五、持名
先唱赞偈云：
药师如来琉璃光焰网庄严无等伦
无边行愿利有情各遂所求皆不退
续云，南无东方净琉璃世界药师琉璃光如来。以后即持念药师琉璃光如来名号一百八遍。若欲多念者，随意。
六、持咒
或据经中译音持念，或别依师学梵文原音持念，皆可。或念全咒一百八遍。或先念全咒七遍，继念心咒一百八遍，后复念全咒七遍。心咒者，即是咒中“唵”字以下之文。未经密宗阿阇黎传授，不可结手印。擅结者，有大罪。持咒时，不宜大声，惟令自己耳中得闻。持咒时，以坐为正式，或经行亦可。
七、回向发愿
回向与发愿大同，故今并举。其稍异者，回向须先修功德，再以此功德回向，惟愿如何云云。若先未修功德者，仅可云发愿也。
回向发愿，为修持者最切要之事。若不回向，则前所修之功德，无所归趣。今修持药师如来法门者，回向之愿，各随己意。凡《药师经》中所载者，皆可发之，应详阅经文，自适其宜可耳。
以上所述之修持课仪，每日行一次或二次三次。必须至心诚恳，未可潦草塞责。印光老法师云：‘有一分恭敬，得一分利益，有十分恭敬，得十分利益’。吾人修持药师如来法门者，应深味斯言，以自求多福也。