修行，就为他盖了一间茅屋，大师住下后，再也无人往来，因此感到十分满意。
到了第二年秋天，李太后因五台祈皇嗣有功，访求主事的三位师傅。大方法师与妙峰大师已接受了惠赐，惟寻不到憨山大师。太后决心要访大师，就求龙华寺住持端庵法师去寻。端庵法师已知大师在牢山，就乘船去访大师。当他到了大师茅屋里并向大师叙述太后的心意时，大师却恳谢说：“倘使能蒙太后的恩德，容许我在这山海之间安居，已经恩赐很多了，又何必求其它的恩赐呢？”端庵法师听了只得回去复命。
太后听了端庵法师的话，心里还是不好过，就在京城西山建了一座寺院，派内使一定要大师前来，可大师决意住山。太后没办法，知大师仍住茅屋，即拔了三千金派内使送去修建房屋。大师尽力制止说：“我有这几间茅屋已经够快乐了，又何必再另造房屋呢？”大师不受分文，使内使十分为难，只恐回去交不了差。大师见他为难，心里想：“主人有矫诏济饥之事，现在牢山东区正直岁凶，为何不可广圣母的慈心而救饥饿的百姓呢？”就与内使把这三千金遍施各府的僧遭、孤老、以济饥饿。太后听内使汇报说已将三千金救济困厄，内心高兴地连连感叹。
牢山附近的百姓，从来不知有僧宝以及佛教正法。大师居住的地方，算黄氏族人口最多，他们见大师精进修行，心里非常敬佩，慢慢地和大师接近起来。经过大师的努力摄化，那里的罗清教徒和外道教派的师长们，都相继率领他们的弟子来归依大师，渐渐地他们明白了其正佛法的修行意义。
万历十四年，神宗皇上敕颁藏经十五部，散施于天下名山。首先以四部置四边境，即东海牢山、南海普陀、西蜀峨眉、北疆芦芽。李太后派人送藏经到东海牢山，大师因事先不知道，以致藏经送到时无处安置，这时地方抚台等官吏见状便请来供奉起来。大师见有敕命，只得到京谢恩，太后与宫中眷属各出银两供养大师，让大师在牢山修建安置藏经的寺院，并预先取名为海印寺。
大师在京听说达观大师到牢山访问他，立即兼程赶回。刚回到牢山脚下，正遇达观大师下山，立刻邀他同回禅室。两人谈禅论道，法味盎然，这样达观大师在此盘桓了二十多日才回去。临去时，还赠了一首诗给大师，其中有：“闲来居海上，名误落山东”的句子。
到了冬天，冰天雪地，好一派海天风光。有一个夜晚，大师打坐后起来散步，看见湛蓝的大海，澄彻的夜空，洞然一大光明藏，了无一物，即刻作了一首谒：
海湛空澄雪月光，
此中凡圣绝行藏。
金刚眼突空花落，
大地都归寂灭场。
大师回转静室后，见案头放著一本《楞严经》，展开经卷，当见到：“汝心汝身，外及山河虚空大地，咸是妙明真心中物”全经的观境，顿时了然心目。他便振笔疾书，片刻之间已把心中所证全部写了出来，取名为《楞严悬镜》。一见蜡烛才檄了半支，这时大师叫维那进来，叫他念了一遍，听著听著，大师自己也象是听著梦中话一样。
一天，大师想起《六祖坛经》中半夜砍头的公案，便想学习六祖的定力。大师每夜开门习观想：“假使人来借头，我便欢直地舍给他。”这样时间长了，觉得定力渐深。一个晚上，忽然有人嚷著：“强盗来了。”大师镇定他说，“把强盗叫来！”地点燃蜡烛，正襟危坐，没有丝毫的恐怖心，这时身材高大的强盗到了大师门口，见大师威严无比，一下子没了气焰，身体匍匐不敢入门，大师对他说：“这里没有什么东西。”又叫侍者到库房里取二百钱给了强盗，这强盔便带著敬佩的心情离开了海印寺。
第二年，牢山建成了殿宇，大师开始开堂为大众说戒。从此四方的和尚到海印寺的日益增多，接著大师又为居士们讲解《心经》弟子记录成《心经直说》。秋天，胡顺庵告老还乡，送他儿子到海印寺出家为大师侍者，法名为福善，是大师弟子中成就最高的一位。
神通见母
万历十七年（一五八九），大师四十四岁。这年大师开始阅藏经，并为僧众讲解《法华经》和《大乘起信论》。
大师自从离五台山后，常有拜见父母之心，但恐落世俗知见，所以一直没去。
不久前大师拟为报恩寺请一部大藏经，在十月份到了京都，太后即命人赠给一部。大师奉经到了龙江，这时报恩寺的宝塔连日放光呈瑞。大师到了金陵报恩寺，在迎经的那一天，宝塔的光明好象一座桥一样，呈半圆形向北伸延，迎接藏经的僧人都从光明中走过。直至安置藏经，建立道场，光明仍连日不绝。
这罕见的奇妙光明，吸引了千千万万的人们来瞻仰观礼，面对如此瑞详之相，无不叹为稀有。
大师送经到报恩寺的消息，不胫而走，一直传到他老母亲的耳朵里。老母亲欣喜异常，先派人去问候大师何日到家，大师说：“我这次是为朝廷之事而来，不是为了家庭来的。如果老母亲在相见时，如同过去未离时一样欢喜，那我最多可回家过二夜，否则我就不回去了！”老母亲见大师这样说，就派人再去说：“现在能再相见，已欢喜的不得了，那里还会悲伤？见一面就可以了，又何况是二夜呢？”
大师在静坐中以神通力回到家里，老母亲一见儿子，因过于激动，竟高兴得昏倒在地。晚上，大家聚在房间里叙谈，一位族中的长者问：“你乘船来还是乘车来？”老母亲说：“何必问乘船来乘车来！”长者又问：“哪从何处来呢？”老母亲说：“从空中来！”大师听了惊讶地想：“怪不得若母亲当年能舍我出家啊！”于是问若母亲：“我出家后，你想念我吗？”老母亲说：“哪能不想念呢！”大师又问：“你怎么排遣这想念之情呢？”老母亲说：“我起初不知如何是好，后来知你在五台山，就去问师傅五台山在什么地方，师傅说‘在北斗之下，即你令郎盾住之处'。我从此后，每夜朝北斗星的方向礼拜，称念菩萨的名号，渐渐地就不再想念了。假如说你死了，就不再拜了，也不再想念了，今天见到你，是神通变化而来呀！”
第二天，大师随二亲去祭祖墓，又去卜择二亲的葬穴，这时老父亲已八十岁了，大师开玩笑说：“今日活理老子，省得他日再来！”并把铲斫在地上，老母亲见了一把夺过铲说：“老婆婆自埋，又何必烦别人来！”连斫了数十下。第三天，大师向二亲告别，老母亲欢喜如故，未尝蹩眉，大师知道老母亲并非寻常之人。
有一位黄子光，是当时大司马的弟弟。大师到牢山后不久，年龄还只十九岁时，就已在大师处皈依请益。大师授以《楞严经》，二个月即能背诵。从此茹素勤修，尽管父母反对，也不改变修行的决心。他平日用功，切志于参究明心，常常胁不至席，坐禅达旦。一次大师到南方去，黄子光心中暗想：“我生在边地，长期不闻三宝之名，今天幸遇大善知识，倘使大师不回来，我们就失去依靠了！”于是就在观音菩萨像前，刺臂燃灯供养菩萨，求观音菩萨加被大师早日归来。灯臂之后，火疮发痛，可他仍然日夜正襟危坐，持念观音菩萨圣号。这样过了三个月，火疮才痊愈。但在臂的疮痕上却结了一尊观音菩萨的形像，眉目身衣，宛然如画。大师回来后，他求出家的心很切，但大师始终不同意。第二年黄子光坐脱而去。
大师在这几十年的修行历程中，时刻不忘重兴报恩寺，以前居五台龙门时，虽已有机会，但因需要费用太巨，未能行动，到东海牢山时，也时刻在等待时机。现在、大师认为机缘已熟，因此就以送藏经的因缘到了京都，将报恩寺的始末奏上太后，并且说：“工程浩大，需要经费很巨，难于轻举，愿乞圣母每日减少膳馐日用百两，这样积累三年，工程即可开工，积累十年，工程即能完成了。”太后听了十分高兴，这年十二月就开始积储经费。
