释迦牟尼佛为佛教的创始人。一切佛法教化，始于释迦牟尼佛，所以佛子称释迦牟尼佛为本师。真言密教教主大日如来，与释迦牟尼佛之间又是何种关系呢？
弘法大师《真言宗付法传》云“是故甘露一味，逐器而殊色。摩尼一相，随色而分影。能说之心，转则平等，所润之意，解则千殊。一、三、五乘，源一派别。法、报、应化，体同用异。”也就是说，大日与释尊，只是“内证”与“外用”之相异而已。佛佛无异，二佛同体。如果严格区别，那么大日如来为法身佛，释迦如来为应化身佛，也就是为了应我们娑婆世界的因缘来度化众生，而由大日如来显现的应化身。
《华严经》中说“十方一切世界诸佛如来，毕竟无有般涅槃者，唯除为欲调伏众生而示现耳。”
《妙法莲华经》云：“我成佛以来，复过于此百千万亿那由他阿僧祇劫。从是以来，我常在此娑婆世界，说法教化；亦于余处，百千万亿那由他阿僧祇国，导利众生。”
《观普贤行法经》中有“释迦牟尼，名毗卢遮那，遍一切处，其佛住处名常寂光。”明白道破了法身佛、报身佛和化身佛之间的关系。
如依《华严经》释迦牟尼如来成道后最初七天，当自受法乐时，为金刚诸大菩萨，说此真言，成为唐密的起源。金刚萨埵受法之后，将如来所说法要结集成《大日经》、《金刚顶经》各十万颂，保存于南天铁塔内。后来龙树菩萨（也译为龙猛）开南天铁塔，亲见金刚萨埵，承受大法，并受两部大经。其后龙树授法于龙智菩萨，龙智化行于南天竺及师子（锡兰）等国，寿七百余岁，并且传两部大法于善无畏、金刚智两位精通三藏的密教大师，两大师会同不空三藏来华传法，而后形成唐密。今之学人欲考证“南天铁塔”史迹何处，乃着相无智之举。身外求证无异于缘木求鱼、刻舟求剑。全息体解，“南天铁塔”便是一切有情本具如来藏。
关于显密教主的问题，持松法师在《密教通关》中说：
“唐密往往论说法教主，大日与释迦各别。释迦所说，定是显教。毘卢遮那所说，是为密教。然则大日之传授金刚萨埵，何以就释迦在世而论耶？以金萨受法而后，八百年中，授与龙猛，而龙猛出世，距释迦灭度，亦八百年。宁非同时。然则大日、释迦，法身、化身，一耶？异耶？今谓三身一体，唯是法身，其理决定，不可犹豫。故《圣位经》云：自性及受用，变化并等流，佛德三十六，皆同自性身。故一切应化，无非法身。”
“释迦如来受毗卢遮那如来教敕，将内证三密之法传于人间，必须俟其机缘已熟，方可传授。故最初以《华严经》示其本大，然后说三乘法，方不致令人疑为所证者小也。及乎调练既熟，始复尽其所有而宣之，方不致令人疑为有所吝也。”