辛一、明逆修十二生类因果（至七卷尽是）：因妄显真，灭妄名真，故欲真诣如来涅槃，先明世界、众生颠倒。二颠倒因，皆由迷圆明（迷圆明即无明）无住本建立，同四卷初所说。然此中之众生颠倒，指无明住地变易生死说。正是小乘所迷，故曰“妄性无体（即无住也），非有所依，将欲复真，欲真已非真真如性，非真求复，宛成非相”；及至“因由业感，相灭相生”，其义可见。世界颠倒，指有漏住地分段生死说。依前变易集起，故曰“是有所有，分段妄生，因此界立，非因所因，迁流不住，因此世成”，世界相涉，成十二类，义亦可见。三世、四方，是十二类因，亦十八界因。动声乃至法味，眼见乃至意知，眼识乃至意识，各成各十二区分故。穷厥流变，不出十二，故起十二乱想而成十二生类。宇宙物类，无越乎此。知其皆是生类，皆乱想起，则知皆唯识变现矣。乱想所依，则即迷本圆明而无体性、无依住之虚妄想也。
辛二、明顺修六十佛位因果（从八卷起、至示菩提路章尽是）：六十佛位，始凡夫地终佛涅槃是也。亦从观行即佛、至究竟即佛也。皆名为佛位者，已悟如来藏心，唯依修证佛三摩地而安立故。然三渐次，人天二乘皆得共之，其不同在已悟藏心否耳。前明如来藏非即真妄，及二颠倒因十二类生，乃理即佛、名字即佛、及略兼观行即佛也。亦唯识所谓具本性住种性、及略兼习所成种性者也。此又分二：
壬一、明反妄正修三重渐次（至是则名为第三增进修行渐次是也）：此三渐次，正是观行即位兼行六度正行六度，而进入相似即位以趋分证也。前二是约尸罗度说，后一是约禅那、般若度说，檀施、羼提、精进，可知意含其中。本经始终所重，唯是成第三渐次也；然非定有前后。第二渐次之成就相，即是相似即位六根清净，亦是根净不偶、干有其慧，即以此心、中中流入，乃至能游十方所去随愿。第三渐次之成就相，即是分证即位、初获无生法忍，亦心精发晖，十用涉入，圆成一心，名发心住也。故此即唯识所谓习所成种性，具二种性能悟入唯识也，细玩经文可知。但三渐次发行之功，确重在未入相似位前耳。第一渐次已言“纵能宣说十二部经”，义亦符合观行位中随喜、读诵、讲说之前三品。修入除其助因，总摄一切遮戒，遮一切间接击发三毒者，五辛举其重者言耳。遮戒全净，性戒斯净，故居第一。真修刳其正性（三界、九地共以四根本烦恼为正性，欲界别以淫为正性），总摄一切性戒。声闻四弃八弃（比丘四弃，尼八弃也），菩萨十重三聚，别重断淫，此是流转五趣生死根故。非得禅定，未有真能断尽淫心者也。若得禁戒清净，渐能入流忘所，故居第二。增进违其现业（现业即是贪、嗔、痴、等分烦恼种习现行，牵有情缠缚生死，不得脱者），总摄一切禅定、智慧、解脱（初信心中中中流入，澄五重浊，超五阴区，乃至顺行而至觉际入交是也。故曰皆以三渐次故善能成就）。从入流相，入三摩地，渐次深入，获无生忍（此无生忍近指初住，远指妙觉），故居第三。复次、干慧地第五十七位，皆依第三渐次而立，故曰从是（从是犹曰依此，乃指干慧地，正等觉皆依此立，非谓从此位后乃入干慧）渐修，随所发行（谓在三摩地中、所发行相），安立圣位。前谓本经行位，专就三摩地增进相说者，意现此矣。唯识谓具大乘二种性者，略于五位渐次悟入，义亦符契。但此就修三摩地说，彼就悟入唯识性说而已。故均是圆渐也。第一渐次为成第二渐次，如净器中除去毒蜜，乃可以诸汤水并杂灰香洗涤其器。第二渐次为成第三渐次，如以汤水香灰洗涤器净，乃可贮甘露也。重在旋灭十二颠倒元所乱相，故曰反妄正修。