万历十八年的春天，大师书写《法华经》，表示感谢太后的德意。在这期间，有一伙人策划破坏道场。他们购买了方外的黄冠道袍，假称大师占了他们的道院。并还聚集许多人，诤讼到抚院。当时的开府李公，了解了事件的真相后，非常痛恨这伙无赖之徒，就把他们送到莱州府治罪。大师也去菜州府听察，并尽力替他们解救。可那数百名无赖不知大师的慈悲，依旧在府城里作哄闹事，并围著大师不去。大师见状，让身边的侍者到别处去，独自一人徐徐而行。
到了城外，这伙无赖的首领，持刀在大师前挥舞，欲想杀死大师。大师镇定地看著他，笑了笑说：“你杀了我，怎样处理自己呢？”这首领听了大师的话，一时感到心虚，即刻收了刀，随同大师到了城外的二里地。将要分路时，无赖们认为首领对大师有利，想动手殴打他。大师心中暗想：“他们要是一鼓动，这首领就有危险了。怎么办呢？”大师干脆拉著首领同至寓处，关了门，脱了外衣，大师又摆出瓜果招待他。二人边吃边谈，首领完全被大师感化了。这时满市喧哗著这样一片声音：“方士杀僧了！”太守听到了这一消息，就派遣了府役把无赖捕了起来，无赖们惶惧地叩头求免。大师就对无赖们说：“你们不要怕，待我去说说看。”大师到了太守前，太守问：“狂徒要杀你吗？”大师说：“没有，府役来追捕时，我正和他们的首领在吃瓜果呢！”太守又问：“哪他们又为什么闹事呢？”大师答道：“他们只不过是一般性的市集喧闹而已。”太守想把他们拘留起来，大师说：“应把他们放掉，如栗用枷锁把他们拘起来，等于把恶人常放在身边，这是没有好处的。”太守听大师这么一说，忽然醒悟，立即下令叫地方官兵把他们驱散，狂徒不到三日，全部解散。这样，狂徒闹事的事就安宁下去了。
这年，大师还写了一本《观老庄影响论》共八篇，其中论心法一篇文字虽最短，但却已概括了儒释道三教的中心思想。论心法中说：“我幼年学习孔教，俗不知孔教的源流；后来学习老庄学说，也不达老庄学说的宗旨。当退出世务，进人深山大泽时，努力于习静观心的法门。因为习静观心的功能，明白了三界唯心，万法唯识的深妙道理，既然三界万法都是心与识的幻现，那么一切有形相的事物都是心的幻影；一切声音语言，都是心的幻响。而一切圣人身体，是心的幻影中显现最庄严的形相，圣人的言教，是心的幻响中最顺于真理的声音。正由于万法唯心的缘故，因此治世的政治、法律、文学、艺术，以及资助人们生存的一切事业，如果它们是善的，有益于人类大众的，那么，也都是顺于正法的。这是因为心外没有一事的独立存在，所以说万事万物都是真心所现。迷了真心的人，执著了客观环境和主客心识，他们就无法彻证真心本有的妙用；假如悟证了自己本具的寂而常照，照而常寂的真如妙心，那么，宇宙人生的一切现象，当下即是不可思议的妙有境界。但要悟证这万事万物的统一本源，而产生不可思议的妙用，这只有圣人才能达到啊！”
为法忘躯
万历二十年，大师四十七岁。这年七月到京都访紫柏尊者达观大师，相会于都门西郊园中。达观大师见大师到来非常高兴，两人相对兀坐四十昼夜，目不交睫，谈论著如何撰写明代《传灯录》，并约定在曹溪相见，共同开辟禅宗的一代法脉。后来又同大师一同上石经山，观看了石经洞。石经洞望石板刻的藏经是晋朝的一位静碗法师，因顾虑三灾坏劫无佛法，就在房山县凿石为板，刻了一藏佛经贮藏在山洞里，又用石门封闭。到了明朝时，这石经洞的塔院被和尚出卖，达观大师发心把它赎了过来。因此保全了石经法宝。这时，大师作了《琬公塔院记》和《重藏舍利记》，刻在塔院里。
第二年，牢山东区出现灾荒，饿死了很多人。大师把山中储存的斋粮，全部分给近山的居民。但仍不够，大师又乘船到辽东，买来豆数百石，使靠山的居民，没有饿死一个。
十月冬至节，大师到京朝贺太后，太后留大师过冬，并请大师在慈寿寺说戒。这时大师知太后储蓄已厚，就请她修建报恩寺。但因日本侵犯朝鲜，朝廷正商议派兵讨伐，修建之事只得暂停。
神宗皇帝因信仰道教，对内使经常为佛事行走，素来憎恶。有一次，太后派内使到东海牢山时，内庭以偶然事故触怒了神宗，又傍及了太后，大臣们都觉得很危险。这正给朝内反对太后的朝贵一个下手的机会，有些打算先把送经内使除掉，然后惜用以前方士闹事的流言来打击大师和太后。因此他们先命令监视官员的服投人员，扮作道士的模样，上殿击鼓呈状，告大师侵吞国家库银，皇上一阅，不禁大怒，下旨逮捕大师与送经使者。
大师听到这一消息，就召集了大众说：“佛陀的慈悲拔苦精神，就是为了一个众生，也不舍三涂苦趣。这东海是边地，素来不闻三宝的名号。我在这里教化十三年，连三岁的孩子都知道念佛了。至于那些舍邪归正，修行佛法的，连乡比户都是。看到佛法在这里生根发芽，我的愿心已满足了，死又有什么值得遗憾呢？只是未能重兴报恩寺，感到有些痛心罢了！”
当大师告别大家，离开即墨城的时候，城中的百姓老少，都流著眼泪来送别，对大师此行的安危都十分担心。
大师到了京都，奉圣旨下押镇抚司。在升堂拷问时，执事官先受风旨，准备迫大师尽招太后在各山所施的资财。在苦刑的拷讯下，大师说：“我作为僧人来说是惭愧的，因为无法报答国家和人民给我的恩典。今天，我不会可惜这生命的完结，只是这样不分青红皂白的死去，的确有伤于皇上对太后的大孝啊！我如果为了奉迎皇上，曲意妄招而损坏了伦常之道，的确不是臣子爱护君王的诚心，这样做怎么对得起历史上那些清白高尚的贤哲们呢？”大师以精诫之心抵制了诬告，仅招认了以前供养的七百余金，愿请皇上查内库帐簿。当查清了内库后，除了以前代赈的七百余金外，果然没有丝毫差错，神宗这才明白过来，于是母子和好如初。但皇上还是以大师私自建寺为由，贬大师流放雷州充军。
自大师三月下狱起，京城内外诸寺院都为大师诵经礼忏，有些和尚还燃香炼臂持咒加诗大师。
到了十月底大师将南行时，朝中许多士大夫们，大多穿著亵服，偏倚一足来相送。
十一月，大师到了南京，在长江边上老母亲来与大师诀别。大师见老母亲欢喜交谈，音声请亮，胸中没有丝毫的滞碍，于是问：“当您听到儿死生之际，难道就不忧愁吗？”老母亲说：“死生是由业力而定，我自己的死生尚且不忧，何况是你呢。但人言参差，我对此事又没有决定的见解，所以觉得有些怀疑。”母子俩就这样坐谈到天亮，在即将诀别时，老母亲嘱咐说：“你应善以大道自爱，不要替我担忧，今天我也与你长别了！”老母亲说完，头也不回地欣然上路去了。大师望著母亲远去的背影，感慨地想：“天下的父母都能这样，岂不可以顿尽生死之情了吗？”于是下笔写了一首《母子铭》：
母子之情，磁石引铁。
天然妙性，本自圆成。
我见我母，如木出火。
木已被焚，火元无我。
生而不恋，死若不知。
始见我身，是石女儿。
达观大师因在石经山与大师相约，愿在曹溪共振宗风，当大师遇难时，达观大师正在匡山天池等候，听到大师遇难的消息，内心大惊道：“要是失去憨山大师，那曹溪共兴的愿望也不能实现了！”
