清辨造《大乘掌珍论》，主张一切皆空，不仅因缘和合的有为法空，永恒真理的无为法亦空。《掌珍论》卷上有偈曰：‘真性有为空，如幻缘生故，无为无有实，不起似空华。’意思是说，因缘和合的有为法，都是虚幻不实的，故说为空；而无为法没有实性，有如‘空华’，所以也是空。《成唯识识》卷三，对清辨‘一切皆空’的理论提出反驳，论曰：‘有执大乘遣相空理为究竟者，依此比量拨无此识及一切法，彼特违害前所引经，智断证修染净因果皆执非实，成大邪见。外道毁谤染净因果亦不谓全无，但执非实故。若一切法皆非实有，菩萨不应为舍生死精勤修集菩提资粮。谁有智者为除幻敌，求石女儿用为军旅？’上一段论文的意思是：有些执大乘空宗‘一切皆空’为究竟理论者，根据这种错误的比量，否定阿赖耶识及一切法的存在，这就违背了唯识宗所依六经十一论的理论，认为智断、证修、染净、因果等全属虚妄。如果说‘一切皆空’的理论能够成立，那世出世间的一切染净因果就不存在了。同时，那些精勤修行、希望成佛证果的人，岂不像是征用石女的儿子去打仗、完全落空吗？总之，以护法为代表人物的大乘有宗以为：作为客观事物的‘外境’是空的，而作为主观的能认识的‘心识’是实有的。而以清辨为代表人物的大乘空宗认为：不仅外境是空，心识也是空的。《成唯识论》卷二曰：‘清辨计言，若论世谛，心境俱有；若依胜义，心境俱空。’由此看来，护法是以万法缘起立法相门，主张因缘所生法为有；清辨是以万法实相立观心门，主张毕竟皆空。关于当时的空有之争，后世看法不一。法藏的《楞伽玄义》中解释说，清辨破有，护法破空，虽似相破，实是相成，因为相破的结果，益发彰显‘真空妙有’的佛教至理，此说不无卓见。
【眼根】眼根是眼识发生的地方，眼是能见之义。为不可见有对之净色。此为五根之为十二处中的眼处，十八界中之眼界。此是眼识发生的地方，眼识是依于眼根，缘于色境，发生其了别认识的作用。《百法纂释》曰：‘眼根者，能照瞩一切境之义，梵语斫刍，此云行尽，眼能行尽诸色境故，以远近之境，一目皆见，是名行尽。而翻为眼者，体用相当，依唐言也’。此在《大乘广五蕴论》则曰：‘云何眼根，谓以色为境，净色为性，谓于眼中，一分净色，如净醍醐，此性有故，眼识得生，无即不生。’能生识的内根为清净四大所造，名胜义根，是实眼根。而肉眼可见的眼睛，为四大粗色所造，名扶尘根。