云何别明当部要意？譬遇一本希有殊胜果树，多人围观：在名学家，则起当何诠表，当何类别，当何说明等想。在农学家，则起当何种植，当何培滋，当何收成等想。在质学家，则起具有若干原行，如何如何化合则作如何如何现象等想。在工学家，则起可为若干原料，如何如何制造则得如何如何器用等想。在教育家，则起应如何著书绘图，导儿童易解等想。在政治家，则起应如何辟土播殖，富国家出产等想。在医学家，则起当验其气味，如何泡炼，去杂毒而提精汁，和谁药品，可治病而益身等想。在美学家，则起当筑以园苑，如何修护免侵损而成繁荣，与谁游赏可忘忧而得乐等想。在生学家，则起此树由宇宙常化中，万物展转拒摄消长、淘汰蕃变而缘起成就，无始无终而非无一期生存之命限，无继无域而非无一形果色之性分等想。在心学家，则起此树由意识潜念中，万物展转异同离合、分别计度而安立施设，无内无外而非无一体并现之心境，无作无得而非无一类相熏之业用等想。虽皆如理，而各殊想；虽各殊想，而皆充分。何者？唯是此果树非余故；等观此果树非谬故；同能具此果树之全体圆用，非得一则失余故。若执一想而排余想，局一是此而余非此，诤论妄兴而诚义斯晦矣。本经当部各别之要意亦如是。不起性计，不局定见，正无妨随喜随宜而观察悟入。就四悉檀论之，亦各一一具足，顺路还家，奚用枉道从人也哉！即开十意，略明其例。若具说者，此之十门，一一门各有十佛刹微尘数句。故曰：“吾从鹿宛以至鹤林，于其中间不说一字”。
甲本经始终唯令了达如来藏圆理
圆理者何？本如来藏心，一空一切空，一不空一切不空，一空不空一切空不空，所谓不可思议圆三谛理是也。此义前文论之详矣。经文灿然，不劳烦引。今更出其大意：名相皆唯妄，常遍空寂故；专用皆如幻，常遍缘起故；体性皆自真，常遍成实故。不独万法唯如来藏，而如来藏亦唯一法故。如来藏非色非空、乃至非我非净，即心即空、乃至即我即净，离即离非、是即非即。亦可心识、非如来藏乃至非我（我训自在）非净，即如来藏、乃至即我即净，离即离非、是即非即。如是展转，至于我净，亦复如是（详细说之，可成四百卷般若经）。亦可心在身内，非如来藏乃至非我、非净，即如来藏乃至即我即净，离即离非，是即非即。如是展转，至于心无所著，亦复如是。亦可想相非如来藏、乃至非我非净，即如来藏、乃至即我即净，离即离非、是即非即。如是展转，至于见精、眚影、五阴、六入、十二处、十八界、七大、四谛、三相续、二转依、水火倾夺、真妄因依、二决定义、六结根元、二十五圆通门、五十五菩提路、五重浑浊、五会章句、四清净律仪、三增进渐次、十二虚妄生类、五十微细魔事、二十五有杂染业报、三十二应净妙功德，极于一名一言、一尘一毛，无不各各亦复如是。是故唯是六根，更非他物。亦可唯是六识、六尘、五阴、五浊、七大、七趣，乃至唯是五无间业、三有为相、二颠倒因、五魔邪境，空华幻翳，草叶缕结，更无他物。是故各各皆成第一三昧，各各皆是第一圆通。寄方阿鼻地狱三昧、乃至非想非非想天三昧，无非首楞严王三昧。妙音密圆圆通、乃至净念相继圆通，一一皆可获二殊胜、四不思议，成三十二应，施十四无畏。一一皆可赞曰：“此方真教体，清净在□□，欲取三摩地，实以□中入；离苦得解脱，良哉□□□：是则圆真实，是则通真实，是则常真实，浅深同所入。此是微尘佛，一路涅槃门”。但以此门修圆通超余者，亦可如是重重单复十二，方尽干慧。如是皆以妙觉地故，善能成就。亦可当知汝心生虚空内，犹如太清点片云里；乃至亦可令识真实深乐自生，知有三界不恋涅槃。何者？如举心识，心识为法界，一切法趣心识，是趣不过；尚无心识非心识，何有趣过不趣过！如是展转，乃至随举涅槃，涅槃为法界，一切法趣涅槃，是趣不过；尚无涅槃非涅槃，何有趣过不趣过！此之谓旋陀罗尼，百千万亿旋陀罗尼，法音方便陀罗尼。所以圆妙、圆融、圆足、圆顿、圆伏、圆信、圆断、圆行、圆位、圆自在庄严、圆建立众生、圆超二种生死、圆证三德涅槃；究竟如来，即究竟蜣螂也。悟此理者，善得教眼，常超客观而随主观；不被法转而能转法。法法通备，不得一法，是以本经，一名大佛顶悉怛多般怛罗无上宝印十方如来清净海眼也。曷谓无上宝印？大乘唯一实相法印是也。必须通达实相，方入大乘。故曰：“亦令当来修大乘者，通达实相”。又曰：“阿难及诸大众闻佛示诲，疑惑销除，心悟实相”。此实相印不共二乘，故曰：“汝辈声闻狭劣无识，不能通达清净实相”。通达清净实相，是之谓清净海眼也。灵峰佛顶文句，最多发明斯意。然从主观观之，本经虽可唯明此门要意，依客观论本经，则复不应专意于此。譬天台三大部，法虽一味圆足，而当部之宗主不同：故法华之玄部、文部，偏重开通谛理，虽亦带明观心，但就随文事相而说：而摩诃止观之一部，偏重修行止观，虽亦泛明万法，确指专观识阴而入。本经正同摩诃止观，重在修三昧也。通达实相，令悟三昧之如理也。选择耳根，令获三昧之要门也。开示圣位，令知三昧之直道也。守护净戒，持诵神咒，详明妄业，辨析魔事，令离三昧之迂障也。今判摄本经文义分，庶几不戾本经全部之纲骨耳。