达观大师先赶到曹溪，然后到京请友好相救。再折回聊城，听说大师准备离京，就回南京等待。
大师到南京后，在长江边一个庵中与达观大师相见。达观大师提议要大师陈白冤屈，大师不同意，认为这是定业所感，不必多言。临别时，达观大师把住大师的手臂说：“我在无地听说你遇难，就对佛许下诵《法华经》百部的愿，为了你平安，只有靠我的心愿和你的口舌来完成了！”大师听了，唯唯谢别。达观大师又把所作的《逐客说》赠给大师。
一路到曹溪
大师到了圆中，读《圆觉经》时作了一篇四相章：
一、我相
钟鼓铃锣不断声，
声声日夜说无生。
可怜醉生梦死宕，
镜里相看涕泪倾。
二、人相
突兀巑岏耸铁城，
刀林剑树冷如冰。
谁知火向冰山发，
烧尽冰山火不生。
三、众生相
铁门紧闭杳难开，
关锁重重亦苦哉。
可怪呻吟长夜客，
不知因甚此中来。
四、寿者相
一条血棒太无情，
触著须教断死生。
痛到切心酸鼻处，
方知王法甚分明。
出了圜中，路过长安市，又作了四首诗：
（一）
长安风月古今同，
紫陌红尘路不穷。
最是唤人亲切处，
一声鸡唱五更钟。
（二）
体苦虚空自等闲，
纤尘不隔万重山。
可怜白日青大客，
两眼睁睁叹路艰。
（三）
飘风骤雨一时来，
无限行人眼不开。
忽尔雨收云散尽，
大虚原自绝尘埃。
（四）
空里乾城野马人，
目前仿佛如烟村。
直须走人城中看，
声色原来不是真。
这诗中的禅味法味，耐人寻思。
第二年正月，大师渡过文江，访问了邹给谏。庐陵的大行王性海，拜谒大师在文江畔，请大师为《楞伽经》作注。二月，大师上大庾岭，在岭头观看了惠明夺衣钵的遗址，并作了一旨诗吊念，其中有：“翻思昔日宵行客，何似今朝度岭心”的句子。大师见行人度岭艰难，汗流满身，就嘱咐一位行人，要他设立一座茶庵在岭头。又见山路崎岖难行，劝人修造山路，几年后这条山路即成平坦了。
大师到韶阳，入山礼六祖大师。当他喝了一口曹溪水时，内心感慨地吟了一首诗：
曹溪滴水自灵源，流入沧溟浪抽天。
多少鱼龙从变化，源头一脉尚冷然。
大师到了祖庭时，看见一片调敝不堪的样子，只得怀著凄凉的心情离去。到了五羊，大师身穿充军的囚服朝见了大将。大将军亲自替他松了缚，又以斋食供养他，晚上就宿在海珠寺。
大师住下后，一位常讲阴阳之学的周鼎石先生，一天率门生数十人来访大师。谈话间，周先生提出“通乎昼夜之道而知”的《周易》论题，其中一位老道长提出自己的见解说：“人人都有知觉，日间应付事务的是这个知觉，夜里做梦的也是这个知觉，所以说：‘通乎昼夜之道而知'”。周先生说：“大家都这样说，我心里认为不一定如此。”又问大师：“老禅师，请见教！”大师问：“这句话出那部典籍？”周先生回答说：“《易经》的系辞，”接著便把系辞的章句连续了几句。大师听后说：“这是圣人指示人要悟不属生死的一著。”周先生一听，立即拍案叫好，说：“还是老禅师指示的亲切！”大家听了都觉罔然，纷纷提出问题。周先生解释道：“死生即是昼夜之道，通达于昼夜，就不属于昼夜了。”这样一说，满座叹服。
三月十日，大师抵雷州，住在城西的古寺里。
四月一日，大师开始著手注《楞伽经》。
这年雷州闹饥荒，疫疠横发，经年不下雨，死伤不可胜计。大师所住之处，好象尸陀林一样，到处都是尸体，因为有法力加持，才得安稳无碍。天时干旱得连井水也都枯竭了，随从大师的侍者福善，在半夜时等了一罐井水，以充一日之渴。
到了七月，城内外横尸遍地，大师劝人收拾掩埋了数以万计的尸体，又为当地百姓作济度道场，道场的仪式完毕，天即下起倾盆大雨，地面上的雨水上涨了三尺，从此厉气即解，百姓于是得救。
第二年正月，会城也死伤了许多人，尸体遍地暴露。大师命人收拾掩理了数以千计的尸体，又建了普济道场七昼夜，会城也便安宁下去。以前广东人士多不知有佛教，自大师教化以来，有很多人皈依了三宝。
四月，大师写成《楞伽笔记》。因为皈依大师的许多读书人士未入佛理，大师又为他们撰写《中庸直措》，发挥佛法的道理。
大师初到五羊时，上下官员见大师是带罪的僧人，都很轻视。当时的制台大同马陈罔如，对军法极严格，大师也没去见他，但陈大司马却常派人侍候大师。这年九月，大师同丁右武去拜访他，门役回说不见，大师只得折回。晚上陈大司马亲到船中拜访大师，还携带了茶点，一直谈到三更。大师非凡的才能，使在座的大为惊佩。此后，陈大司马对部下极力称赞说：“憨山大师是僧中的麟凤啊！”又下令让三司往拜大师。从此，岭南都知道大师是十分有德行的高僧，同时也知道恭敬三宝了。
曹溪风景
万历二十六年（一五九八），大师五十三岁。正月来了一位侍御轩樊，因坚持建立太子为副主的意见，被贬滴雷阳。他来到五羊访大师，大师正在校对《楞伽笔记》。轩樊问大师：“雷阳风景如何？”大师拈起经卷说：“这就是雷阳风景啊！”轩樊听了惊叹大师非凡的胸怀，即为大师荐募集资金，刻印《楞伽笔记》。
有一儒生龙璋，一次听到大师议论佛法，心里非常惊异，回去对他的朋友王安舜、冯昌功说：“北来的一位禅师，说佛法很奇异。”这二位听后即来向大师请教，大师对他们开示了禅宗的向上一著。他们听后即深信不疑，切志于禅宗的参究。从此，五羊在这三人的带领下，来皈依大师的人日益增多。
大师常常回忆起达观大师许下的诵经之愿，但因一直没有条件，所以未能遂愿。到了夏天，大师在山岩叠壁之间建了一座禅室，模仿大慧禅师冠巾说法的事迹，召集了旧日皈依的弟子，一边诵经一边为弟子说法，当诵到“见宝塔品”时，忽然悟入佛陀的深意即是指娑婆世界人人目的便是华藏，但须“三变”的目的，特为劣根人渐示一斑罢了。于是立即著手写了一部《法华击节》。
大师的弟子丁右武，生性急烈，为人慷慨，但只知敬僧，不知有佛法。他将要回家去时，大师送他到船，并重下钳锤，这时丁右武幡然大悟。大师替他取了一个号叫“觉非居土”，又作了一篇《澄心铭》警策他：
真性湛渊，如澄止水；
僧爱击之，烦恼浪起。
起之不休，自性浑浊；
烦恼无明，愈增不觉。
以我取彼，如泥入水；
以彼动我，如膏益火。
彼乱我真，乱实我生；
我苦不生，劫烧成冰。
是故至人，先空我相；
我相若空，彼从何障。
忘我之功，在乎坚忍；
习气才发，忽然猛省。
省处即觉，一念回光；
扫踪绝迹，当下清凉。
清凉寂静，挺然独立：
恬澹怡神，物无与敌。
第二年春，《楞伽笔记》刻成，大师为弟子讲了一遍后，印了一百多部，遍送海内外佛教界的善知识和护法宰宜。
广东风俗好杀，到了中元节，家家都要杀牲口祭先辈。这时节，市场上牲口堆积如山，真是惨不忍睹。大师此时建了盂兰盆会，又讲解了《孝衡钞》，劝大家斋僧、放生，用蔬食祭先辈，听从的人很多。从此凡遇丧祭大事，父母寿日，或者祈禳，或者拜忏，都放生素斋，后来还成立了放生会。佛法的慈悲救世精神，在大师的倡导下，逐渐在这里生根发芽。
万历二十八年，权使初出朝廷，横行于民间，加上日本入侵，人心惶惶不安。大师见局势不便于弘法活动，即分散了弟子们，独自闭关绝迹，深藏以避扰乱。
