唯识学以‘三法二重’为因果，确立其宇宙形成与种子的关系。即主张：当心、色二法诸缘具足时，种子必令当前之外界产生某种作用或现象，称为‘现行’；此现行之法，一旦形成，即能熏习种子。如是乃构成‘三法’，即：‘能生的种子’（本来的种子）、‘所生的现行’、‘所熏的新种’等三种要素，此三者具有‘二重’的因果关系，即于‘种子生现行’、‘现行熏种子’之下，同时展转互为因果，且由之变现出世间万物。故知宇宙森罗万象、苦乐荣枯等一切有为无为之万法，皆由吾人第八识内的种子所生成映现者，此即唯识宗‘万法唯识’的基本论旨。准此而言，唯识家乃称阿赖耶识内的种子为‘内种’，而谓米、麦等之种子并非真实自存之物，而系由内有之种子发为现行所变现者；以其相对于心识内之‘内种’，并假借世间之名，而称之为‘外种’。
外种的种子亦如内种，可分为本有与新熏两种，然内外种的种子，其熏习情况有别。据《成唯识论》卷二说，以外种而言，其种子具有本质者，即有熏习，而为其生长之‘增上缘’；若无本质者，即无熏习，而必须以内种为其‘生因’之缘。
【外尘】又称外境。自认识作用而言，为眼、耳、鼻、舌、身、意六根所摄取的对象，即色、声、香、味、触、法等六尘，又称六境。凡夫以为六尘皆在于内心之外，故称外尘。
【外缘起】参阅‘内缘起与外缘起’条。
【末那三位】唯识宗依修行阶段的浅深，而在末那识中立有三阶段，称为末那三位，一、人我见相应位：如凡夫、二乘有学、七地以前的菩萨等有漏心位。二、法我见相应位，为末那识缘第八异熟识起法我见之位。此乃指凡夫、二乘及未得法空智果的菩萨位而言。三、平等性智相应位，乃起无漏平等性智之位，即菩萨以法空观入见道，又于修道位起法空智果及佛果。以上三位之中，前二位属有漏之位，第三位则属无漏之位。
【末那三位无有】此指修唯识行的菩萨，修至何位方能断除我执，舍末那之名？此有三位，即：一、阿罗汉位：二乘阿罗汉位，大乘八地菩萨，第八识舍阿赖耶识之名（此时名异熟识），故末那亦不成执。二、灭尽定位：此位前六识心、心所皆灭，染位末那及心所亦灭。三、出世道位：谓得真无我解脱及得后得无漏智，末那识已转识成智。《唯识三十颂》曰：‘阿罗汉灭定，出世道无有。’即指此三位而言。
【末那王所相应】此指与末那识相应的心所。《八识规矩颂》曰：‘八大遍行别境慧，贪痴我见慢相随。’即指与此识相应的心所，有八大随烦恼心所——昏沉、掉举、不信、懈怠、放逸、失念、散乱、不正知。五遍行心所——触、作意、受、想、思。及别境中的慧心所，和四个根本烦恼心所——贪、痴、慢、见。一共十八个心所。