药师如来法门大略，如大药师寺已印行之《药师如来法门略录》所载。
今所述者，为吾人平常修持简单之课仪。若正式供养法，乃至以五色缕结药叉神将名字法等，将来拟别辑一卷专载其事，今不述及。
欲修持药师如来法门者，应供药师如来像。上海佛学书局有石印彩色之像，可以供奉，宜装入玻璃镜中。供像之处，不可在卧室。若不得已，在卧室中供奉者，睡眠之时，宜以净布覆盖像上。
《药师经》，供于几上。不读诵时，宜以净布覆盖。供佛像之室内，须十分洁净，每日宜扫地，并常常拂拭几案。供佛之香，须择上等有香气者。供佛之花，须择开放圆满者。若稍残萎，即除去。花瓶之水，宜每日更换。若无鲜花时，可用纸制者代之。此外如供净水供食物等，随各人意。但所供食物，须人可食者乃供之，若未熟之水果及未烹调之蔬菜等皆不可供。
以上所举之供物，应于礼佛之前预先供好。凡在佛前供物或礼佛时，必须先洗手漱口。此外如能悬旛燃灯尤善，无者亦可。
以下略述修持课仪，分为七门。其中礼敬赞叹供养回向发愿，必须行之。诵经持名持咒，可随己意，或惟修二法，或仅修一法，皆可。
一、礼敬
十分三宝一拜，或分礼佛法僧三拜。本师释迦牟尼佛一拜。药师琉璃光如来三拜。此外若欲多拜，或兼礼敬其他佛菩萨者，随己意增加。礼敬之时，须至诚恭敬，缓缓拜起，万不可匆忙。宁可少拜。不可草率。
二、赞叹
礼敬既毕，于佛前长跪合掌，唱赞偈云：
归命满月界净妙琉璃尊法药救人天因中十二愿
慈悲弘誓广愿度诸含生我今申赞扬志心头面礼
右赞偈出《药师如来消灾除难念诵仪轨》。唱赞之时，声宜迟缓，宜庄重。
三、供养
赞叹既毕，于佛前长脆合掌，唱供养偈云：
愿此香花云遍满十方界一一诸佛土
无量香庄严具足菩萨道成就如来香
供养毕，或随己意增诵忏悔文，或可略之。
四、诵经
字音不可讹误，宜详考之。诵经时，或跪或立或坐或经行皆可。