会城一带因荒年而粮食不足，常从福建用白艚运米，时值地方混乱，大家只恐商人乘机提价，百姓都为此事担心。
会城大将军的公子即将外出，停船在海边，这时凑巧有几只白艚也停在公子船旁。税使早已蓄谋打击大将军，便借口这几只白腊是大将军为公子送行的，集合几千个市民，投掷砖石，打破了公子的船只。他们又围住师府，待刀相逼，情况十分危急。这时正巧三司府县的官员都赴端州行节礼去了，会城没有一个正官，如果再无人解救，危险就在呼吸了。
大将军无决解围，即派中军到大师关前求解，大师不答应，说：“我并没有什么神术。”中军跪下哭泣说：“大师即使不考虑兵主的安危，难道就不考虑地方生灵的死活吗？”大师听他这么一说，心中不禁惕然，即刻起身到税使处，从容劝化，开晓其意。税使听大师一劝，果然明白了道理，愿意去招安百姓，解散乱民。这时，大师先来到乱民前说：“你们今天所要求的，无非是想吃价格便宜的米，但如果今天犯了大法，就会有杀头的危险，即使有了价格便宜的米，谁来吃呢？”乱民听了都觉愕然，顷刻之间，帅府之围即解开了，父老们都十分感激大师。
这时三司官员正在军门吃饭，听说市民作乱，都放下碗筷，一齐赶到会城，见乱民已散，心里才松了一口气。
秋天，南韶观察使祝惺存，请大师入曹溪祖庭，大师乘兴而入，看见四方流棍集于山门，打赌的，开酒食店的，无所不有，环境被搞得非常秽污。这积弊己有百年之久了，更可叹的是，坟墓占了祖山，僧产多被侵占，并且寺中恶僧勾合外棍挟骗寺产，寺中僧人没有一个敢正视现状。大师不禁叹息说：“这是心腹之患啊！假使不除去，那六租的道场终将化为狐窟，永远不可药救了。怎么办呢？我即使住在这里又有何用？”大师考虑了半天，只得去告诉戴制台，戴说：“这事好办，我试为大师去做。”即下令本县坐守，限三天内把流棍全部驱逐，不留一人，拆除店铺，不存片瓦。从此，曹溪山门的积垢如洗，又恢复了往日的清净。
戴制台留大师过斋，谈话间制台说：“六祖道场的腥膻，我已为大师洗净了，目前地方生灵涂炭，大菩萨有何慈悲之法来救济呢？”大师问：“这是什么意思？”制台说：“这一带海上有一伙强盗，他们拥有采珠船千艘。近来钦差奉旨采珠，又资助了他们的势力。采珠结束后，他们横行于海上，到处劫掠，这是第一。第二是地方开矿，朝廷采役横暴乱来，挖掘坟墓，破坏百姓的财产，百姓处处遭受毒害，这比强盗的劫掠更残酷，有上述这二害，所以百姓不能安宁地生活，请问大师如何处置呢？”大师回答说：“此事不容易，慢慢地再想办法吧！”
朝廷派来的李采矿使，对佛教颇有信心，这年秋天他到曹溪进香，在山住了好几天，大师对他开示了佛法，他听了非常高兴。大师劝他做重兴祖庭的布金擅越，他慨然独力承担。大师又暗中对他说：“开采矿山对地方百姓损害很大，这大概不是皇上的本意吧？请你把采矿的船只约束以期限，往来超过期限的就处以罪，矿一采完，应尽快地撤除差役，使他们无害于百姓，可以吗？”李采使听了唯唯应诺。回去之后就力行约束，从此山海地万就安宁下来。
戴制台很感激大师的帮助，写信感谢大师说：“今天我才知道佛祖的慈悲广大！”因为这样他护法的信心更切了。大师也因为有他们的帮助能够在曹溪安心弘法。大师开辟了祖庭，改修道路，选择优秀的僧人授戒，设立教育沙弥的义学。又设方了库司，清规。查阅了租课，赎回了僧产。仅在一年之间，百废俱兴。
第二年，大师重修祖殿，改路径，辟神道，移僧居，拓禅堂，又创立了新的清规。
达观大师的逝世
万历三十一年秋（一六零三），大师在曹溪写信给达观大师，请他来重兴祖庭，但因发生了震动海内的“妖书事件”，达观大师不幸被捕入狱。所谓“妖书”即达观大师要求朝廷减免矿税的谏文，因为奸臣的挑拨，所以一片为国民的忠心，竟被冤屈入狱。
这时，执政者想把达观大师处死。达观大师说：“世法如此，久住何为！”就洗了浴，点起油灯，端坐说了一首偈：
一笑由来别有因，
那知大块不染尘；
从玆收拾娘生足，
铁橛花开不待春。
说毕即溘然而逝。达观大师的近侍曹学程，听说达观大师已逝，急忙赴到，见师端坐不动，就抚著师的背说：“师傅去得好！”达观大师又开目微笑而别。这时年龄只有六十一岁，他这样洒脱自在的了脱，使朝野上下闻之，无不叹服。
憨山大师听到达观大师逝世的消息，便想赶去吊唁，但因路途遥远，未能如愿。大师从南岳启程，经过数千里的长途跋涉，终于赶上荼毗法会上，大师举起火把说：
“性火真空，性空真火，狭路相逢，定没处躲。恭维紫柏尊者，达观大和尚，偶来人世，误落尘寰。赤力力，脱尽娘生花衫；光砾烁，露出本来面目。荷担正法，纯刚就练就肩头；彻底为人，生铁铸成肝胆。生死路上，直往直来；今事门头，半开半掩。六十余年松风水月襟怀；千七百则兔角龟毛在仗。饶地未后风流，未免藏头露尾。撇下脏私，谁料落在憨山道人手中，今日恃为人天众前，当场拈出，大众还见吗？”大师用火把画了个O相，又说：
柱仗挑开双径云，
通身涌出光明藏。
珍重诸人著眼看，
这回始信无遮障。
荼毗了达观大师后，大师和达观大师的弟子们将达观大师的舍利安置在塔中，憨山大师又作了一篇塔铭，其中说：“师诞生后，五岁不语，一僧过门，摩其顶而谓其父曰：‘此儿出家当为人天师。'言讫忽然不见，师逐能语。髻年，性慷慨激烈，妇女无敢近。年十七，欲仗剑北游，至苏州阊门，天下雨，值虎丘僧明觉，见师少年不群，心异之，因与同盖，归寺餐宿。师夜闻诵八十八佛名经，侵晨，即解腰缠十余金，请剃发，礼明觉为师，往来三吴间。
“一日辞明觉师去，闻僧诵张拙见道偈，至‘断除妄想重增病，趋向真如亦是邪'遂大疑之。每至一处，辄书二语于壁间，疑至头面俱肿。一日斋次，忽悟，头面立消，自是陵跞诸方。
“过匡山，穷相宗奥义。一日行二十里，足痛，师以石砥脚底，至日行二百里，乃止。游五台，至京师，参遍融大长老，留住挂搭。遍参笑岩、暹理诸善知识。
“见大千润公，上堂讲公案，以口耳为心印，以帕子为真传，师叹日：‘西来意果如是乎？'遂不入众。南还，至嘉禾，有密藏道开，南昌人，弃青衿出家，依师为侍者。郡城有楞严寺，为长水疏经处，久废。师与太宰陆五台公光祖心契，始议恢复，建禅堂五楹。成日，师行锥刺臂血盈盂，书一联云：
若不穷心，坐禅徒增业苦。
如能护念，呵佛犹益真修。
“师念大藏卷帙重多，致遐方僻陬，有终身不闻佛法名字者。欲刻方册，易于流通，普使见闻，作金。刚种子，即有谤者，罪当自代，遂倡缘。”
达观大师在一些居士的帮助下，大量印刷了佛经方册的单行本，便于流通，易于翻阅，对佛教的传播产生了不可估计的作用。
塔铭中接著说：“师即刻藏嘉禾，有成议，”乃返吴门，省的得度师觉公，已还俗，以医名。师乃诈姓名，称病舟中。延明觉和尚珍视，觉见师，大惊，师即涕泣，劝之剃发。觉惭愧，还执弟子礼。”由此可见达观大师对师的至诚心和报恩心。
塔铭中又说：“予度岭南五年，师以予未归初服（即僧服），每叹日：法门无人矣！若坐视法幢之摧，则绍隆三宝者，当于何处用心耶？老憨不归，则我出世一大负，矿税不止，则我救世一大负；传灯未续，则我慧命一大负。若释此三负，当不复走王舍城矣。”
