据《开元释教录》记载:
玄奘译籍中标明窥基笔受的，有《成唯识论》十卷、《辨中边论颂》一卷、《辨中边论》三卷、《唯识二十论》一卷、《异部宗轮论》一卷、《阿毗达磨界身足论》三卷。其中特别值得注意的，是《成唯识论》的翻译。这是一部解释世亲所造《唯识三十论》而属于集注性质的论书，是中国传译瑜伽学一本十支中的主要一支。世亲造《三十颂》时，没有造释就去世了，后经亲胜、火辨等诸论师相继作释。玄奘在印度，将著名的十大家的注释都搜集了回来。开始翻译时，拟将十家注释各别分译。但不久，窥基就向玄奘建议：将十家的注释糅合起来，成为一部，作出定解，以免后人无所适从。玄奘同意他的建议。窥基自己说这一部译典是“商榷华梵，甄权重轻，陶甄诸义之差，有叶一师之制”。对于十家疏义，采取了护法的注释为主，加以抉择组织。这种糅译的体裁是窥基独创的，他在《唯识枢要序》里说：“虽复本出五天，然彼无兹糅释，直尔十师之别作，鸠集尤难，况更摭此幽文，诚为未有”。可见他对于本论的译成，是有创造性的贡献的。《唯识二十论》，原有后魏瞿昙般若流支和陈真谛的两种译本。窥基《唯识二十论述记自序》说：“今我和上三藏法师玄奘佼诸梵本，睹先再译，知其不闲奥理，难具陈述……基受旨执笔……删整增讹，缀补纰阙，既睹新本，方类世亲”。这段话是他对于佛典新、旧译本优劣的总评，也说明了新译是从那些方面来校正旧译的。
玄奘在译经期间每“黄昏二时讲新经论”，“译僚僧伍竞造文疏，笔记玄章并行于世”；玄奘在印度所学的微言大义，就通过这种方式流传。窥基随侍受业，多闻第一，他又是当时造疏最多的一人，称为百部疏主。他的注疏，很多是在玄奘亲自指导之下写成的，如《成唯识论述记自序》说：“凡兹纂叙，备受指麾”。《唯识二十论述记自序》说：“我师不以庸愚，命旌厥趣，随翻受旨，编头述记”。他在撰述中遇有疑难，随时向玄奘请示，惜《二十论》疏尚未完成，玄奘就去世了。一部分著作是在玄奘去世后才着手写的，如《杂集述记·归敬颂》说：“微言咸绝杳无依，随昔所闻今述记”。这些述记，大体上包罗了玄奘学说的主要内容。共四十三种，计现存三十一种。其所注疏的经典，除《金刚般若》、《法华》、《弥陀》、《弥勒》、《胜鬘》等经外，其余所释诸经论本文，都用玄奘译本。
窥基的著作，善于提纲挈领，建立体系，如《法苑义林章》七卷，把瑜伽一本十支和各宗不同的法义都归纳起来，抉择贯通，细至一字之微，也有专章分析，如《法华为为章》把《法华经》中所有“为”字归纳起来，得出平声“为”有九训，去声“为”有三训，表现出他所提出的“示纪纲之旨，陈幽隐之宗”的特征。他不但通达声明，并且精熟因明，“大善三支，纵横立破”，他的著述内也常常表现运用因明以立说的倾向。要了解玄奘的学说，现在所可依据的，最主要的就是窥基这些著作。
玄奘去印之前，曾在国内到洛阳、长安、成都等处参访研求，对《摄论》、《杂心》、《成实》、《俱舍》都深有造诣，觉得好多问题还不能解决，才发愿往印度求法，以极大的努力，他回国以后所译《般若》、《瑜伽》、《婆沙》、《俱舍》、《杂集》、《因明》等重要教典，包罗很广。其学说要点折中于总赅三乘教学的《瑜伽师地论》，而以之贯通一切，这是依据部派佛教、大乘中观学说的发展而得出来的结论。玄奘在印度就学于那烂陀寺戒贤三藏，对继续发扬龙树、提婆学说的无著、世亲，及其后继者陈那、护法之学，均亲所禀受，回国以授门下，各有专弘。窥基组织师说，广制诸疏，加以发扬，对于法相唯识之学，尤其精辟独到。玄奘逝世后，学人多认窥基为玄奘的继承者，讲习取为准据，成为奘门的权威，为国内外同所景仰，后遂成为慈恩一宗。