达观大师时刻念念于怀的，是佛教的兴盛、人民的幸福，可他这三负，在他在世时，却没有一件能圆满成功，这责任无疑留给了憨山大师。
风云岁月
达观大师逝世后，憨山大师回忆起他曾说过：“楞严经七趣因果，世间书籍没有与它对应的注解。”大师当时说：“春秋正是说明因果的书啊。”于是发心写《春秋左氏心法》，借发挥因果的道理，弹劾政治上不明因果而致的腐败，提倡因果乃立世不本。
万历三十三年，大师六十岁。这年三月，大师渡过琼海，访寻苏东坡曾在此住过的桄榔庵和白龙泉，又寻找觉范禅师的遣迹，结果没寻到。晚上住在明昌塔院，写了一篇《春秋左氏心法序》。
第二天，大师游石山，写了《琼海探奇记》和《金栗泉记》。晚上登上郡城，看见城中生气不佳，立刻对地方人士说：“琼城将有灾难了，你们赶快逃避吧！”但人们都还以为大师在骗他们。当大师收拾行装准备离城时，郡城的土大夫们苦苦相留，但他无论如何也坚持要去。
第二天大师印渡过琼海，半个月以后，琼城即发生强烈的地震。城东的旧壁和门都陷了下去，城中的官舍完全倾塌，明昌塔倒下正压碎了大师曾居住过的楼房。许多知情人都认为大师有神通。
四月制府檄大师回五羊。七月大师到曹溪。这时祖殿已完成十有六七，修建时欠工料费千金，大师向两位内使化缘，偿还了借款。大师又修建了五羊青门长春庵，作曹溪的廨院，为六祖大师办供。
万历三十四年，神宗皇上的长孙诞生，朝廷大行恩赦，凡在充军的老年有病者，及有错贬的，都听其辩明释放。大师也在释放之例。
第二年，大师迁籍曹溪，在山中常为弟子说法。
大师幼年时曾读《老子．道德经》，因文古意幽，文句艰涩难懂，决心参究其中的义理。后经梢家弟子请求为《道德经》作注，因此，大师从万历二十年开始落笔构思，一定到参究透彻才落笔，如有一字未通，决不轻易放过。这样努力了十五年才完成了《道德经注》。大师曾说过：“我在写经注解时，总是凝神入观，体契佛心，到了内心智慧明彻时，才写在纸上，如东一涉思议，不中用。”可见大师的文章，都是从般若心中流出的。
万历三十六年，大师计划修建曹溪大殿，化缘金，运木材，都亲自奔波。
第二年二月，大师从端州运木材回来，被大风阻在羚羊峡。这时大师漫游端溪，写了一篇《梦游端溪记》。木材运到蒙江，大师先入山，正想召集僧众搬运木材时，不料有几个奸僧被奸商所动，出来反对大师，造谣说大师侵吞了常住，并鼓动大众反对大师，寺内一片喧哗。大师看到这情况，心中叹息说：“这都是我重建佛教，太著相的过错啊！”
正当大众混乱时，大师独坐在堂上，焚香诵《金刚经》，诵到佛说四见即非四见时，忽然大悟，即下笔写了一篇《金刚决疑》。稿成时，大众也寂锋了，但这几个奸僧却上告到按院，按院准其辩明是非。
大师飘然出门到按院听理，但困在芙蓉江病了二年，到了第三年七月才到郡县。这时“直指按部”也到郡访大师，因司理听信奸僧的诬告，欲加罪于大师，“直指按部”出来反驳说：“大师大有功于六祖，他舍去了自己的一切来振兴祖庭，现在奸僧反而得利，这难道是平等法门吗？”司理只得下放本府严究。本府到了曹溪，调查了实际情况，了解到大师对常住财物丝毫无犯，本府重怒奸僧，要不是大师的解救，难免一死。
本府见大师如此高洁，再三请大师留住山中，但大师对修建丛林之事已生厌倦，因此力辞。大师把禅堂交付弟子怀遇掌管之后，自己一人飘然长往了。
大师离曹溪时有付弟子诗十绝，录三首如下：
福田种子要深栽，
因果如临明镜台。
亲到宝山千万次，
这回不可又空回。
功德园林不可轻，
脚跟步步要分明。
莫教错落随他去，
免使盲人又夜行。
少小能存向上心，
毫芒终长到千寻。
只须历尽冰霜苦，
姑得成材出郭林。
大师到南岳时有留给岭南弟子诗十绝，录四首如下：
底事分明在己躬，
不须向外问穷通。
但能触处回光照，
莫被尘劳困主公。
大道从来绝本真，
多因分别强疏亲。
直须看破娘生面，
方是尘中特达人。
尘劳浪迹久和光，
只为拈提此事忙。
千尺钓竿几斫尽，
海天回首更茫茫。
为法宁辞道路赊？
空云瘴海是天涯。
频将一点曹溪水，
灌溉西来五叶花。
在匆忙的弘法中
万历三十九年，大师在端州鼎湖山养痾。有许多懦生相依请教，大师便写了一篇《大学决疑》。
第二年大师转住五羊长春庵，对荣子讲解《大乘起信论》、《八识规矩颂》、《百法明门论》等。又因以的所著的《法华击节》文义联络不分，学者难以领会。于是又写了一部《法华品节》。
万历四十年，大师在长春庵结夏，对弟子请解《圆觉经》。经文刚讲至一半，突然发了严重的背疽，请来医生也洽不愈，生命极其危险，五羊大将军准备为大师安排后事，正在这时，来了一位本地土医，一见大师的背疽便说：“很危险了，再过一会儿就没救了！”他立刻到山采了草药，捣碎敷上，随即奏效，到了冬天就完全恢复了。背疽好后，大师写了一篇文章感谢地。大师这时发背疽和四十八年前初坐禅一样，同是宿业怨债，虽然在这四十八年中常有发生，但都随祷而止，而这一次却算是最后偿还怨债了。
次年，大师离开长春庵到衡阳去，在大善寺为众僧说戒。冯元成居士替大师造昙华精舍，作弘法道场。这时太后逝世，大师在此建报恩道场，才开始脱去俗装，穿还僧服。
大师在东海时曾立意写《楞严通议》，因一直无暇写作，到这年五月动笔，五十日稿成，适大师高足悟心、颛愚来看望，大师即作诗赠之：
《送悟心融营座还京口》
空山拟伴若余年，“
何意东归上法船。
好待海门孤月上，
话头一为老僧圆。
《讯频愚衡公病》
四大久观如泡影，
痛魔何处用潜踪。
主人自有安闲法，
只在无生一念中。
万历四十三年（一六一五），大师七十岁、这年春天，大师为大众讲解《楞严通议》。四月，大师著《法华通议》，因为《击节》和《品节》都未能融贯法华全文，因此又作通议来补充其疏略。接著大师又讲解了《大乘起信论》及写《起信论略疏》。
第二年，正是达观大师逝世的十二周年，大师难忘法门友谊，一直想亲自去吊唁。至四月，大师离湖东，端午节又到武昌礼大佛。游九峰山礼无念禅师塔。六月到了浔阳，游东林寺，写怀主诗。登上庐山吊彻空禅师塔。夏天在金竹坪避暑，在此写了《肇论注》。庐山的幽胜环境，使大师产生了在此归隐之意，于是游览了全山胜景，一路来随缘弘法。七月，游归宗，登金轮峰，礼舍利塔，又在这里留下一些诗篇。
这时有一僧人把五乳峰让给大师，大师见环境非常幽静，很满意，后由弟子们建造精舍。
八月，大师到黄梅礼四祖和五租，入紫云山，过桐城，游浮山，登九华，抵金沙、渡梁溪，达惠山，过吴江，一路上会好友，谈佛法，最后到达径山寂照庵。
大师在径山和达观大师的许多弟子一同纪念达观大师。大师先后写了一篇祭文，后又把达观大师的舍利藏在又殊台，弟子法铠建了一座塔，大师又作了一篇塔铭刻在塔前。
这年大师在径山过年，开堂为大众讲《参禅切要》。因为法铠请问法相宗义，大师便写了一本《世相通说》。这时间大师还写了一篇《担板汉歌并引》，玆引于下：
“径山法窟，自大慧中兴临济之道，相续慧命，代之不乏。近来禅门寥落绝响，久矣。顷一时参究之土，坐满山中，至有一念瞥地，当体现的，得大自在背，惜乎！坐在洁白地上，不肯放舍，以为奇特，不知反成法碍也。教中名所知障。所以古德云：‘直饶做到寒潭皎月，静夜钟声，随叩击以无亏，触波澜而不散，犹是生死岸头事。所谓荆棘林中下脚易，月明帘下转身难，各抱守竿头，静沉死水，尚不许坐住，说有未到瞥地，偶得电光三味，便以为得，弄识神影子者乎。'此参禅者得少为足，古今之通病也。恐落世谛流布，疑误多人，有请益者，乃笑为《担板汉歌》以示之。歌日：
担板汉，担板汉，
如何被他苦相赚。
只图肩上轻，
不顾脚跟绊。
纵绕担到未生前，
早已被他遮一半。
这片板，顶上枷。
浑身骨肉都属他。
若不快便早抛却，
百千万劫真怨家。
坐也累，行也累，
明明障碍何不会？
只为当初错认真，
清净门户生妖魅。
开眼见，闭眼见，
白日太空生闪电；
乾闼婆城影现空，
痴几说作无宫殿。
要得轻，须放下。
臭死虾蟆争甚价；
乌豆将来换眼睛，
鱼目应须辨真假。
有条路，最好行，
坦坦荡荡如天平；
但不留恋傍花柳，
管取他年入帝京。
舍身命，如大地，
牛马驼驴不须避；
果能一掷过须弥，
剑树刀山如儿戏。
如爱他，被他害，
累赘多困费管带；
一朝打破琉璃瓶，
大地山河多粉碎。
我劝君，不要担，
髑髅有汗当下乾；
分身散影百千亿，
从今不入生死关。
看了《担板汉歌》，那深含理性的生动言句，使人明了参禅的路头风光及其到家的消息，确是宗门实修的指南。
菩萨应世
万历四十五年，大师七十二岁，正月在径山为大众说戒，结束后辞别径山的大众，到云栖山吊唁云栖大师。这时云栖大师的弟子千余人，久侯在山中。大师在禅堂里对大众发挥了云栖大师在生时的密行，弟子们听著听著，有的落下了眼泪，发出悲泣的声音。他们又请大师作了《云栖大师的塔铭》。
大师出生时，玄津法师、谭孟恂居士，以及许多儒生绅土，留请大师在净慈堂说菩萨大戒。这时大师作了一篇《宗镜堂记》。
大师在杭州的消息使全国许多名德慕名而来，他们汇集在西湖，各抒己见，提出诘难，大师一一予以答复，气氛十分热烈，是一次东南法会中盛说况空前的殊胜法会。
玄津法师、谭孟恂居士在此将大师以前游历中所作的另星作品，整理成《东游集》刊行于世。
此时，大师的功夫日趋成勤。虽然到处弘法，却不须尘拂和锡杖随身，他的面色玉一般的光晰，身体非常强壮，即使在酷暑中行走，也无半点汗水。晨夕盥沐时，盆中之水依旧清澈无浊。大师坐的时候，总是双枷跌，而且不须用手帮助。无论开眼合眼，二六时中，常在定中。不论是日间或夜里，在行住坐卧中，一闻他人启请法语，眼光如电，限眶里没有丝毫的纤留，也不须用手去拭。大师上堂说法时，辩才无碍，一启口就是数千百享，从来不吃一字，而且声如洪钟，震动堂外。大师提笔写开示法语时，不起于坐，叙述数千百字，笔无停留。平时，大师左手时刻转著数珠，右手握一柄白竹骨的析叠扇，无论冬夏常在手中，但不是为了扇凉，而是当遇著人天三界大指麾时，当案一击，靡不呼应。
大师的道力神通的显现是无数的。在宗镜堂时，一天大师正升堂说法，见两僧挟持一僧走上台阶，而那被挟的僧人颠狂不止。这两僧乞求大师说：“这位师兄持大悲咒五年，平时行为也端正，不知何故会著魔成这个样子，请大师替他治吧！”大师说：“这病可医！”就命侍者在堂里寻到三位持秽迹金刚神咒的僧人。大师先在座位上自持神咒，又叫那三位僧人把神咒传给颠狂僧。开始时，那人不省人事，大师以扇在案上震威一击，再提授一句，颠狂僧即能随持，这样逐句传完后，颠狂僧如梦初醒，从此就再也无病了。大师叫他到香积寮去。
又一日，有一僧来顶礼，还未礼毕时，大师即击扇喝值：“杀人贼，见我作什么？！”知客僧听见急忙赶来，那礼拜僧不说一句话就去了。大众都惊愕不解地看著。第二天这僧被官府所捕，大众这才明白大师的神通妙用。
大师的神通事迹是不胜枚举的。又有一次，大师在嘉兴金明寺禅堂，晚上和道友们在谈论著佛法，忽然有一个提挺直马鞭子的人，在堂门外呼叫，有认识的说这是粮衙钱皂隶，都当做他喝醉了，想把他赶走，但他非但不去，反而越叫越响，声音中还夹杂著佛教术语：“今日活菩萨降临，我应该受超度了！你们不要拦阻我。”大家听了觉得奇怪，就去告诉大师。大师说：“可以让他进来。”那人一进来，即合掌礼拜具佛子威仪。大众都好奇地望著他，见他双膝著地，作鬼话说：“弟子仲日仁生的持长斋，修净土八年，今天是我亡故的五七期，借钱皂隶的身体求大师超度。我不愿到阴府去，应该往生西方净土，望菩萨慈悲指引。”说毕伏地流泪，悲泣不止。大师叫侍者中专修净土的耆宿六人侍立，自己亲自捻著数珠，并叫给他一数珠念千声佛号，这托鬼的身体即能跟随念佛，一堂大众，肃然无声。念佛结束后，大师又演蒙山施食文，当诵到：“应观法界性，一切唯心造”时，举扇击案大喊道：“速得解脱！”那人即答道：“解脱竟！”这样一连三呼三应，速度快极。过后，托鬼身站了起来，具佛子威仪，向大师称谢往生净土，又顶礼东西两旁的大众说：“各各努力，龙华会上相逢！”大约过了二小时，大众还聚在禅堂里未散，有的在哭泣，有的在叹息，也有的在偷偷暗笑，甚至有的还在訾议著，大师无动于衷，处之晏如。
第二天，大师送他到临崖，他感激地顶礼大师，然后依旧返回禅堂门口，说了几句谢钱老宫赖托得度的话，便猝然扑地而醒，又是原来的钱皂隶了。这时旁边的一位知情人说：“仲日仁是隔河仲痒士、名闻韶的父亲，在生时修净土十分虔诚，这感应确是应该的。”大师的弟子福征也在旁说：“日仁是我的壁经社友。”就同善信等数十人去拜访。到了他家，这才知道已死了五七三十五日了，而那个钱皂隶因催粮到了地的灵座前，仲日仁乘他醉时，就引魂得度。
过了几天，有一位许泰惟居土，素来信佛，他见过大师的神通感应，就请大师到他家，为父亲设灵，叩求大师说法。大师一席法语中，处处都指出他父亲在世时的阴暗事，听到的人都被大师惊人的道力慑服了。
仅只几天，人们奔走相告，相传著活菩萨应世。无论男女老幼，都怀著一颗虔诚心想见一见大师。此刻，大师正在东塔，片刻之间，人们蜂涌而至，成千上万的人群站满了山门到方丈室的所有空间，人们要见大师的呼声一阵响依一阵。这时，大师和几位侍者，走到东塔的二层窗口，向大众慈悲致意，大众一见大师，礼拜的人群此起彼伏，如烟加云，人们从大师的道德神通，看到佛教的伟大，内心的虔诚和欣喜不可言喻，一直礼拜到天黑后，才渐渐散去。
第二天，前来供养大师的人仍很多，大师觉得这样下去不好，第三天即渡江到淞陵了。
指归净士
万历四十六年（一六一八），大师七十三岁。这年开始在五乳峰造佛殿和禅堂。大师为了追效庐山慧远大师六时念佛的芳规，又嘱咐弟子在佛殿中精造西方三圣像。
次年，殿宇修成后，大师在正月开始讽诵《华严经》，在此期间并为大众讲解了《法华通议》。到了夏季，大师又为大众讲解《楞严经》、《大乘起信论》、《金刚经》、《圆觉经》、《唯识论》等。八月十五日；讲经法会圆满后，大师闭关静修，谢绝一切外缘。在静室中，大师以刻香代漏，六时念佛，专意净土。
不久，大师又考虑到华严一宗将要失传，因为清凉疏钞文广义繁，学者心志不及，大多不敢深入。于是大师但取疏中大旨，落笔写《华严纲要》，对华严宗的复兴起了一定的作用。
万历四十八年（泰昌改元），大师七十五岁。这年春季，侍者广益请大师著述《圆觉经直解》、《起信论直解》及《庄子内七篇注》。
夏天，大师足生疾病，行走不便。秋天，许多居士上山问道，大师在病中对他们开示佛法，又作了列代祖师传记七十多首，每首都附上赞文流通于世。
大师自离曹溪到庐山已有八年时间，那些住在曹溪的弟子们日夜思念著大师。他们常派代表去庐山问讯，想请大师回曹溪，但大师不同意即刻前往。后又有许多曹溪的居士们前来请大师，大师都以有病为由，婉言谢绝了他们的诚意。
次年夏天，弟子众请大师讲解《楞严笔记》。十月，大师弟子孝廉刘起相等再请大师去曹溪，大师又以病为由谢绝了。
天启二年（一六二二）大师七十七岁。这年大师写成《华严纲要》。又为大众讲解《楞严经》、《圆觉经》、《大乘起信论》、《肇论》。这时，曹溪吴郡守、韶阳太守等许多弟子，第三次又请大师去曹溪，大师情不获已，决定去一趟。这年冬天，大师出庐山、度彭湖，在腊月初八登上岭南，十五日入曹溪。这时大师在大众的请求下即开始写年谱。
天启三年（一六二三），大师七十八岁。春天，韶阳太守等居土入山请大师说法，五羊法性等弟子也来到曹溪。大师虽已年迈，但菩萨悲心，法施无厌，在禅堂里先对大众说大戒，次说《起信论》、《唯识论》、《楞严经》。
八月，大师遣侍者去感谢吴郡守的护法诚心，持者将行时，大师嘱咐说：“佛祖弘法，贵在时节因缘，缘与时违，化将焉托？一期事毕，吾将归矣！”大众听了都觉罔然，还以为大师想归庐山了。
重阳节，大师替侍者深光书写的山居诗跋中说：“老人虽慵于笔砚，恐一息不来，又作来生欠耳。若以诗字观之，则孤思多矣！”
十月初一，弟子通炯从庐山来拜见大师，大师遍间了五乳的常住大众以及山中诸刹的耆旧，心里非常高兴。这时弟子净泰请大师作“自赞”一首，叙述生平大意。
十月初三，少宰萧玄圃入山访大师。大师与他交谈了三昼夜，少宰问大师求法要，大师随手写了二则法语、三首诗赠给他。
初六，少宰出山，大师嘱咐他说：“你是社稷苍生的仰望，前途珍重！”少宰与大师相约再晤之期，大师说：“山僧老了，四大将离，你我再晤的时候当在龙华会上了！”
初八，大师示现微疾，弟子大众都来问候，大师对他们说：“老人劳倦了，不是生病！”
初九，弟子送药给大师，大师说：“我就要去了，药物对我有什么用！”侍者广益听了，大惊失色地说：“和尚脱苦不讳，有何咐嘱？”大师听了斥责道：“你持老人多年，如何作这等见解？”又对大众说：“你们当念生死事大，无常迅速，切实念佛！”广益又问：“和尚不示一言，何以道遵行？”大师说：“金口所宣，当成故纸，我言何用！”于是不留一字。
十月十二日，正是大师的生辰。这天缁素弟子云集曹溪，韶阳太守入山送给大师紫谱罗禅衣，为大师祝寿。两人相对坐谈了一日，晚上，太守出去后。大师即叫侍者倒水沐浴。第二天早上，大师披上太守所送的紫谱罗衣，去与太守诀别。当太守再次来到大师榻前时，大师对他说：“山僧行矣，多谢大护法盛心！”太守说：“大师法身无恙，不佞是地方守土，即是主人，一切都由不佞来护法。”大师听了微笑合掌称谢。到了中午，太守告辞下山，大师即叫侍者瑞净水漱口，又对待者说：“今日乃截断葛藤。”又叫侍者瑞汤沐浴更衣。之后，又召集大众围绕念佛，佛声一停，大师对大众说：“你们不要惊惶，应当依佛制度，不得披麻服孝，勿得悲哭。你们要一心念佛！”
晚上申时，人天限目，三界导师端坐而逝了，这夜，大师身上的毫光照亮了天空，山中的众鸟发出悲鸣，缁素弟子的哀恸之声振憾著山谷。
大师圆寂后，面色依然加玉般的洁润，嘴唇依然还是那么红泽，手足依然还是那么柔软，就像平时入定一样。
大师弟子遣报太守，太守即差官临吊，替大师封龛。
这时少宰萧玄圃别大师还只五日，尚在雄州，听到大师逝世的消息，悲哀竟日。又听到大师临终的因缘，便又非常高兴他说：“大师是圣位中人，若非生死关头了彻，怎有这等自在！”立即撰写挽章遣吊。又捐资两百，写了一封信，嘱咐二太守替大师建造影堂。
在庐山五乳峰的弟子，听到大师逝世的消息，弟子福善等，立即赶到曹溪。在正月二十一日，扶大师灵龛归五乳，二月二十八日报庐山五乳峰法云寺。
金刚不坏的肉身
弟子们将大师的肉身护送到庐山后，因庐山气候阴湿，侍者福善建造了一座塔院，将大师肉身龛安供在塔上。
十一年之后，庐山猛虎作乱，五乳峰法云寺处在危险之中。福善怕塔地不安全，就恭敬地请出大师的肉身龛，见护龛有一半被虫蚁侵蚀，因不敢入葬，就照旧封在塔中。
又过了九年，岭南弟子陈宗伯、刘起相等受曹溪佛教界的委托，去庐山迎大师归曹溪。当大师肉身护运到梅岭时，正遇到新任广东总镇宋昭明，就命土卒用车载龛，亲自送至曹溪。
宋昭明居士上任后才几个月，又来到曹溪。这时护龛的弟子广成、慈力，见龛内有罅，就在罅上私自凿了一个小洞窥视，见大师肉身端坐如生，想打开龛室，但心里又犹豫不决。宋昭明知道后，即抽出佩刀，劈开罅龛，看见大师双跌端坐，如在生时一样庄严，指爪头发都在生长，肤色依然鲜红，紫谱罗衣和挂珠还崭新。这时一阵风吹来，衣服忽然如云碎星散，随风飘舞，地方群众把它们掇拾去，作为吉祥的象征。
正在这时，忽然来了一位僧人，他请求要用印度保护肉体的方法来保护大师肉身，征得大众同意后，他就用海南的栴檀香末，涂在大师身上，在外表看来，好似一层油漆一样。这僧人涂毕后，竟自而去。
大师在生时，曹溪的一位善信妇女，她发愿绣制千佛衣一袭供奉大师，她怕口气不净，就用黄绢裹口绣制，千佛衣制成后，大师却已人龛，这件千佛衣就藏在宝林库笥里。现在又取出此衣，披在大师肉身上，虽然经过了二十二年，但光彩照人，如新制的一样。
封龛圆满后，弟子们就将大师安置在旧塔院供养，并改号为憨山寺，距离南华寺宝林禅堂的半里地。
弟子们根据洪养六祖大师的惯例，每日早晨用热水香汤一盂，熏大师面出汗，又以毛巾拭干，接著和在生时一样，供给饮食。一周年还要进行一次沐浴。
每年到了二月和八月，全国各地佛弟子们成群结队地上山朝拜憨山大师的肉身，带著万分敬抑的心情，在大师前礼拜发愿，吸取了上求佛道、下化众生的精神力量。四百多年后的今天，大师依然以他坚固不坏的金刚之身端坐在那里，谁说大师逝世了？大师不依旧以那慈悲的双眼关注人间、利益一切众生吗？
附录，大师法脉四十字：
德大福深广，慈仁量普同。
修持超法界，契悟妙心融。
寂静觉常乐，圆明体性通。
慧光垣朗照，道化久昌隆。
附《东游集》法语三则
径山禅堂示参禅切要
禅宗一门，为传佛心印，本非细事。始自达磨西来，立单传之旨，以《楞伽》四卷印心。是则禅虽教外别传，其实以教印证，方见佛祖无二之道也。其参究工夫亦从教出，《楞伽经》云：“静坐山林，上中下修，能见自心妄想流注。”此实世尊的示工夫之诀法也。又云：“彼心意识，自心所现，自牲境界，虚妄之想，生死有海，业爱无知，如是等因，悉以超度。”此是如来的示悟心之妙旨也。又云：“从上诸圣，转相传授，妄想无性。”此又的示秘密心印也。此黄面老子，教人参究之切要处。及达磨示二祖云：“汝但外息诸缘，内心无喘，心如墙壁，可以入道。”此达磨最初示人参究之法要也。传至黄梅，求法嗣时，六祖刚道得本来无一物时，便得衣钵，此相传心印之的旨也。及六祖南还，惠明等追至庾岭夺衣钵，祖弃石上，明提掇不起，明云：“我为法来。”祖云：“汝为法来，但屏息外缘，不起一念，当为汝说。”明良久，祖云：“不思善，不思恶，正恁么时，阿那个是明上座本来面目？”明即大悟。此是六祖第一示人参究之的诀也。
是知从上佛祖，只是教人了悟自心，认得自己而已，向未有公案话头之说。及南岳青原而下，诸祖随直开示，多从疑处敲击，令人回头转脑便休。即有不会者，虽下钳锤，也只任他时节因缘。至黄檗，始教人看话头。直至大慧禅师，方才极力主张教学入参一则古人公案，以为巴鼻，谓之话头，要人切切提撕。此何以故？只为学入八识田中，无量劫来恶习种了，念念内熏，相续流注，妄想不断，无可奈何。故将一则无义味语，与你咬定，先将内外心境妄想一齐放下。因放不下，故提此话头，如斩乱丝，一断齐断，更不相续。把断意识，再不放行。此正是达磨外息诸缘，内心无喘，心如墙壁的规则也。不如此下手，决不见自己本来面目，不是教你在公案语句上寻思，当作疑情，望他讨分晓也。即如大慧专教看话头、下毒手，只是要你死偷心耳。如示众云：“参禅唯要虚却心，把生死二字，贴在额头上。如欠人万贯钱相似。昼三夜三，茶里饭里，行时住时坐时卧时，与朋友相酬酢时，静时闹时，举个话头，狗子还有佛性也无？州云：‘无'！只管向个里看来看去，没滋味时，如撞墙壁相似。到结交头，如老鼠入牛角，便见倒断也。要汝办一片长远身心，与之撕挨。蓦然心花发明，照十方刹，一悟便彻底去也。”此一上，是大慧老人寻常惯用的钳锤。其意只是要你将话头堵截意根下妄想流住不行，就在不行处看取本来面目。不是教你在公案上寻思，当疑情讨分晓也。如云：“心花发明。”岂从他得那？
如上佛祖，一一指示，要你参究自己，不是向他玄妙言句取觅。今人参禅做工夫，人人都说看话头，下疑情，不知向根底究，只管在话头上求，求来求去，忽然想出一段光景，就说悟了，便说偈呈颂，就当作奇货，便以为得了，正不知全堕在妄想知见网中。如此参禅岂不瞎却天下后人眼睛。
今世少年，浦团未稳，就自称悟道，便呈口嘴，弄精魂，当作机锋迅捷，想出几句没下落的胡言乱语，称作颂古，是你自己妄想中来的，几曾梦见古人在！
若如今人悟道，这等容易，则主人操履，如长庆坐破七个蒲团，赵州四十年不杂用心，似这般比来，那古人是最纯根人，与你今人提草鞋也没用处。增上慢人，未得谓得，可不俱哉！
其参禅看话头，下疑情，决不可少。所谓小疑小悟，大疑大悟，不疑不悟。只是要善用疑情，若疑情破了，则佛祖鼻孔，自然一串穿却。只如看念佛的公案，但审实念佛的是谁，不是疑佛是谁，若是疑佛是谁，只消听座主讲阿弥陀佛，名无量光，如此便当悟了，作无量光的偈子出来，如此唤作悟道，则悟心者如麻如粟矣。苦哉！苦哉！
古人说话头如敲门瓦子，只是敲开门，要见屋里人，不是在门外做活计。以此足见依话头起疑，其疑不在话头，要在根底也。只如夹山参船子，问云：“垂丝千尺，意在深潭，离钓三寸，子何不道？”山拟开口，师便一桡大落水中。师又打，山大悟，乃点头三下。师日：“竿头丝线从君弄，不犯青波意自殊。”若是夹山在钩丝上做活计，船子如何舍命为得地。此便是古人快便善出身路也。
在昔禅道盛时，处处有明眼知识，天下衲子参究者多，到处有开发。况云：“不是无禅，只是无师。”今禅家寂寥久矣！何幸一时发心参究者多，虽有知识，或量机权进，随情印证，学人心浅，便以为得，又不信如来圣教，不求真正路头，只管懵做。即便以冬瓜印子为的诀，不但自误，又且误人，可不惧哉！且如古之宰官居士，载传灯者，有数人而已，今之尘劳中人，粗戒不修，浊乱妄想，杖己聪明，见僧便斗机锋，亦以自己为悟道。此虽时弊，良由吾徒一盲引众盲耳。老人非敢妄自僭谈，今遵佛祖真正功夫切要处，大家商量，高明达士，自有以正之。
云栖方丈示念佛切要
念佛求生净土一门，元是要了生死大事，故云念佛了生死。今人发心，因要了生死，方才肯念佛。若只说念佛可以了生死，不知生死根珠，毕竟向何处了？若念佛的心，断不得生死根株，如何了得生死？如何是生死根株？古人云：“业不重不生娑婆，爱不断不生净士。”是知爱乃生死之根株。以一切众生，受生死之苦，皆爱欲之过也。推此爱根，不是今生有的，也不是一、二、三、四生有的，乃自从无始最初有生死以来，生生世世，舍身受身，皆是爱欲流转，直至今日。翻思从前，何曾有一念暂离此爱根耶？如此爱根种子，积劫深厚，故生死无穷。今日方才发心念佛，只望空求生西方，连爱是生死之根的名字也不知，何曾有一念断著。既不知生死之根，则念佛一边念，生死报只听长，如此念佛，与生死两不相关。这等任你如何念，念到临命终时，只见生死爱根现前，那时方知念佛不得力，却怨念佛无灵验，悔之迟矣！故劝今念佛之人，先要知爱是生死根本而今念佛，念念要断这爱根。即日用现前，在家念佛，眼中见得儿女子孙家缘财产，无一件不是爱的，则无一事无一念不是生死活计，如全身在火坑中一般。不知正念佛时，心中爱根未曾一念放得下。直如正念佛时，只说念不切，不知爱是主宰，念佛是皮面。如此，佛只听念，爱只听长。且如儿女之情现前时，回光看看这一声佛，果然敌得这爱么？若断不得这爱，毕竟如何了得生死？以爱缘多生习熟，念佛才发心，其生疏，又不切实，因此不得力。若目前爱境主张不得，则临命终时，毕竟主张不得。故劝念佛人，第一要知为生死心切，要断生死心切，要在生死根株上念念斩断，则念念是了生死之时也。何必待到腊月三十日，方才了得，晚之晚矣！
所谓目前都是生死事，目前了得生死空，如此念念真切，刀刀见血，这般用心，若不出生死，则诸佛堕妄语矣！故在家出家，但知生死心，便是出生死的时节，岂更有别妙法哉！净慈宗镜堂示持准提咒
为弟子谭捐征等说
在家弟子，五欲浓厚，烦恼根深，日逐现行，交错于前。如佛汤滚滚，安能一念清凉？纵发心修行，难下手做工夫。有聪明看教，不过学些知见，资谈柄，绝无实用。念佛又把做寻常看，不肯下死心。纵肯，亦不得力，以但在浮想上念，其实藏识中习气潜流，全不看见，故念佛从来不见一念下落。若念佛得力，岂可别求玄妙耶？今有一等好高慕异的，闻参禅顿悟，就以上根自负，不要修行，恐落渐次。在古德机缘上，记几则合头语，称口乱谈，只图快便为机锋，此等最可怜愍者。看来，若是真实发心怕生死的，不若持咒入门，以先用一片恳切心，故易得力耳！
谭生福征，问在家修行之要，故示之以此，观者切莫作没道理会，以道理误人力多，故此法门，尤胜参柏树子、乾屎橛也。